“牧野并不知道数码世界的事情，会这么想很正常。也不知道数码世界里的数码兽发现无法进化之后会做出什么事情来，这段阵痛期可是很难熬的……”陆峰结合第三部里的情形，大致就能详见发现不能进化后，那些数码兽的烦躁、失意、灰暗。基于第三部的boss帝厉魔并不算多么强大的敌人，陆峰心底已经暗暗认可了高石武的决定，但是还有那最深切的一点忧虑，让他难以安心……
“那你为什么不把事情的经过告知他们？”武之内素娜疑惑道。以前陆峰曾说过要在数码世界建立真正的文明，让数码兽摆脱不断灭世的轮回宿命。但skuld层诞生后，在这个陆峰亲手创造的世界里，暴君过度居然开始最大限度的收缩，这是在基路比兽毁灭数码星球时偶读没有出现过的。
“原因……很复杂~！”陆峰只能深色复杂地说出这么一句话来。
一来是陆峰先前的努力不断被规模越来越大的灭世战争嘲讽，除了留下一些种子，他的努力几乎没有收到多少效果。二来，帝厉魔是数码兽的克星，普通数码兽连碰都不能碰，更何谈战斗？还不如把它们保护起来，也是避免被超究极体甚至更上级存在的战斗波及到。都是无奈的选择啊。
说到数码兽的进化，三位主角能借助古乐兽的力量进化，真是无比的幸运。那古乐兽现在在哪里呢？在神话时代见到的那只古乐兽与这只古乐兽有关？
黄昏把小学校园渲染成温暖的颜色。经过一段时间的相处，松田启人不再那么担心基尔兽被人看到，在没有人的时候他也会把基尔兽带到学校来，今天就是如此。基尔兽嗅着空气中的气味找到了躲藏在花坛里的古乐兽，原来就它就是晚上在操场上乱画、把体育仓库的门锁弄坏的凶手。
朱雀兽隐瞒四圣兽其他人将古乐兽“创造”出来，是为了得到向更上一层进化的力量，但新生的古乐兽却与朱雀兽想象中完全不同，它完全不记得神话时代的事情了！天真烂漫~不，古乐兽原本就天真烂漫——这只古乐兽仿佛真的就是“新生”，它甚至不懂得如何使用自己的力量，而且真的把自己当成一只数码兽！
恼怒的朱雀兽无法从这样的古乐兽手中获得进化的力量，只能将它囚禁在朱雀兽领域的深处。但它没想到的是，古乐兽居然能逃出那个铁笼子——明明没有任何战斗力，古乐兽究竟是如何办到的？
更神奇的是，古乐兽一路逃出朱雀兽的领域，没有被守门的玉兔兽发现，穿越物理层（puallaye），稀里糊涂地被卷到天上，落入网络世界。就连遇到凶恶的数码兽想要袭击，也会有其他数码兽“恰好”到此，替它挡劫。简直就是开了“主角光环”的穿越者，诛邪退避，百毒不侵！
所以现在，发现古乐兽逃走的朱雀兽正气急败坏，在朱雀兽的领域掀起万丈波涛，命令帝魔到人类世界寻找古乐兽。