当然在另一方面，因为大规模的社会化手工业生产就意味着大工厂大企业的出现，这也就是历代的统治者都不愿意看到“聚众”情况，因此聚集大批工匠一起工作的情景，一般都只能在官办，或者是有官府背景的生产作坊里出现。在另一时空里的清朝，甚至规定三十人以上的聚会都要通报官府，在这种情况下，也根本不可能完成社会分工、手工业和农业彻底分离的革命。
同时由于流通型商人没有自己的产业，因此也缺少大局的是非观念，造成他们有奶就是娘的观念，不惜把中国的物资到买给敌对的势力，以赚取厚利，而遇到外敌入侵的时候，往往就是他们最先投靠外敌，这个时代的所谓山西八大皇商，还有后世的一批买办商人都是典型的代表。
商毅当然希望能够尽力改变这种状况，而且也做过不少偿试，他在杭州就开了不少大规模的手工工厂。但尽靠商毅一个人来做是不够的，而且他开的工厂也同样带有很重的官府背景色彩，对推动资本发展也有现，必须把民间的力量都调动起来才行。
因此商毅在制定的商业税中，把对生产作坊或工厂实行减税，做为了一条十分重要的规定。将生产作坊或工厂分为五个等级规模，做为减税的标准。生产作坊或工厂的等级规模越大，减税的比例也就越大，最大的生产作坊，允许达到两千人以上，而减税率也达到了四成。
主要的目地就在于希望利用税收的调整，来限制流通型的商人，而鼓励他们转型成为生产型的商人，这才是最重要的一步。当然对生产作坊的管理、注册、生产调控、收税方式和标准，也有一套十分详细的规定，以防止生产作坊或工厂为了获得高的减税率，而虚假的扩展生产规模。另外也是要防止别有用心的人借办工厂来作乱滋事。
商业税还有另一个重要的内容，就是海关税收。
海关税收也将是未来商家军的一个重要税收来源，而且现在商毅己经开通了马尼拉的贸易航线，同时也取得曰本和巴达维亚的通商权，因此海关的成立，也是势在必行了。
其实海关并不复杂，宋明都有类似的组织，当然是叫市泊司。海关的重点就是两个，一是制定各种商品的收税标准，分类越细越明确就越好，就可以减少工作人员在操作时候的运作空间，另一个就是加强监督。
对第一点并不是难事，因为在收入浙税时，就己经将商品分类进行了细化处理，而且以后还可以慢慢完善。当然商毅也明确规定，结算的白银，一屡以重量为准，并且在每一个海关口发下了标准重量的砝码。
而对第二点可就有些麻烦，商毅是后世的人，当然知道海关历来都是滋生腐败行为的主要场所，而且腐败行为往往都是集团腐败，一但查出基本就是把整个海关一窝端了。而控制腐败行为的方法也不外三点：实行轮岗利，三年一换；还有是完善制度，尽量少留空子；另外就是加强监督力度，一但查出腐败行为，严惩不贷。
当然海关一但成立之后，还有一个重要的任务，就是严打海上走私行为，而这个任务也将由海军来完成。