多铎的大军刚刚到达寿州，就得知孔有德部大败的消息，也不由大吃一惊，原以为自己在寿州渡河之后，清军就算是突破了淮河防线，商家军也无力回天了，万没想到商毅居然真敢逆势而上，主动向清军发动进攻，而且用兵诡异，计划周详，一环紧扣一环，绝不是一味只靠着火器犀利而蛮干，这么看来，这个人确实是大清夺取天下的劲敌。而自己，包括整个大清，以前都太低估这个人了。
现在孔有徳部己经被打残了，连孔有德本人也受了重伤，尽管清军在总兵力上还占有绝对的优势，但在淮河北岸却出现了一个兵力空虚的地带，如果这时商毅挥军北上，宿州、毫州、归德府、徐州府都难保，那么清军的归路和补给运输线就都会被商家军所切断了。
因此多铎可不敢向凤阳发动进攻，而是命令耿仲明守住寿州，保住目前清军在淮河南岸的唯一阵地，自己亲自举领五万大军，又返回淮河北岸。幸好商毅在击败孔有徳之后，并没有继续向北进攻，因此多铎才及时回兵驻守蒙城，总算是保住了宿州、毫州一线。
不过多铎可也不敢再冒然向怀远和五河发动进攻，而是驻守在蒙城，并且见到了在蒙城养伤的孔有德。这一次多铎可在也不敢小看商毅了，向孔有德详细询问了这一次战斗的经过，同时心里也在盘算对付商毅的办法。
而就在这时，多尔衮派正黄旗固山额真图赖率领二万人马，赶来支援多铎，也到达了蒙城。当然现在多尔衮还没收到孔有德大败的消息，只是知道豪格惨败，清军南征的东路军失利，因此才派来的援军。而且多尔衮也专程下令，把豪格也狠狠训斥了一顿，但还是命多铎释放豪格，让他带罪立功，并且把豪格由亲王降级为郡王。
多尔衮当然清楚，多铎监禁豪格，其中公报私仇的成份更大一些，但豪格毕竟是先帝皇太极的长子，又是正蓝旗的旗主，而目在两黄旗里还是有一些支持，而现在自己也尚未完全控制全局，如果公然处置豪格，恐怕会引发公愤。而且现在正是用人之际，豪格打仗还是一把好手，因此才网开一面，将豪格释放。
多铎现在也知道，自己监禁豪格的理由也站不住脚，因为现在自己这一战败的可也不轻，因此正好借梯下墙，命人从归徳府把监禁的豪格释放，同时也把豪格招到蒙城来，一起商议对付商家军的办法。
虽然豪格对多铎的行为十分不满，但毕竞还是听从劝告，现在大家同仇敌忾，要对付共同的对手，因此也没有多和多铎计效，而是根据自己的经验，提出了一些应对商家军的办法。
经过众人的一番讨论，也一致认为，对付商家军最好的办法还是阿巴泰提出的，以火器制火器，虽然清军的火器比商家军的要差得多，但也总比拿人命往里填要好。但现在孔有徳部的红衣大炮、还有其他火器都成了商家军的战利品，只剩下耿仲明部还有各种火炮五六十门，其中有红衣大炮二十四门，另外还有火铳二千多支，但这样的数量，显然是无法和商家军相比的。
因此多铎把这一阶段的战事经过写成折奏，命人以八百里加急，送回北京。请救多尔衮至少在拔一百门火炮，五千枝火铳来增援，而且其中至少要有三十门红衣大炮，三千支鸟铳。然后分兵驻守蒙城、宿州、颕州等地，暂时按兵不动。
其他人到是没觉得有什么不妥，只有刚刚到达的图赖，因为还没偿到商家军的厉害，因此叫嚷着要立刻发动进攻，在会议上大叫大嚷，说什么当年太祖太宗皇帝在时，咱们大清什么时候怕过明军的，自己只带一个甲喇的兵力出战，就可以一举杀到长江边上。
但这一次多铎和豪格也难得统一了意见，两人一起把图赖大骂了一顿，终于让图赖消停了下来。
就这样明淸双方以淮河为界，陷入了对持状态。而商毅抵挡清军南侵，的第一阶段的作战任务也圆满完成。在这一阶段的战斗中，商家军共计打死淸军近三万，俘虏一万八千余人，并且徼获了大量的物资，成功的延缓了淸军南下的时间。而商家军自身，仅仅只损失了一千多兵力。
胜利的消息传到了扬州之后，史可法也欣喜若狂，事实上在刘肇基丢失了寿州之后，史可法一度还以为淮河防线守不住了，那知在这种不利的情况下，商毅居然还能够主动出击，抓住战机，不仅重创了清军的孔有徳部，还抓住了孔有德之子孔训庭，迫使清军停止了进攻，怎么能不令史可法高兴。
而这时在另一条战线上也传来了好消息，黄得功己经击败了左梦庚部，南京之危也己解除。一时之间传来的尽是利好消息，史可法也立刻向南京上疏，要求朝廷立刻调黄得功和刘良佐返回江北驻守，共同保住淮西。
原来左良玉在三月底的时候，假借保卫太子的名议，举兵东犯，并且派兵把武昌烧掠一空，还劫持了湖广巡抚何腾蛟一起随军。但在汉阳门停船时，何腾蛟趁人不备，跃入水中救脫。左良玉只得率领大军，继续东进。
那知大军到达九江的时候，在九江督军的袁继咸前来迎接，苦口婆心地劝左良玉回心转意，并晓以大义，左良玉的态度到也稍有软化，但偏偏就在这时，左良玉的旧疾发作，于当夜吐血数升，死在军营中。
左良玉一死，手下的金声桓、卢光祖、李国英、徐勇、郝效忠等将领推拥左良玉之子左梦庚为主