郑芝龙之弟郑鸿逵是拥护唐王朱聿键称帝的核心人物。唐王入闽。首先借住在郑芝龙家中，然后才搬入福建布政司。二者关系之密切由此可知。隆武帝登基后，给郑氏一家封官许愿。郑氏一门尽得高官厚爵，郑氏部将也多得高官。
其时，隆武帝刚刚登上帝位，手中无权无钱，非得依赖郑芝龙为其提供经费，所以。对郑芝龙极其倚重。但由于郑芝龙出身于海盗，为闽中士大夫所不齿。钱澄之所著《所知录》中便有记载：“芝龙初以海寇受抚，虽晋五等爵，与地方有司不相统属。闽士大夫辄呼之为‘贼’，绝不与通。”郑芝龙受到隆武帝重用，引起了福建士大夫的普遍不满，他们向郑芝龙发起攻击，首先发生的就是郑芝龙与黄道周[1]争夺东班之首事件。
应当说。这一事件挑起了隆武朝的文武之争，埋下了失败的种子。但是，对这一事件的发生，历来史册都偏袒黄道周，指责郑芝龙冒犯祖制。强行要站东班之首，因而引起了文武之争。如果仔细研究当时的详细材料，会发现情况并非完全如此。
郑芝龙在迎接唐王朱聿键之前，职位是总兵，但被封为南安伯，爵位高于一般的大臣。隆武入闽后，更封其为平虏侯。就爵位而言，他是众大臣之首。隆武未到福州时，在水口驿站接见郑芝龙与其他大臣，其时朝臣站班，郑芝龙在东，位居班首，郑鸿逵次之，其下是福建的大臣。而站于西边的，是户部侍郎何楷，大理寺卿郑碹等人。可见，在隆武诸大臣中，原先是由郑芝龙为首，他站在东班之首，是其原来地位的反映。
不过，按照明朝的制度，“文东武西”是一贯的制度。毫无疑问，当时的文臣对郑芝龙站东班之首是有意见的。黄道周入闽后，他们很想凭着黄道周的地位与影响，将郑芝龙拉下马。
《台湾外志》关于此事是这样记载的：“隆武招黄道周……等文武入朝会议战守策，郑芝龙首站东班。楷让之曰：‘文东武西，太祖定制。今郑芝龙妄自尊大，不但欺凌朕等，实目无陛下。’龙曰：文东武西，虽古往今来之定制，然太祖已行之，徐达业站东首。’（黄）道周曰：徐达乃开国元勋，汝敢与达比乎？’龙曰：以今日较之，我从福建统兵恢复，直至燕都，功亦不在徐达下。’楷曰：‘俟尔恢复至北京，那时首站未迟。’遂互争殿上。”
文中的“楷”是指隆武的户部尚书何楷，他和黄道周一样都是福建漳州人。他来自福建，深知郑芝龙的底细，如今海盗的地位比他还高，他无法接受，便推出首辅黄道周与郑芝龙争位。
黄道周与何楷都是明末著名的文臣，在海内都有一定威望，但他们共同的弱点是沾染明末党争的风气，好意气用事而不顾大局，从而引发不可收拾的文武之争。《台湾外纪》的作者江日舁曾批评黄道周等人与郑芝龙争位：“(何楷、黄道周等人)皆与芝龙梓里，当痛哭流涕，导以忠义，感以贞诚，今日之事，不但东班首位，且薄天子而不为也。抑鄙芝龙出身绿林，非资格正途，不屑教诲耶？即不屑教诲，不应比肩事主；既已比肩事主，宜效蔺相如朝而称病，遇而避舍，先国家而后私仇。顽石尚可点头，况于人乎？诸君子不顾其君以全国，徒重其礼以使气，互相讦激，一旦芝龙拂袖，不接粮饷，群然计绌。”
如其所云：郑芝龙有志做徐达，这正是诸臣鼓励郑芝龙的好时机。可惜的是，诸大臣不是乘机鼓励他去做徐达，而是对此百般讽刺，郑芝龙当然是很难堪的。其后，隆武帝裁决仍然由文臣站东班之首，但郑芝龙也因而隐退。其时郑芝龙掌握军权，他不出来，军队便无法出战，朝廷中对黄道周的压力增大，黄道周只好离开福州。郑芝龙复出后，掌握了朝廷大权，但也受到文臣们的攻击，隆武朝的党争日益激化。在许多事件上，双方都唱对台戏。马士英[2]要求入关，郑芝龙赞成，士大夫反对；郑鸿逵在大殿打扇，何楷上疏抨击他无札，隆武帝嘉奖何楷。郑鸿逵大怒，称病不出。隆武帝为了迁就郑鸿逵.让何楷辞职，想过一段时间再召何楷回职。然而，何楷在回家的半路上.被强盗劫持，割击双耳【疑为郑芝龙所为】，从此无法复出做官。双方闹到这一地步，业已不可收拾，不论什么事，文武大臣都有不同的看法，南明小朝廷已经很难做出正确决定了。
其实，弘毅这一番长篇大论，现在坐在位育宫大殿的几位汉臣几乎没有不知道的。但第一次有人讲隆武政权的灭亡归咎于郑芝龙和士大夫的内斗，而且还侧重于后者为了追求颜面而至君国大义于不顾的原因，听来却是振聋发聩——
今天的会议，但凡是对郑芝龙出任大清官办船队首领的提议不同意、不愿意的人，又有谁不和当年的黄道周、何楷一样，嘴上说的是仁义道德，心里面却是发自肺腑的瞧不上海贼出身的郑芝龙？如若再率性而为，岂不是要把