李克用是个活雷锋，谁找他帮忙，他就帮谁，当然朱三除外，李克用以康君立为南面招讨使，大将李存孝、薛阿檀、史俨、安金俊、安休休为副，率三万黑衣沙陀军来攻河阳。在这帮沙陀将中，无疑李存孝的名号最响亮，李存孝号称残唐五代第一条好汉，李存孝本名安敬思，善弓马，骁勇冠绝三军。
张全义为了活命，将老婆孩子打发到汴梁做人质，求朱温出兵相救。朱温听到李克用的人马来捣乱，气就不打一处来（那事你还有理了？），遣大将丁会、葛从周、牛存节督军往救河阳。李存孝自恃骁勇，让李罕之率步军攻河阳，自率沙陀骑兵来会汴军。两军在温县（今河南温县）狭路相遇，恶战一场。河东军与战不利，被汴军杀的大败。康君立和李存孝等人逃回太原，安休休则逃往蔡州找秦宗权拜码头去了。
汴军随后又把李罕之所率领的河东步兵给包圆了，李罕之腿比较长，又跑回太原哭鼻子去了，朱温自此并有河洛之地。河东军撤后，张全义捡得一条性命，对朱温感激涕零，决定“以身相许”，尽力侍奉朱温。朱温留丁会守河阳，让张全义还回洛阳享福。
这场河阳大战是李克用和朱温之间第一场大战，从此也为后来长达三十年的梁晋（李存勖灭梁前称晋王）战争拉开了大幕。
朱温把河南局势稳定下来后，决定开始收拾秦宗权，这个大蔡皇帝经常在朱温背后捅刀子，实在受不了，不拔掉他，朱温寝食难安，正如后来赵匡胤所言：“卧榻之下，岂容他人酣睡”？
唐文德元年（公元888年）五月，秦宗权所属山南东道节度使赵德諲举汉南地归降朝廷，唐昭宗初即位。自然要干出点名堂，秦宗权是个再合适不过的目标。唐昭宗下诏以朱温为蔡州四面都统，赵德諲为副，朱温乃尽出汴军锐师。亲征蔡州。秦宗权前几次被朱温狠揍之后，实力大减，加上赵德諲的“叛变”，蔡军已然如笼中困兽，翻不了多大风浪。
朱温率军行至汝水。和赵德諲部会合，然后直薄蔡州城下。朱温在城外扎下二十八座大寨，将蔡州死死围住。朱温下令攻城，朱温身先士卒，披甲在城下指挥各部攀梯上城。城上乱箭齐下，但因为主帅在前，汴军都不敢后退，不要命也似的冲杀。朱温正在挥剑指挥，突然从城上射来一支箭，正中朱温腋下。血流如涌，衣服都被血浸红了。
要说朱温也确实是个人物，面不改色，小声告诉身边将士：“不许惊慌，乱传言者斩！”众人见主帅如此玩命，个个争先似虎狼。不过蔡军守城能力很强，一直打到八月，汴军才攻下蔡州南城，而秦宗权继续在城中做他的大蔡皇帝。
攻到九月，汴军粮草渐渐吃光。反正此时秦宗权孤守蔡州一城，对他已经构不成实质性威胁。而能够威胁汴州的，除了北方的李克用，就算是徐州的武宁军节度使时溥。朱温撤军回到汴州。然后准备转攻时溥。
十月，朱温遣朱珍率军攻徐州，时溥把老底都掏出来了，率三万徐州兵来前会战。汴军在吴康里（今江苏丰县南）大败徐州兵，时溥狼狈逃回徐州，朱温没费多大功夫就收下徐州的西大门丰县、萧县。不过朱温觉得不过瘾。又派兵攻宿州（今安徽宿州），宿州刺史张友出降汴军。至此，时溥手中只剩下一座孤城，和秦宗权成了难兄难弟，朱温暂时不动时溥，凯旋回师。
朱温真有本事，把当时天下两大镇都打成了孤城，秦宗权和时溥都成了朱温掌上玩弄的白鼠，无论如何挣扎，都难逃一个死字。在二人中，最先倒霉的是朱温此时最大的对手秦宗权。
唐文德元年（公元888年）十二月，蔡州城中发生兵变，蔡军大将申丛活捉了秦宗权，并打断秦宗权的双腿。随后申丛向朝廷投降，唐昭宗李晔大喜，封申丛为蔡州留后。朝廷使节刚到蔡州，申丛就被另一个蔡将郭璠所杀，功劳虽然还记在申丛的头上，但好处都让郭璠给吃了。蔡军所属各州县纷纷投降朝廷，祸乱天下六年之久的秦宗权势力终于被彻底扑灭。
郭璠把巨蠹秦宗权押往汴州，送给朱温。如果说上次扑杀黄巢立首功的时溥是瞎猫碰个死老鼠，这次朱温得到秦宗权则是货真价实的胜利，李克用种树，时溥摘桃子，朱温运气不错，种树摘桃子两不误。
秦宗权被押到汴州，朱温“热情接见”了这位“前朝”皇帝。两人之间有段对话，朱温告诉秦宗权：“你实在太不识相了，黄巢那么大的能耐不也没把李家的怎么样？你就敢犯上？当年你要听我的劝告，现在你混的绝对不比我差，太可惜了你。”
秦宗权好歹也算是一路枭雄，做过大买卖的，成败生死，并不在意，从容叹道：“英雄不两立，有我必无朱公，有朱公必无我，天意如此，我复何言！如果我不反，恐怕朱公也不会混到今天。”朱温按照国法，将秦宗权送到长安，亲由皇帝处置，那还有什么好？
唐龙纪元年（公元889年）二月，唐昭宗李晔在延喜楼上举行盛大的受俘仪式，痛责秦宗权负国，命京兆尹孙揆押住市中监斩。秦宗权在囚车中伸头大声呼孙揆：“孙公明鉴！我秦宗权岂是负朝廷的贼！只是我想为朝廷卖命，可惜没有进忠之路！”路人闻之狂笑。
只要秦宗权不擅建帝号，其实完全有机会学习王重荣和诸葛爽等人，这几位都投降过黄巢，后来又反归朝廷，做了大镇，秦宗权