飞逝的秒针，流动的水星，现代社会人心荒芜疲惫，柯南的推理是一剂良药。千寻再次来东京游玩，真实的目的是敷岛探险，传说中的幽灵船龙神号在风雨交加的夜晚突然出现，引起了她的极大好奇。晓月气哼哼地批评千寻是无事生非，不过，在她的圣闘士动画中，也有一集是幽灵船故事的，所以也想去看看到底怎么回事。静杨、小雅、直子三女对这种灵异的事情，多少有些胆怯，就决定不去了。千钧只好独自陪两位妹妹前往敷岛游玩。
龙神号是在7年前台风来临之际遇难的，传说这艘船上有价值十亿日元的金块，它的再次出现引起了很大的轰动。但让敷岛村长失望的是，船上没有找到任何金子。大家都怀疑是幽灵船、水军作祟，村长根本不信。
在出发当日，千钧兄妹在船上巧遇毛利三人组，他们也要去敷岛。原来，毛利小五郎被邀请去演讲，随行的还有电视台的人，显然，小兰还不知道幽灵船和水军作祟的事情，否则她肯定会害怕。轮船快速航行，大家在甲板上观看海景，两位美丽的少女千寻和晓月指着远方，低身讨论着。敷岛的接应人员是助役木下五郎，今年53岁了，戴着眼镜，给人一种阴沉的感觉，告知大家，“再有3个小时，就到敷岛了。这次毛利先生能答应为我们演讲，大老远跑到这个偏僻的地方来，真不知如何感谢才好……”小五郎哈哈大笑，“没什么了，不过，你们那里还真远啊！”
小兰见老爸出丑，从后面掐了他一下，小五郎大叫好痛。千钧低声道，“这个木下感觉怪怪的！”柯南哼了一声，“我觉得他很正常，是典型的日本人！”千寻和晓月围绕着海景的作图激烈争吵着，千钧苦笑，“我就知道她们会这样。”柯南大喊，“木下伯伯，传说的龙神号又被发现了对不对？”这下也引起了千寻和晓月注意，二人停止了吵闹。木下五郎肯定，“没错，岛上的居民都说是幽灵船，还引起了一场骚动呢。”
晓月询问，“可是听说到最后也没有找到那些金块。”木下苦笑，“其实，没有人知道以前上面到底有没有金块，这些都叫人怀疑。老实说，光这艘船，就足够村子改善经济了，我们村长为了这个也很高兴。”千寻好笑，“是靠着幽灵船的炒作，振兴了你们村子吧！”木下笑道，“还不止这样，我们还邀请了不少名人到岛上参观，也是振兴村子的重要一环。”毛利大喜，“想不到我毛利小五郎已经声名远播了。”木下五郎恭维，“那是当然了，一提到名侦探毛利小五郎的名字，我相信全国都……”
听到毛利大叔的名字，旁边戴墨镜的男子大惊，手中的望远镜跌落在甲板上。随后，男子捡起望远镜回船舱去了。千钧询问这家伙是谁，木下说此人是东京东都旅行社的职员，因为幽灵船骚动的关系，他们的旅行团希望以这个为卖点来这里旅游。轮船驶抵敷岛，敷岛绿野成林，美丽闪烁，村民在码头热烈欢迎前来的游客。大家走下船去，看见欢迎的人群非常热情，高举着欢迎名侦探毛利小五郎的横幅，不少美貌的女子高声尖叫着小五郎的名字，为首的居然是2个高中女生。
小五郎大笑，“大家这么热烈欢迎我啊！”毛利侦探整理一下衣服，酷酷地走过去，大家跟在后面，村长三上武男，今年50岁，是个胖胖的日本男子，热情地走过来跟小五郎握手，“毛利侦探，长途劳顿，你一定很累了吧？”然后村长进行了自我介绍，“您能够来到这个地方，我真是太感激了。”小五郎随口谦虚着，旁边走出一个极其可爱的小女孩，梳着朝天辫，“这个不怎么样的叔叔，真的那么有名吗？”大家都是一愣，女孩有些失望，“我一听说名侦探要来，还以为是个长得比较帅的叔叔呢！”
小五郎大怒，“你说什么，你这个可恶的小鬼！”三上村长急忙斥责，原来这个小女孩是他的女儿三上铃，“这样对爸爸的客人太失礼了！”小五郎立即见风使舵，摸着女孩的头，“原来是令爱啊，简直太可爱了！”千钧好笑，“大叔的这项本事可够厉害的，变脸的速度世界第一！”大家都有同感，三上铃没有搭理小五郎，直接闪避走过去，小五郎当场摔倒在地，大家都笑起来。三上铃称赞，“这三位姐姐都好漂亮啊！”小兰、晓月、千寻也上前，赞扬三上铃的活泼美丽，三上铃非常开心，看到千钧有些疑惑，“咦，原来真的有怪叔叔啊！”
千钧火大，“什么？怪叔叔？我有那么老吗？”晓月和千寻都放肆地笑起来，“笨蛋哥哥，你这是第几次被孩子称为怪叔叔了？”“不知道的人，还以为你是萝莉控呢！”千钧郁闷无比，三上铃看见柯南，惊喜万分，仿佛发现了新大陆一样，问起柯南的名字，柯南随口回答“江户川柯南”。三上铃皱眉，“好奇怪的名字啊！东京现在流行这个样子的名字吗？”柯南哼了一声，“要你管！”三上铃对柯南很有好感，“随便啦，我叫三上铃，看样子我比你大，你要叫我姐姐啊！”
美丽活泼的三上铃，与柯南同岁，但是比柯南还高，早熟的小美女，误以为自己比柯南年龄大。三上铃搂住柯南的胳膊，“现在流行跟比自己小的人交往嘛！”柯南露出无奈，千钧打趣，“你还真的受美女欢迎啊，哈哈……”说笑之际，墨镜男走过来，木下五郎上前介绍，墨镜男打断他的话，自我介绍是东都旅行社的