王允平日里假意顺从董卓，以司徒领尚书令，他作为刺董的总策划人，更加当仁不让。
他先以太尉马日磾，为海内所敬的一代儒宗，请其以太尉录尚书事，执掌国朝。马日磾自称无功无禄，不敢受命。王允又荐淳于嘉，后者同样拒绝。
众人皆以王允除贼有功，请为录尚书事。录者，总领也，总领尚书台，总览朝政，为国君辅佐。王允派出使者张种前往关东，安抚反董联军。
董卓的死讯传出，士兵们都高呼万岁，百姓跑到大街上载歌载舞，很多人把珠宝拿去换成酒肉来庆祝。之前因反抗董卓而入狱的官员，都监狱里放出来，亲附董卓的官员则被入狱诛杀。
朝廷，其实是王允，任命皇甫嵩为征西将军，率军去剿灭住在郿坞的董氏族人。
在长安城东两百六十处，是董卓的封地郿县，他在此处修筑坞堡，此坞高达七丈有余，长宽各约百丈，周长四百丈。各种防御设施，一应俱全，并带有多层角楼，上千铁甲士卒日夜不停巡视其上。
因为易守难攻，董卓把此坞命名为“万岁坞”。不过，“万岁”在汉代，还不是专属于天子的词汇，倒也不能就此说董卓有不臣之心。
董卓把搜刮来的财物都藏在这里，坞中金有二三万斤，银八·九万斤，珠玉、锦绮、奇玩、杂物皆山崇阜积，不可知数。并且在其中储备了足够吃三十年粮食，他对左右说道：“我平定关东后，即雄踞天下，失败了，我也能在守在郿坞活到老。”
董卓这就是犯了典型的守财奴错误，渐渐的让手下人离心离德，这才最后被人刺杀。
其实，所有人都不明白，他们之所以敢反抗董卓，固然是因为董卓残暴不仁，董卓的心腹亲信都在外领兵。而深层次的原因，则是董卓失去了进取心，变得得过且过起来，当一个团体，没有了外在的目标之后，就容易发生内部的争夺。因为利益是有限的，当能够从外面取得利益的时候，大家之间的矛盾就会掩盖起来。当不能从外部取得利益的时候，就会开始互相倾轧，争权夺利。
这就是为什么刘备平定了青州，大家便开始争吵，因为一般看来，一州之地已经是诸侯的极限了，而刘备发兵冀州之后，所以的争吵都消失了，大家又开始团结一致，向更高的目标而努力。
在兵法上，这叫做“内不宁则某于外，外不决则谋于内。”
皇甫嵩率军至郿县，董卓的弟弟董旻和董卓的侄子董璜，还有全体董氏族人根本无力反抗，均被处死。董卓的母亲已经年过九十，走到郿坞门口，向皇甫嵩说道：“乞脱我死！”请求免死，皇甫嵩不肯，将其斩首。
汝南袁氏的门生故吏们将之前倍董卓藏在郿县的袁隗、袁基及其家人的尸骨挖出，重新安葬。又将董氏族人的尸体堆在袁氏坟墓旁边焚烧，并将骨灰扬到路上以泄愤。
董卓的尸体被放在长安市集上暴尸，董卓身体肥胖，死后流了一地的油，草都被染红了，守尸的官吏，将一个大灯芯插在董卓的肚脐眼里点燃，光明达旦，连续燃烧了好几天。
董卓曾经派出李傕、郭汜、张济、贾诩等人率领数万人马，向东进攻兖州陈留郡、豫州颍川郡等地。当地百姓，多见杀略。
兖州刺史刘岱和陈留郡太守张邈，根本不敢和董卓的西凉军交手。
豫州的孙坚倒是不怕李傕，不过这个时候他跑去和刘表打仗了，结果挂在了荆州。李傕在颍川大肆掳掠，抢到了弘农王刘辨的王妃唐姬。
等到董卓被刺杀的消息传来，李傕、郭汜等人非常愤怒，因为王允和吕布都是并州人，便将自己军队中的数百名并州人全都杀了泄愤。此事又激怒了王允。五月十日，长安朝廷宣布大赦天下，但赦免范围不包括李傕、郭汜这些董卓故将们。
在大赦天下之前，吕布多次劝王允赦免李傕等人，王允不许。等大赦之后，吕布又提出将郿坞里获得的董卓财物赏赐给朝廷公卿大臣、将军校尉等，用来安抚人心，王允依然不许。
这是王允和其他士人一样，骨子里也是瞧不起吕布的，之前为了刺杀董卓，这才勉强和吕布结交，现在董卓已经被点了天灯了，就把吕布当成一个剑客而已。所谓“剑客”，说白了，就是打手一流的人物。
王允认为领兵在外的李傕等人不足为虑。便要解散凉州军。有人劝说王允：“凉州人一直忌惮关东袁氏，如果要解散凉州军，他们必然人人自危。不如拜皇甫义真为将军，前去接管凉州军，屯兵于陕县安抚人心，再与关东袁氏联络，以观其变。”
皇甫义真，就是皇甫嵩，此人是凉州人，在凉州素有威望。
王允还是不许，他说道：“关东联军的人都是我的党徒，我不会做出让凉州人安心，关东联军疑心的事来。”
王允又任命吕布为奋威将军，假节，并可同三公一样开府，封温侯，命吕布率军去讨伐驻军在弘农郡陕县的牛辅。
牛辅是董卓女婿，自知赦免无望，心难自安。此时，屯兵渑池的董越前来与牛辅商讨对策，牛辅和董卓一样，素来迷信，凡事都要先算一算卦。他让占卜人算董越的来意，这个占卜人曾经常被董越所鞭打，于是故意说董越此次前来是要图谋牛辅的，牛辅便将董越杀了。
唉！封建迷信害死人啊！
吕布派李肃去讨伐牛辅，结果被牛辅所击败。李肃退守弘农郡，吕布大怒，便