但商家军可不会给清军喘息的机会,在清军撤军以后,立刻向清军发动了反攻，虽然西安门外大街被横向封锁，但商家军现在对南京的地形比较熟悉了，从其他各个路口绕道，很轻松的就越过了防守阵地，并且从多个路口向西皇城根大街上的清军发动进攻，同时在房顶上也发动进攻。
尽管皇战失守，对商家军来说是一个意外，而且西安门外大街也不是商家军预计的战场，但自从商家军进入南京之后，就一直在做着打巷战的准备，因此这时也打得比较顺手，相反是淸军，无论是心理，还是在战术上，都对巷战的准备不足。
因此在商家军发动反攻之后，淸军依然处处被动，处处受制。完全没有抵抗之力，尽管清军的人数要比商家军多，但在狭窄的街道上，兵力根本就无法展开，人数上的优势完全发挥不出来，相反因为人员过于密集，反到是有利商家军的火器发挥，步枪射击的命中率几乎高达八成，手榴弹更是一炸一片。
而且商家军的打击还是从地到天的立体式作，便是让清军防不胜防。根本就不会想到，敌人会从那一个方向杀出来，屋顶，窗户，房间，小巷，仿佛觉得倒处都是商家军，倒处都在开枪，倒处都有爆炸。也许就在一回头的功夫，自己身边的同伴就会突然倒下，也许站在一起的几个人中，有一个就会突然被爆头，鲜血飞溅而出，淋了身边几个人一身。总之是那里都不安全。
在这种情况下，努山也毫无办法，只能带领看不断的后退，一直全部退出了西安门外大街，退过了玄津桥，一直退回到西皇根大街上，才算是收处了脚。而这时借着星光和在西安门外大街因为刚才的爆炸产生点点燃烧的火光，可以清楚的看到，在街面上横七竖八，几乎躺满了清兵的尸体。
商家军也在玄津桥前留下了一个连驻守，双方隔着玄津桥，暂时对持起来。努山也赶忙又派人向皇城中回报，请救支援。
不过这时淸军己经基本控制了整个皇城，韩岱接到了努山的报告之后，也觉得有些意外，想不到在南京城破，皇城也己失守的情况下，商家军还在坚持着抵抗，他当然不敢轻视商家军，赶忙分派其他的人，带领着人马，从北安门，西安门、长安右门三个方面，赶来支援努山。
但这一来也耽搁了不少时间，不仅商家军的各路军队都己经进入到自己的防区，建立好了阵地，而且从第九师的李定国也派来二十团进入南京支援到位了。
收到了各路部队的报告之后，尽管己经有五个防区都己经开始了战斗，但商毅心里也踏实多了，这一来至少也能够坚持一阵子，那么就让清军来领教一下，商家军的巷战厉害。
不过就在这时，又有人来报告，城外的清军向南城的聚宝门和三山门发动了进攻。
三山门属南京的西城是由李定国守卫，现在有两个团的兵力，因为有玄武湖做侧翼，因此商毅到还不太但心，但聚宝门却是南边清军主攻的方向，由杨武丞带领一个旅守卫，而且聚宝门并不是商毅一定要坚守的地方，因此商毅对这边的战斗并不放心，接报之后，立刻对段鹏道：“段鹏，你就在这里指挥战斗，我到聚宝门那边和南城的咽喉要道，那里一定要守住。”
段鹏点了点头,道：“督师大人，你放心去，这里就尽管交给我了。”
商毅点了点头，这才带着自己的卫队，赶奔聚宝门而去。
进攻聚宝门的清军主将是屯齐，这里本来就是清军的主营所在地方，阿济格接到了正阳门、朝阳门都相继被攻破之后，立刻下令屯齐，也率军向聚宝门发动进攻。
这段时间以来，清军己经扎好了四百多个大木筏，在进攻正阳门、朝阳门各带去了一百个木筏，而在聚宝门一线，集中了二百多个木筏，以及一百多艘小船，开始强渡外秦淮河。因为这里有商家军守卫，因此清军也格外重视。同时还派出一部份兵力，进攻山川门，牵制住李定国部，实其不能来增援聚宝门。
如果仅仅只是聚宝门外的清军进攻，因为有外秦淮河为屏障，商家军的人数虽少，但也能抵挡住一阵，但清军攻破了正阳门和朝阳门被攻破之后，清军派出一支人马，在通济门附近渡过外秦淮河，沿着河北岸绕到聚宝门前，迫使商家军不得不分兵在外秦淮河北岸据守侧翼。这样一来，兵力就明显的捉襟见肘起来。
而就在这时，商毅也赶到了聚宝门外，这时战斗进行得正是激烈，在秦淮河面上，燃起了十几处火焰，将水面照得通亮，同时还有近百余艘舟船正冒着炮火，向北岸强渡过来。而在阵地的东边，也同时是枪炮之声，响个不停，显然也打得十分激烈，商毅看了看现在的形式，就知道对商家军十分不利，聚宝门显然是守不住了，因此也告诉杨武丞，立刻下令，马上向城内撤退。
不过虽然是撤退，但也绝不是一下子就放弃阵地，全部都退回到城里去，而是先从阵地上撤回两个营，在聚宝门的城头驻守，然后其他各部队都携带着自己的武器，依次从阵地上撤退，并且留下了足够断后的人马，这样井然有秩向撤退行动，再加上淸军渡河的功夫，十分顺利的就全部退到了南京城墙边之后，同时在城墙上还有接应的部队进行掩护。
入城之后，商毅立刻下令，留下一个团，由自己带领，留在城墙上驻守，抵挡清军的进攻，而杨武丞带领另