文官系统确定下来之后，接着就是军队糸统。而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脫离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京政府的目标是夺取天下，并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代，是是守卫王宫、护卫君主的专职军人，也可以指军中的勇士、猛将。而伏波的本意就有降伏波涛的意思，伏波将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号，用这两个词分别称呼陆军和海军，不仅十分贴功，而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后，商毅也正式下令，将中华虎贲军按照湖北军区的模式，在全军內部设立军区，做为中华虎贲军的最高军队组织，在目前的势力范围中，成立山东、中原、江西、湖广、南京五大军区。各军区的最官员为军区司令员，司令部中可设副司令员一到两名，参谋长一到两名，副官六到八名，警卫队一到两个连。
各军区下设军编制，每个军的额定编制将分两个师、两个师、一个旅或一个师、两个旅三种，各军过去的番号依然保留在各军区中，其余将加设新的番号。另外每个军区都要编制一个骑兵师、旅和特种师、旅。
各军区的设制是：
山东军区司令部设在青州，由原来的第四、五军组成，司令员周少恒，副司令员童大勇、、蒋义渠；参谋长唐镇、鲍铜钢。下设四个军：总兵力十万七千人。
第四军：军长滕胤玉，辖第二师、第十一师、第二旅。
第五军：军长乔克裕，辖第八师，第十师、第七旅。
第九军：军长冯进，辖第十四师，特种兵旅、第四旅。
第十军：军长章一平，辖骑兵师、第十二旅、第二十七旅。
山东是商毅最初起家的地方，在占领浙江之后，一直都没有放弃，到现在己经逐步发展成总兵力超过十万的大部队，由其是山东军区的主将周少桓，不仅能够领军，而且在內政方面也做得同样出色，山东军区己经形成一个初步能够自己自足的地区，而且尽管过去山东军区一直相对独立存在于商家军的系统内，但军区几名首领对商毅仍然保持着相当高的忠诚度，对商毅一直敬服不己，在山东地区也处处模枋商毅的行事作风，因此也赢得了一个“小督师”的外号。
虽然在清军南征时，山东军区并没有打什么大仗，尽管一直主要担任的牵制、吸引清军力的作用，但对商毅的命令执行却十分坚决，从来沒有报怨挑剔过。这也和周少桓的耐心劝说、解释分不开。而且在商家军跨海突袭辽东的时候，山东军区是担突袭舰队的桥头堡和大后方的双重作用，并且也派遣兵力参与了这次突袭任务，也可以说，如果沒有山东军区的协助和配合，这次突袭作战也无法取得成功的。
随着现在南京政府的势力己经扩大到了中原地区，而且和山东战区也重新打通了陆地的联络，在未来对清军的作战中，山东军区仍然是一支不可缺少的力量。
淮南军区，司令部设在凤阳，由原来的第一军组成，司令员成进，副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军：总兵力九万八千人。
第一军：军长苏建林，辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军：军长程培经，辖第七师，第二十师。
第十五军：军长程培经，辖第二十四师，特种兵旅、第一旅。
第十八军：军长黄绳武，辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中，淮南军区都是担任着主力部队，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功劳，司令员成进，己经成长为一各出色的指挥者，可以算是商毅手下的头号猛将，在下一步对清廷的作战中，淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区，司令部设在赣州，由原来的第二军组成，司令员罗远斌，副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军：总兵力七万二千人。
第二军：军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京政府的南部地区，使南京政府在与清军作战时，沒有后顾之忧。而如果平定了北方之后，江西军区也将成为进攻南方的先头部队。
湖广军区，是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成，司令员李定国，副司令员杨武丞；参谋长李牟。下设四个军：总兵力十一万二千人。
第六军：军长李汉军、辖第九师、第十八师、第十六旅；
第八军：军长黄庆文，辖第十师、第十五师、二十二旅；
第十三军：军长黄向东，辖骑兵师、十九师，二十八旅；
第十七军：军长李元胤，辖特种师