在朱媺娖辩认太子之后的第二天，商毅就带着朱媺娖返回杭州。
这时清军中路的豫亲王多铎己率领二十万大军南下，先锋人马己经攻占了凤阳府西北的亳州，而因为刘良佐和黄得功都率军回援南京，整个凤阳府的防守都十分空虛，因此留守扬州的史可法心里也十分着急，己经连续向南京发回告急文书，请求给江北增加援兵。同时也写信给商毅，请他尽快了结南京的事情，渡江北上，来扬州主持军务。
现在己经是三月底了，商毅也知道军情火急，因此一回到杭州之后，就立刻开始着手布置备战清军的工作。
这时商家军在杭州地区的三个师的武器也全都配齐，因此商毅决定，将第三师全部调往江北，参与江北的防御，第四师留在江南，保卫浙江地，并且又下令把驻守台湾的第七团也抽调两营回来，和第四师一起，组成后备部队。而现在商家军又扩编了两个散团，使散团的数量达到了四个。商毅决定将其中的三个团合并成为商家军第五师，也派到江北，不过这个师的武器缺口很大，目前只能装配一个团，因此暂时只做为江北的后勤部队。
同时在杭州继续扩招人马，征调民兵入伍，争取再成立三到四个团，如果达不到正式士兵的标准，就编成预备团，那怕还不能过江打仗，但也能留守浙江，保卫地方安全。
而在海军方面，第二、三分舰队进入长江，暂时驻守在南京的金川门外，防止清军过江，并随时沿岸支援。第一分分舰队驻守长江口，在必要的时候，可以沿海岸袭击清军的后方。其佘二支分舰队仍然驻守在杭州湾待命。
这时亚莉桑德拉也从海上回来，得知了这段时间里在江北、浙江、南京发生的一糸列事情之后，又是新鲜又是奇怪，同时也后悔，这么有趣的事情，居然没有让自己赶上。不过她一回来就马上有活干了，商毅把外籍雇佣兵团和西班牙步兵雇佣兵团合并，都交给她指挥，这次也要跟自己一起过江作战，这两支外籍雇佣兵团相加，大约有一千五百多人。他们归降商毅已后，其本没有参加什么大战，而这一次也都清楚，是打大仗的时候了，因此也一个个擦拳摩掌，准备大显身手。
这一次迎战清军，商毅一共调动了三个师、一个骑兵旅、一个侦察团和外籍雇佣兵团过江参战，共计出动的兵力达到四万三千多人，这也是商家军成立之后，一次最大兵力的会战了。
同时商毅也正式提出了商家军的四句口号：“驱逐清虏，恢复中华，誓死报国，护境安民。”
这四句口号也是商毅精心挑选的，前两句还是盗版了后世国父的口号。乍一看并没有什么问题，每一句话在大义上都说得过去。但商毅耍了一个小花招，就是用“中华”两个字来代替了明朝。其实自从商家军成立之后，商毅就一直尽可能不用明朝的字眼，而是用“中国”、“中华”、“华夏”一类的泛指来代替，一方面让别人挑不出什么毛病来，另一方面也是在商家军中淡化明朝的观念。
而在政务方面，商毅也下令，对全浙江实行军事管治，对粮食、药材、盐、布、绵花等战略物资都由政府掌控调备。船只、车辆也要服从政府的调配，各交通道路都要优先让军需运输队伍通行。同时还征调十五万民夫，保障后勤运输工作，当然但商毅也要求有关部门，一定要做好对征调的补偿工作。
这时林之洋的木工厂这时也己经开工，在宋应星的带领下，经过中西工匠的合力工作，生产出了一批十分实用的四轮马车。经过测试比较之后，和二轮马车相比，四轮马车不仅行驶的便平稳，而且载重量也大多得，牛马牲口最多可以多拉一倍的货物，因此可以大大提高运输效率。商毅也立刻定购了一百辆四轮马车。
不过四轮马车对道路的要求非常高，现在的官道只能算免强可用，因此对道路的修筑工程，也要加快进度了。好在淮安一战中抓获的一万二千多名俘虏这时也都己经押送到了浙江，己经参加到修路的工程来，施工进程也大大的提高了一截。而且修建道路，也不仅仅只是为了这次战斗，在战争结束以后，对促进浙江地区的经济生活进一步发展，同样也是十分有益的。
行政工作的另一个重点是加强宣传工作，争取能够把整个南方的力量全部都发动起来，由其是民间的力量。事实证明，每当中国到了危急的时刻，老百姓其实都比官府靠得住。中国的老百姓如果暴发出来，力量是无穷的。能够蠃得最后胜利的人，往往都是能够比较充份调动民间力量的人。
在另一时空的南明时期，几场抵抗清军较为有效，令清军遭受比较大的损失的战斗，如江阴、嘉定之战，都是守城的官员充份调动了当地百姓的力量，军民齐心，协力死守的结果。这也就是淸军攻打扬州这样的大城只用了二三天时间，而在江阴这个小县城却足足花了八十三天时间才攻破的原因。
商毅是认真学习过太祖人民战争理论的人，当然希望能够把老百姓的这股力量全都发展出来，那么宣传动负工作自然就是重点了。
现在［杭州时报］己经成为江南地区颇有影响力的报纸，发行己经覆盖了浙江、南直隶、江西、福建、山东五个省的范围。由其是这次进南京辩认太子，［杭州时报］也进行了追踪报导，并由详细记录了整个事件的全部过程，甚致于朝廷发布