清军在天津卫有三千多兵力，但商家军的登陆部队多达一万四千余人，而且又打了淸军一个措手不及，因此天津卫的抵抗只进行了两个时辰，也被商家军攻破了。
占领了天津卫，跨海突袭的第二阶段战斗也基本可以宣告成功，接下来就是要给清廷施加更大压力，因此滕胤玉率军进驻天津卫之后，立刻又分派出两个团的兵力，分为四路出击。
当然这次出兵不会在进攻大城市，只是为了制造成更大的动静。而打击的对像也主要是针对满州贵族，由于前一阶段的八旗圈地，使许多满州贵族在北京周边的地区拥有大量田宅土地和汉人包衣，尽管这些人本身不会住在田庄里，只要是被商家军查明是满州贵族的产业，就会立刻将田庄烧毁，财产、粮食分给汉人包衣，如果抓到满州贵族，更是毫不留情的杀死。
尽管清廷己经下令，对民间封锁了所有啇家军在大沽登岸消息，但在事实上根本就不可能封锁得住，何况在北京城里还潜伏着商家军的大量谍报人员，当然对此大加渲柒，因此几乎每天在北京城里的街头巷屋，都流传着商家军己经打到那里，那里的消息。
结果连续几天的时间，北京里都是一片恐慌，北京到天津之间的香河、宝坻、东安、永清等地区都受到了商家军的攻击，而只要是有公人模样，骑快马飞驰进城的人，就会立刻在街上引起一阵骚动，看见的人都会纷纷猜测，是不是商家军又打到那里了。
同时商家军的谍报人员还在北京制造了大量谣言，故意夸大其辞，甚致还放了两次以商家军名议发下的传单，声称商家军这次出兵，是要从关内关外一起动手，夺取北方，彻底消灭清廷。这些流言也搅得北京城里人心惶惶，由其是满人，更是坐立不安，因为大部份的传言都对满人不利。己经开始有一些满族贵族都开始逃离出北京。同时一些无业游民，地痞无赖等人也趁机在北京城里偷鸡摸狗，打劫盗劫，治安情况也在迅速的恶化。
民间是如此，而在朝中也好不到那里，宫中同样也是一片恐慌的情绪，皇帝福临的年纪虽然不大，但心智也颇为早熟，也懂得一但商家军杀入北京，自己也难逃善终，因此也吓得不行，连连下旨，让多尔衮全权付责保卫京师的安全。直到这个时候，福临才明白，自己原来还真的离不开多尔衮的庇护。而两宫皇太后连日都招集多尔衮等大臣商议，如何应对目前的局势。甚致都有官员建议朝廷迁都，或者是皇帝出巡，以躲避商家军的锋芒，甚致还举出当初崇祯就是因为没有极时退出北京，结果命丧紫禁城里，来说服清廷。
幸好也不是所有人都被吓得乱了方寸，多尔衮毕竟是见过大阵仗的人，当然不会轻意被吓倒，别说商家军的海军有没有一次送十几万大军登陆的能力，而且以商家军目前的实力，也不可能把这么多部队投入到北方的战场来，而且北京城墙高厚坚固，为天下之最，就算商家军打到北京城下，也未必能轻易攻克。因此清廷还远远没有到要逃离北京的地步、何况如果是在以前，在北京待不下去了。还可以退回关外去，但现在盛京都己经失守了，又能退到那里去呢？
由于现在多尔衮也不知道商家军在大沽口登陆的兵力到底有多少，而且北京的清军真正有战斗力的并不多，因此也不敢轻易出击，只能先把北京守住，等归德府和博洛的人马回到北京再说。因此多尔衮一面严令北京的官员百姓不许惊慌，不许散布恐惧情绪，不许私自将家属、财产撤离北京；也不许乱生事，尽量稳定京城的局面，然后调集人马，严守北京城，同时又下令，将各王公贝勒家里的包衣、跟役等也全都编成军队，听候调用，共同协守北京。
多尔衮本还打算征集城中的百姓守城，但范文程却提醒他，当心汉人反复，因此才没有下这一条命令。不过这么一阵拆腾，派兵出关，收复盛京的事情，也就没有人再提了。
不过虽然多尔衮不会轻信商家军真的打算占领北方何流言，但也知道这一次商家军的跨海突袭可绝不是小打小敲一阵，他们既然能在辽东登陆、能在大沽口登陆，那么沿海的各地，都可以作为商家军的登陆地点，现在清廷在北方的力量根本不可能防得过来，因此原来所想的只调归徳府的清军北返，是根本就行不通的，唯一的办法就是从南方调大军回来，尽管多尔衮心里不愿意，但还是不得不下令了。
于是就在多尔衮收到商家军在大沽口登陆消息的第二天，就立刻再次向南方下令，调洪承畴、多铎北返，驰援北京，并限两个月之內，至少要调十五万大军回来。而撒军之后，清军大部都可以退守到长江以北的地方驻守，长江以南的地方，可以由洪承畴、多铎自行商议酌情放弃。
现在清廷在南方战场投入的兵力接近五十万，调十五万左右的兵力回援，南方剩下的约三十五万左右的兵力了。而现在商毅正在全力进攻南京，并花废了这么多的力气，因此在淸军撤之后，南京肯定是守不住了，另外清军占领的其他地方也需放弃一部份，按多尔衮想法，是主要保住江北地区，而江南地区，则能保多少算多少可。
这样一来，等这一次的战事结束之后，南北的局势大致将恢复到第二次南征开始前的状态，清军基本占领了长江以北的大部份地区，对南方依然保持着一定的军事主动权。至