等到拂晓的时候，搜索队和村民自卫队纷纷传来消息，没有发现任何可疑人物。小兰、晓月、千寻已经熬不住困意，爬在桌上睡着了。柯南和千钧、毛利还在耐心地等待消息，最后的结果让人失望。不过，由于没有船只，任何人都无法离开，可以证明凶手还在岛上。老警察下令，“请守夜的人留下，其他人都回自己家休息。”小五郎指着地图，提醒他，“这个地方还没找过呢！”老警察的脸色不太好看，“这个地方，还是不用找了吧，那里是水军洞穴！这个岛上的居民，没有人敢靠近那里的！”
老警察继续辩解，“光靠我一个人也不行啊！”三上武男很生气，“你是我们村子的警察，怎么可以说出这么没出息的话！”老警察恼怒，“那村长你自己去好了！反正我这个警察也该退休了。”三上村长色厉内荏，“胡说八道，为什么要我自己去？”毛利和千钧一起摇头，这都什么人啊！
天亮了，太阳跳出了海平面，霞光万道照射着敷岛。柯南却觉得自己的推理有些问题，千钧疑惑，柯南解释，如果上原杀了浜田，应该已经把金块所在地问出来了，“可是为什么昨天晚上他还要到浜田的房间东翻西找呢？”千钧皱眉，“那我们再去龙神号现场看看吧，也许能发现什么。”柯南点头同意。
千钧打晕看守后，二人进入仓库，柯南在船上发现了青苔，这是敷岛特有的一种青苔。柯南断定这艘船果然没有沉到海底去，“这7年来，它是怎么躲过村民们的耳目，而隐藏得这么好呢？”柯南看到远处的灯塔，恍然大悟。随后二人来到灯塔，千钧抱起柯南，让柯南通过架子上的望远镜观看远处，果然看到了水军洞穴。千钧笑道，“如果是那里，自然就没有人肯靠近……”柯南大惊，“难道……上原从这里观看的话，就很清楚了，所以他根本没有拷问浜田的必要。”
二人匆忙离开灯塔，打算前往水军洞穴。然而，所有的路口都被村民把守住了，千钧试着上前交涉，但村民们拒绝任何人去打扰水军的灵魂。柯南躲在灌木丛后着急，三上铃从身后突然出现，用小手轻轻敲打柯南的肩头，吓了柯南一跳，柯南回过头，不屑，“原来是你啊！”三上铃很生气，“你这是什么口气啊！你不是想到水军洞穴去吗？”柯南点头，没好气地说，“你难道有办法？”三上铃很得意，“不用担心，我可以告诉你捷径。”
柯南大喜，“真的吗？怎么走，快点告诉我！”三上铃开始拿乔，“什么啊，你这样子也是求人的态度吗？”柯南忍住气，“小铃，求求你了！”三上铃不满意，“就这样啊？”柯南火大，“要不然，你还让我说什么？”三上铃转过身，指了指自己嘴唇，张了张嘴。柯南脸红，大惊，“干嘛？你在想什么啊！”三上铃冷笑，“不愿意就算了，我要走了。”柯南头疼，“烦死了！”三上铃主动让步，指了指自己的脸蛋，“亲这里也可以，来……”柯南无奈，只好亲吻了三上铃的脸颊。三上铃高兴万分，决定马上带柯南去水军洞穴。柯南恼怒，“这家伙真过分！”
经过多次交涉失败后，千钧不得已放倒路口的所有守卫村民，却发现柯南不见了。此时柯南和三上铃穿过捷径，抵达了水军洞穴。三上铃露出惧色，“你不会真的要进去吧？”柯南无所谓，“我当然要进去了。”“可是……”柯南好笑，“你不是不相信大家说的那些迷信吗？”三上铃嘴硬，“那当然了，我只是身为你的保护者，警告你而已！”柯南笑道，“你要是害怕，就留在这里吧！”
柯南信步向里走去，三上铃犹豫一下还是追了上去，“等一下，大家说的那些全都是迷信吧？”柯南哼了一声，钻过拦线，和三上铃走入洞穴，洞口却闪现一个黑色的人影。三上铃紧紧揽着柯南的肩膀，来到洞穴深处，发现点着蜡烛的神位。三上铃道，“被杀死的浜田就是在这里照顾水军的。”这时，突然起风了，吹入洞穴发出呜呜地凄厉声。三上铃害怕极了，捂着耳朵蹲在地上，“水军的灵魂生气了！”柯南发现了破绽，走过去推动木制的神位。三上铃大惊，“柯南，你等一下！”
柯南推开神位后，发现后面又是一个洞穴。“刚才那阵风根本不是水军的灵魂生气了，是从缝隙中吹进去的风在洞穴里面引起了共鸣。”三上铃很是佩服，“要进去吗？”柯南嗯了一声，二人顺着阶梯走下去，柯南发现这个阶梯不是自然形成的，而是什么人特意堆垒而成的。三上铃发现前面有亮光，二人向前跑去，但是阶梯突然崩溃倒塌了，二人惊叫着向里面滚去。
幸好，下面已经不是很深了，二人爬在了阶梯砖块上。三上铃抱怨，“这是什么阶梯啊，做的时候这么马虎！”柯南揉了揉头部，真的很痛，捡起一块青砖，发现这砖很重，上面的青苔果然是岛上特有的。洞穴的前面出口，正对着外面的大海，碧蓝的海水轻轻地拍打在洞口的岩石上，发出清脆的水声。三上铃跑过去，很是开心，“柯南，这里好漂亮啊！”柯南跑过去观察旁边的岩壁，上面没有青苔，证明这个地方崩塌没有多久。“对了，就是因为台风，这里才开了口子。”
柯南很快发现旁边有一处很大地方，似乎被什么东西磨过，看来龙神号果然是藏在这里的，这个出口在龙神号进来之后被封住了，又因为台风，让龙神号重见天日。