战斗从白天一直打到了黑夜方才结束，上午南因岛三人众南泰统、片山数马、篠冢贞忠取得了完胜，导致村上吉充死伤近百余，到了午后，得到了村上丹后这支援军的村上吉充反击获得了最终的胜利。
天色渐渐落入帷幕，岛前城前的小平原上的搏杀也终于告一段落，南泰统率领百余亲随逃往长崎城，片山数马的首级被宫地大炊助割去，篠冢贞忠退却，其余能够逃的都逃了，逃不了的都被杀了。火炬陆续都点了起来，晃动的火光，照得这一片屠场与传说中的地狱又接近了几分。
几十个士兵提着刀在尸堆来回走动，时不时的向看上去还算完整的尸体踢上两脚，确定他们是不是真的死了。只要听到一点呻吟之声，他们便会走过去，分辨清楚身份，一旦确认了不是自家人，便抬手补上一刀。
村上吉充的脸色很不好看，这一场合战到最后不管是谁赢了，他都是输家，死的全都是因岛村上的兵马。村上吉充知道，这一次合战之后，因岛村上的互助的心会彻底分裂。
村上吉充明知道结果，却是无法阻止杀戮的进行，叛乱总是需要有鲜血来平复，不管是自己的，还是敌人的，更何况村上丹后、清原守高、村上四郎左兵卫、宫地明光战后都要赏赐，只有从失败者身上得到足够的利益方才能够满足他们的口实。村上吉充需要他们来支持他继续统治因岛村上，这些人也需要村上吉充来给予他们领地、财货。
如此一来，村上吉充更恨村上亮康。知道南泰统逃往长崎城。片山数马身死。篠冢贞忠退却，后路已经无所顾忌，马上率领众人开始向着长崎城进发。是日，长崎城一日三惊，傍晚，一日一夜未睡的村上亮康首先发觉了长崎城外的异动，红眼珠瞪出，看到了他最不想看见的东西。恶狠狠地说道：“兄长，你终于来了，我等尔久矣。”
城外，村上吉充望着数日前还是自己的长崎城，现如今却要在长崎城内外展开一场死战，可见多么的荒唐，他从怀中拿出了那份村上亮康写给他的降书，想了一想对着因功上位的宫地大炊助说道：“将此绢射进城去。”
宫地大炊助应了一声，不问其他，将绢书交叉系在箭簇上。然后从侍从手中取来藤木弓，一言不发。张弓射箭，只见得白色箭翎在空中划过一道优美的曲线，斜着插进城内的屋檐上，箭翎瑟瑟抖动着。
城上守军吓了一跳，忙取下了绢书送到了村上亮康的手中，看着手中的绢书，一时无语，这绢书正是今日晌午听闻南泰统击败村上吉充之后，以为胜利在望，为了彰显自己的宽容给村上吉充发去的最后通牒，没曾想到没有过去一天时间，再一次回到了自己的手中。
村上亮康苦笑了一声，看了一眼不远处的南泰统，南泰统同样看了过来，两人眼神错开。要不得意忘形白日宣淫，村上亮康怕是立即就会答应了其兄村上吉充的条件，开城离去，现在，嘿嘿，只有死战一途了。
村上亮康站在城头，对着身后的二百余名守城将士，大声喊道：“诸位，现在城堡已经层层包围，城外没有任何船只让我们逃离，一旦脱离了城堡的保护，诸位认为有幸存的机会嘛？！不要忘记了，那些人，如果知道他们的妻妾女儿受到了你们的羞辱，他们会放过尔等。”
城中守军，听得全都默然，是的，为了让长崎城内的守军彻底与城外断绝关系，村上亮康将除了乃美夫人外的所有女性全都投入了军营之中供士兵玩乐，南泰统带来的百余名士兵也不例外加入了队伍之中。
底下亲信家臣纷纷鼓噪：“对，唯有死战到底，才能够有一线生机。”他们鼓噪着，对那些不肯表态的士兵怒目相加，施加压力。
村上亮康扫视一眼，见大部分士兵全都站在了自己这一边，更没有人跳出来当祭旗的傻子，大声说道：“我已经与伊达家的伊达政衡，对，就是吉备四国的太守相约，只等守住十天半个月，伊达家的援军就会源源不断的到来。若是愿意到时候诸位全都是我因岛村上的武士，若是不愿意的兄弟，我也不强求，只日后战阵相见全党不认识便是。”
亲信们纷纷拔出刀剑，大声喊道：“我等誓死效忠大人。”其他士兵全都表示着顺从，剩下一些洁身自好的，更担心自己落了单，被拉出去祭旗，便也纷纷跟随着呼喝起来。
一时间城头风云变化，原本颓废的士气一下子被鼓舞了起来。城外，村上吉充的神色极为难看，他隐隐约约听到了城头上飘下来的欢呼声，知道攻城战已经不可避免。
望着长崎城头，村上吉充望着天色，他命令宫地明光和宫地大炊助，领了三百人，举着未完工的小早船，不打火把，趁夜色逼近壕沟。这些未完工的小早船只有船底，没有船身，以四根木柱为角柱支撑船底，攻城时，四名士兵各持一柱，用以遮挡矢石。除了举船的四名士兵外，在每艘船地下尚有施于人，背负着渔民挖掘来的沙土，负责填平壕沟，给后续攻城提供方便。
因岛村上的攻城方式就那么几种，身为同族的村上亮康以及南泰统全都知晓村上吉充可能会用什么方式来进攻，看到顶着一个小早船的船底缓缓前进，马上命令焙烙火矢准备。
焙烙火矢类似于现在的手榴弹，焙烙状似陶壶，引爆后会延烧附近的木造结构，导致船只阶梯，可是这种武器燃烧威力受限于当时技术而偏