众人通过军队重新编制的决定之后，商毅也立刻下令，开始按自己制定的编制方式，对全军进行整编。首先确定了五个团的团指挥部，然后让各团指挥部讨论确定自己的下级军官，然后报到商毅这里来批准。
当然这里面也少不了扯皮拉筋的事情，因为不少人都会被各团部争来争去，毕竟打了这么多仗,谁能打大家心里都基本有数了.比如在守卫穆陵关时从军的王虎，虽然从军的时间不算长,但在数次战斗中，都表现得十分勇猛，因此虽然只被确定为是个排长，但有三个团部都争抢着要他,一直闹到商毅那里去了。
最后商毅也没有办法，只能用抽笺的方式来决定王虎的归属，结果三团幸运的抽中了乐透笺，得到了王虎。后来商毅索性就全用抽笺的方法，确定各个团部挑人的先后顺序。
而就在这时，朝廷的旨意终于下到了登州，要曾化龙带商毅即刻进京朝见。曾化龙收到圣旨之后，也觉得十分奇怪，因为在圣旨中，并未说明对商毅有什么晋升嘉奖，也就是说现在商毅将以一个千总的身份，到北京去朝见皇帝。
原来曾化龙上传到北京的奏本，引起了整个大明朝廷的巨烈震荡，一个小小的千总，在十余万清军南下的袭掠中，虽然独守一座关城，与清军大小进行了十三战，全部获胜不说，斩首竟高达一万七千余级，还收复了二县一府，解救了十余万被清军抓获的百姓。
兵部和朝中的几位内阁大臣看到这一份奏本时，就像是看到天书一样，大眼瞪小眼，仿佛根本就看不懂一样。每一个人心里都在想，这会是真的吗？大明朝莫非真的出了第二个戚继光了,这个叫商毅的千总是何许人也，怎么会有这样的本事?就连崇祯皇帝心里也惊疑不定，心里也不敢相信这里真的，但却又又盼望是真的。
这时内阁首辅周延儒以经顶不住压力，自请到保定、昌平一带督师、抗击清军去了。因此崇祯也无法确实来自山东的消息是真是假，正打算派人去山东察看，这时却收到了沈扬等锦卫衣人员发回来的密信。
因为这时他们一行正在河北一带打探消息，并沒有回到北京。但还是将山东的消息传到了朝廷。虽然在密信中并未详细记录在山东发生的所有战事，但却明确提到守卫穆陵关的千总商毅是一个人材，并且记录了锦衣卫随商毅收复济南的过程。
崇祯看完密信之后，这才信相曾化龙的奏本或许将商毅的功劳有所夸大，但也不算是做假，起码收复二县一府，解救十余万百姓，又在济南挡住清军的进攻，这可都是真的。而就算是这样，这功劳在大明来说，也是绝无仅有的了，因此祟祯也不禁大喜过望，立刻下令，要兵部和五军都督府议论，该给商毅升什么样的官职，是否如曾化龙所请，晋升商毅为山东总兵。
但崇祯的决议一传下，立刻引起了许多官员的反对，因为不少官员都认为,商毅所立下的这些功劳太不合理，需要进一步核实确认之后，才能议论升官的问题，还有一部份官员干脆就直接认定这是假的，这是曾化龙假报战功，荒报军情,应该将曾化龙和商毅抓到北京来问斩。
结果这一来二去，崇祯的信心又动摇了不少，而且他又不好向众人说,自己是从锦衣卫那里得到的确切消息，于是又经过一天的议论，官员们也终于决定出一个办法，先不给商毅封官，而是把曾化龙和商毅招到北京来，当面询问淸楚再说，如果是真的，那么就再给曾化龙和商毅加官进爵，如果是假的，那么就对不起，在北京就把他们两人拿下问罪。
崇祯听了之后，也觉得这是最好的办法，尽管以商毅一个小小千总的身份，其实根本就没有资格进京朝见皇帝，但现在非常时期，也只有破例一回了。
曾化龙接到圣旨之后，虽然觉得奇怪，但想了一想，也马上猜出了个八九，不过这也难怪皇帝生疑，这样的事情，说出来确实谁都难以相信，反正商毅的战功都是真的，就是到了北京也能说得清楚，因此曾化龙到也没往心里去，一面收拾行马，准备上京，一面又派人通知商毅，让他也准备一下，到青州府来等自己，然后两人一起结伴进京。
曾化龙的公文传到了穆陵关之后，商毅也觉有些好笑，不过转念一想，自己纯属是在历史中横插了一竿子，崇祯在历史中本来就是个多疑的人，他要是一下子全信了才怪。因此也就释然了。同时他也想到北京去看看，大明朝的气数如何，还有没有救了，因此立刻就马上准备起来。
因为在先前听了曾化龙的吩咐，商毅特意保留了三百颗人头，这次进京，自然会都带上。随后又从清军的俘虏中挑选出二百名身强体壮，最好是标准的满人，一起押解到北京去。同时还带上了所有的旗帜，盔甲三百套，刀枪武器五百件，鼓二十面。反正也凑了一大堆，足足装了二十辆大车。
并且商毅又听了周世奇的建议，带了七万两白银和一批贵重的器物，准备到北京去上下打点关节。有道是阎王好见，小鬼难缠，底下的人要是刁难你一下，也够受的。
带着这么多的东西还有俘虏进京，而且现在李自成和张献忠闹得正凶，沿路自然需耍不少人保护，因此啇毅也决定，带两个火枪连，共计四百多人，一起上路。另外还带了两个侦察排。为了防止路上不测，毎名士兵带六十发弹药，另外还带了两百颗手榴弹。