秦良玉组建白杆兵之后，因为这份家底，很快登上了征战沙场的历史舞台。明万历27年，杨应龙在贵州遵义叛乱，秦良玉协助丈夫马千乘前去平定叛乱。万历41年，马千乘被太监邱乘云诬告，病死于云阳的监狱，秦良玉于是替代马千乘的职位。从此，秦良玉率领兄弟秦邦屏、秦民屏先后参加抗击清军入关之战、平定奢崇明之乱、张献忠之乱等战役，战功显赫。史载：崇祯十七年（1644年），张献忠领大军长驱直入，进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”于是秦良玉分兵守卫石柱。张献忠虽滥杀无辜，却不敢来石柱，因此石柱一方百姓得以保全。
明天启元年，明熹宗朱由校加封秦良玉为二品诰命夫人。崇祯皇帝朱由检曾作诗四首赞颂秦良玉。隆武二年（清顺治三年，1646年），远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太保兼太子太保衔，封忠贞侯。同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以四川招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。永历二年，明朝宗室朱荣藩称监国于忠州，派使者征粮于秦良玉，秦良玉不应，朱荣藩遣军攻之，秦良玉求救于李占春，朱荣藩才退走。五月二十日（清顺治五年，1648年7月10日）寿终而死，享年75岁。秦良玉死后后世文人赞颂秦良玉所作的诗词非常多，近代冰心、郭沫若也对秦良玉大加称赞，爱国将领冯玉祥也曾说到：“纪念花木兰，要学秦良玉。”