总督勒尔谨闻讯以后大吃一惊，一面调遣西宁镇副将贡楚克连尔在循化截住起义军的归路，派遣循化文武官吏赶赴河州镇压;一面将哲合忍耶的精神领袖马明心逮捕，从官川解押到了兰州。
苏四十三和马明心的义女撒鲁尔人赛利麦听说教祖马明心被捕，心急如焚，日夜兼程，进逼到了兰州城外，强烈要求官府释放马明心。他们扬言，如果不释放马明心，即可攻打兰州城。
当时，兰州城里军力空虚，只有800名大清标兵，却不肯释放马明心。
苏四十三率领起义军从西关攻打兰州的城门。
布政使王廷瓒面对勇猛的起义军大为惊恐，无奈之下采用缓兵之计，命人将马明心押上城墙，逼迫他劝谕苏四十三退兵。
苏四十三等众人见到城墙上的马明心，齐刷刷地跪在地上，情绪激动，泣不成声，嘴里连连喊道：“圣人。”
马明心看到起义军的规模虽然十分宏大，但是，无力无法与强大的大清对抗。于是，他打着手势，规劝苏四十三退兵。
苏四十三等起义军领袖没有明白马明心的意思，继续包围兰州城，绝不后退一步。
马明心急得心头冒火，便让人把自己从天方带回来的手杖扔下了城墙。
苏四十三冲到城墙下面，捡起了手杖，确认是师傅的圣物。将领们互相传递手杖，士兵们抢着抚摩，激动得热泪盈眶，情绪达到了亢奋的地步。
王廷瓒看见民众如此敬仰马明心，担心如果放他回去必将酿成更大的动乱，便命人悄悄地杀害了马明心，同时却故意对外放话说十日之后一定释放马明心，还释放了马明心的随从，麻痹起义军，自己则耐心地等待大清的援兵。
朝廷为了镇压哲合忍耶起义军，从四处调兵遣将。大学士何柱带2000多京师健锐营和火器营赴援，又先后派阿桂、和坤、马彪、伍弥泰等人率兵万余进剿。各路清军齐集兰州附近。
起义军将士们英勇杀敌。赛利麦率领女兵与清军对阵，一仗下来杀死了9名清军将官。她与丈夫将清军的人头割下，挑在竹竿上示众警告。
大清官兵看到赛利麦的举动，顿时吓得魂飞丧胆。
随着大量清军援兵的到来，起义军因众寡悬殊在阵前渐渐不支。
赛利麦和丈夫一同不幸阵亡了。
苏四十三被迫退守到兰州西关以外的华林山上，坚持与清军战斗。
清军多次围攻华林山，却久攻不下。
起义军利用有利的山地地形大败清军，打死清兵990人，还打死一批将官。
朝廷因为勒尔谨出师长久而无功被革职，改调和坤代替他。
后来，大清又派遣来了2万多大兵，里三层外三层地包围了华林山。他们想到了“以夷制夷”的办法，命令撒鲁尔土司韩煜率领信仰老教的撒鲁尔人充当先锋队，在前面攻打华林山上信仰哲合忍耶的撒鲁尔人。韩赛义德和大儿子也在这支先锋队里。
韩赛义德是在糊里糊涂之中被韩煜调到镇压苏四十三的队伍里来的。他后来才知道攻打起义军的原因是为了捍卫老教的正当性。韩赛义德不明白，为什么撒鲁尔人要自相残杀？到底是为了老教还是为了大清王朝？
朝廷又从四川金川屯调来千名剽悍的吐蕃士兵和700名勇敢的阿拉善旗蒙古兵，一起充当清军的先锋队。
苏四十三率领战士们几次试图突围，均未成功。人员又有一些伤亡。
这时候，老奸巨猾的阿桂下令封锁华林山，断绝上山的水源，企图饿死渴死起义军。
阴历六月十五日早晨，清军又开始大举进攻起义军。适逢大雨,导致清军的炮火失效。
起义军乘机反击，同清军展开了肉搏战，打败了清军。
下午，雨过天晴。清军抓住有利的时机，加强了火攻，焚毁了起义军的帐房。
华林山上浓烟滚滚，乱成了一片。
清军下令撒鲁尔人、吐蕃人和蒙古人发起冲锋。
韩赛义德提着明晃晃的大刀冲在最前面。他惊讶地看到：苏四十三与著名的教士马明德、海朝宗手持大刀，指挥将士反击。
就在韩赛义德发愣的一瞬间，双方的官兵展开了激烈惨酷的肉搏战。
眼前突然闪过一道寒光，韩赛义德机灵地蹲下身子。大刀从他的胳膊上划过，留下了一道冒着鲜血的伤口。他赶紧趴在地上，用手紧紧地攥住伤口。
苏四十三在清兵的团团包围中不幸壮烈牺牲。
其他的起义军官兵退上山去。
韩赛义德被老教的撒鲁尔士兵救下了山，留在军营里养伤。
六日下午，清军用火炮轰塌了起义军占据的礼拜寺的院墙。一批少数民族敢死队员冲入了寺内。
双方短兵相接，白刃肉搏。山坡上躺满了鲜血淋漓、皮开肉绽的尸体。
最后，起义军官兵全部战死，无一投降。
至此，苏四十三领导的哲合忍耶反清起义宣告失败。
从三月十八日发动起义开始，苏四十三率领起义军攻河州，围兰州，鏖战华林山，经过四月、五月、闰五月、六月，到七月初六日全部牺牲为止，经过了四个多月约140天的浴血奋战，写下了可歌可泣的反压迫斗争的伟大篇章。
起义失败以后，大清的统治者采取了“斩绝根株”的政策，大肆杀害安定、