朱由检以战时需要的名义决定成立大元帅府。
以原有的五军都督府为基础改组。
大元帅府设参谋本部、陆军部、海军部、财务处、总装备处、总政治处、总后勤处、总训练处等机构。
大明皇帝亲自任大元帅。
也就是说大元帅府各附属机构统一向崇祯帝朱由检负责，不隶属于六部和内阁。
同时，十二个战区的指挥长官即总兵和总督也直接向大元帅府负责。
朱由检如此做便就是要将军政分开，内阁统民政，大元帅府统军事，而兵部则担当两者之间协调的桥梁。
成立了大元帅府，接下来便是各战区指挥长官的任命。
朱由检将内阁七名成员带着一起来淮安府的重要目的，便是要撇开南京的官员，在淮安府直接组建从中央大元帅府到地方总督总兵的指挥体系。
在成立大元帅府前，内阁和司礼监依旧是承接旨意政令下达的重要环节。
因而，朱由检在让内阁票拟、司礼监批红，下达自己成立大元帅府后，便直接以大元帅府令，宣布现有十二个战区总督总兵人选。
其中。
山东战区，包括大明现控制的部分北直隶地区，户部尚书倪元璐改为右都御史任山东总督，由皇帝义妹、周遇吉之妻朱昭明任总兵官。
而周遇吉则调任淮扬任总兵官，协助朱由检训练近卫新军。
河南战区，则由吕大器由兵部左侍郎衔任河南总督兼总兵官，统辖河南军政大权。
河南乃四战之地，早已是民生凋敝，且无险可守，朱由检不放心让原本历史上投降满清的许定国统辖总兵大权，便让吕大器直接兼领。
凤阳战区，则由李邦华直接以大学士之尊担任总督，而刘芳亮任总兵官。