杨涟躬身向天子一拜说道：“陛下，臣不该为萨尔浒之战中方首辅所为兴弹劾。臣请陛下责罚。但是臣对他其它几点的弹劾还是对的。”
朱由校端着与年龄不符的语重心长，对杨涟谆谆劝导。
“杨卿，金无足赤人无完人，他的首辅之位并不是他本人争取和愿意的。朝中和地方多处缺少官员，也不是他未曾上书与神宗。先帝在位一月不足，补上如此多的官员，尚有近三十被方首辅推荐起复的官员，在来京师的途中。虽难免良莠不齐，但是方首辅之功不可没。朕说的可对？”
杨涟愧疚道：“陛下，是臣却不过情面，是不应该弹劾方首辅。臣请陛下责罚。”
朱由校屈指敲御案，一下一下仿佛敲在杨涟的心上。
“杨卿，这次朕不会责罚你，因为方首辅为你二人求情了。你们可猜得出方首辅为什么向朕求情，不要责罚你和左卿吗？”
杨涟和左光斗都吃惊地摇头。
“方首辅言：你二人虽然弹劾他，可你俩还算是东林党里肯做实事的人。他请朕为朝廷多留有用之人。他虽没宰辅的才干和相应的心性，但他的心性软善，有一颗做事只从朝廷出发的公心，你二人呢？你们这次的弹劾都是出于公心吗？”
左光斗开口道：“陛下，方首辅之才能实不堪承担首辅职责的。”
“左卿，朕问的是这次对方首辅的弹劾是出于公心吗？”
左光斗呐呐不能言。
“朝堂之事必要以公心为先。若以为朕能容许结党营私、朋比为奸的事情在朝堂泛滥，对当今危机的辽东就是雪上加霜。弹劾方从哲为次，要弹劾熊廷弼才是姚宗文和刘国缙等小人的私心。
至于方从哲是不是够做首辅的能力，朕自有论断。六年一次的京察，吏部也会给朕一个明确的答案。若是有人说谁都可以随时弹劾首辅不称职、需要立即罢免，朕这位置给他做就是了。”
这话说的就诛心了。
左光斗身为御史立即就想与天子争辩，杨涟拉了他一把，制止住左光斗的冲动。
“左卿，你不用不服气。那汪文言在此间做了什么？你当朕全然不知吗？一个负案在身的狡胥猾吏，游走朕的肱骨之臣中间，挑拨生事。当朕的东厂和锦衣卫是吃干饭的？
朕在三天前说过，这朝廷往后就只有帝党，再无齐楚浙党也无东林党了，你们还继续做这党同伐异的勾当，当朕的话是放屁么？”
朱由校说的太不文雅了，杨涟和左光斗面面相觑然后低下头，不敢在新君的气头上还嘴，主要的原因是弹劾方从哲不是出于公心。而那汪文言之前鼓动他们弹劾方从哲之事，确实是出于东林党的需要——
这几十年东林党被齐楚浙党围剿殆尽，只有空出足够多的重要位置，东林党才能够上来更多的人。
朱由校见二人低头，也就不再追击。
“仅此一次，你们把自己的弹劾折子带回去。朕不想让朝廷缺少了能臣。”
杨涟上前把自己弹劾方从哲的折子挑出来，满脸惭愧地对天子行礼。
“陛下，臣再不会行党同伐异之事，今后必以方首辅为榜样，秉承公心做事。”
朱由校点点头，”好，朕记得你的话。左卿呢？”
左光斗只好上前也捡出来自己的折子，同样向天子认错。
“左卿，熊飞白在辽东得知朝廷弹劾风盛，必然不能安心。待登基大典后，你与杨卿代朕走一趟辽东，一定要安抚好熊飞白。刘时敏，你记得去内库取一件麒麟服赐予熊飞白。另备美酒百坛，犒赏辽东诸将。”
赐麒麟服与臣子已经是这几十年少有之事。又在二帝的孝期赐酒犒赏辽东的将士，也不是很妥当的。
但杨涟和左光斗都选择缄默，上前领旨后退出乾清宫。
“文儒兄，我怎么对着新君有心惊胆颤的感觉呢？恍然犹如那日见他杀李选侍、李进忠的狠厉。”
杨涟苦笑，“那你还想与天子争辩？！你我这次没脸实在是因为汪文言的挑拨，是出于同党之念而不是出于公心做事。出师不正、内心愧疚，面对天子诘问，自然胆战心惊了。”
“如此就罢手不成？方从哲是不堪首辅之位的。”
“你要替他做那位置么”
“斯言诛心，不可论也。”
“我是说首辅的位置。”
“那得廷议推举的。”
“可陛下现在并没有要廷议推举阁臣的意思。且起复的人中就有昔日的阁臣呢。”
俩人说着话出了乾清宫，返回各自的衙门，亦向好打听的同僚告知取回了弹劾方从哲的折子。
杨涟和左光斗退出弹劾方从哲，立即在东林党中传遍了。
是夜，在京城任职的东林党人分别聚集到杨涟和左光斗的府上，责问他二人之行事。