阿合马却擅自提拔官员，不让吏部拟订初步的使用意见，也不咨询中书省。
丞相安童将这个情况报告了忽必烈。
忽必烈听了很恼火，召来阿合马质问。
阿合马不慌不忙地回答道：“事无大小都交由我办，所用之人当然应由我自己来选择。”
安童无言以对，只好向忽必烈说道：“自今以后，只有重刑及调迁上路总管才交给我来办，其余的事情都交给给阿合马，以便各部门的权限清楚。”
忽必烈微笑着答应了。
忽必烈登基的初期，朝廷的各级官吏都没有俸禄，等于公开让他们去勒索百姓，贪污中饱，严重影响了正常的统治秩序，是一个亟待解决的重大社会问题。
阿合马上任以后力主推行官俸制度。他订立条例，减并州县，核定官吏的人数，根据官员的级别发放俸禄和公田，并且还要考核官员政绩的优劣。但是，由于种种原因没有施行起来。1266年，阿合马担任中书平章兼任制国用使以后，正式规定了京、府、州、县、司各级官吏的俸禄和职田。1270年，他又规范了军官的俸禄。之后，虽然曾有过暂时停俸禄和减少官俸的现象，官俸制度作为一项重要制度从此确定了下来。勒索百姓、贪污钱财不再是合法的行为了。1267年，大名路的达鲁花赤爱鲁、总管张弘范等因为盗用官钱受到了罢官的处分。
阿合，用12000锭钞作为钞本买卖金银，维持物价平衡和保证纸币的信用。初期，钞法实行得十分有效，盐、茶等税收都用纸钞，保证了纸钞雄厚的物质基础。元代钞法是世界上最早的纯纸币流通制度，在世界币制史上具有特殊的地位。然而，由于连年用兵、费用浩繁，纸钞不断增发，开始出现了通货膨胀，纸币贬值，物价飞涨。
1275年，伯颜、努海带领元兵大举进犯南宋，占领了大片的领土。
忽必烈安排阿合马与诸位大臣商议，在江南实行大元的盐法、钞法以及开展药材贸易之事。
阿合马很快提出了方案：在南京、卫辉（今天河南的卫辉）等路按户籍收集药材；在蔡州发售十二万斤官盐，禁止人们私相贸易。
忽必烈认为切实可行。
阿合马为人足智多谋，又会说话。大家都称赞阿合马十分能干。大汗忽必烈也格外器重他。
忽必烈急于建设富强的国家，又见阿合马才气逼人，因此放手让他大胆办事，对他的建议也无不采纳。
久而久之，阿合马成为一人之下、万人之上的权臣，因而开始专权、更加刚愎自用了。
右丞相安童看到阿合马长期专权，心里很不舒服，便上奏忽必烈说：“大都路总管阿合马之子忽辛手下的人大多不称职。阿合马和张惠把持宰相的大权，做商贾之事，尽收天下之利，受害的百姓有苦无处诉。”
阿合马得知以后争辩道：“是谁胡说这样的话？我与张惠要与他当廷辩论。”
安童又对忽必烈说道：“忽辛的部下在官府与商人的木材交易中谋取私利，罪状清楚。”
忽必烈说道：“若是这样，查明后撤了他的职。”
安童接着告发了忽辛与一桩泄密案有牵连。
忽必烈责备安童道：“他对自己的部下与胡人做生意的事尚且不知道，怎能把国家的机密交给他呢？”
后来，中书左丞崔斌奏告忽必烈：“杭州地大，责任不轻。阿合马以自己的不肖之子抹速忽担任达鲁花赤、佩虎符，岂是量才授官之道？以前，阿合马自己要求免除子弟的职务，他现在自己身居平章要职，全家的族人都安置在要害部门。这样是自背前言有损公道啊。”
忽必烈看到对阿合马的举报越来越多，思想上有些动摇了，于是下令罢免了阿合马许多子弟的职务，但是没有处理阿合马本人。
忽必烈曾经对淮西宣慰使昂吉儿说过：“做宰相的人要明天道、察地理、尽人事。兼有此三条的才是称职的宰相。阿里海牙、麦丁等也不能当宰相。回回人中只有阿合马才可以担任宰相。”
可见，忽必烈是多么信任阿合马啊。
阿合马长期身居高位，自然地形成了自己的小圈子，实行的政策又触动了权贵的利益，惹怒了朝廷内外的很多人。
安童在容忍了很久之后才向忽必烈汇报说：“我近来常说尚书省、枢密院、御史台宜于各自遵循常例向皇帝作报告，重大问题应该由侍从的大臣议定后上奏，这是皇帝已有旨应允了的。现在一切由阿合马的尚书省报告，似乎违背了皇帝以前应允了的话。”
忽必烈说道：“你说得很对，我哪里想到阿合马因为得到我的充分信任而敢于如此呢？有些问题我没有和你商议是不对的。应该像你说的那样，三家各按常制奏事为好。”
安童趁机揭发道：“阿合马所用的部官很多都不称职。但是，阿合马已经得到大汗的同意宣布了。应当在他们上任后多加考核，看其是否真能胜任。上任的时间长了，个人的品行和才能是可以看出来的。”
忽必烈点头称是。
阿里和阿合马、赛典赤因为同是花剌子模的回回人，有过一些面上的来往。努海成为大元的主将以后，与阿合马来往较多，也曾劝阻他注意保护自己，以免惹怒众人。
阿合马正值春风得意，并没有听进去努海的忠告。
1282年的4月，忽必烈前往上都，太子真金一起陪同。
益