估计不到的危险，也许就在你的脚下。
——乌孜别克族谚语
阿里的大多数后裔在大清镇压撒鲁尔人苏四十三起义的时候逃亡到了东乡山区，在离河州城10里的轿子沟定居了下来。只有穆和迈继承了家族的传统，继续在河州城里的开商铺做生意。
陕西起义军和甘肃金积堡起义军同清军展开血战的时候，河州的回回人也发动了反对大清官府的起义。
马占鳌俗称莫泥沟阿洪，原籍陕西大荔的王阁村。大清初年，祖先马希超到来到甘肃河州经商，迁居到莫泥沟的何家庄村居住。
马占鳌从小学习宗教知识，24岁的时候先后在莫泥沟礼拜寺和大河家礼拜寺担任阿洪，是华寺门宦比较有名的阿洪。
马占鳌担任阿洪做的第一件善事，就是要求父亲把准备留给他的财物全部分给穷苦的农民。
他对父亲说道：“阿达，留给孩子丰厚的钱财，不如教给孩子正确的信仰。我既然已经有了正确的信仰，还要那些钱财干什么用呢？”
给穷人散发钱财这件事为马占鳌赢得了良好的声誉。老百姓见他有勇有谋，又通晓阿拉伯文的经典，都自发地把他看作是西乡回回人的首领。但是，诺大的西乡已经容不下马占鳌安心念经的炕桌了。
1862年，东乡北庄门宦创始人马葆真的孙子马悟真为了反对官府偏袒老教，利用锅里没有一粒粮食的撒尔塔民众的情绪发动起义，攻下了许多的村镇。
阿里在轿子沟的后代们信仰老教格底木，没有参加这次起义，只是悄悄地观望着事态的发展。他们想道：如果官府将来镇压格底木，他们就躲避到更加偏僻的山沟里去。
第二年2月，马永琳和马永瑞率领河州的八坊回回起义，奋力反抗官府的残酷和压迫，包围了河州城。
狄道（今临洮）的官员为了防止本地的回回人跟着造反，将城内500余户4000多的回回人全部屠杀了，还把礼拜寺和回回人的房屋全部焚烧殆尽了。
事件发生以后，狄道乡下愤怒的回回人在穆夫提（宗教讲师）马云的领导下举行反抗官府的起义。
河州等地各路起义军前往支援，将狄道城紧紧地围困起来。
狄道城被围了150余日，食尽援绝。
马大汉率领起义军从南门登上城墙，攻入城内，占领了狄道城。
同时，马悟真、闵殿臣、马永琳、马永瑞、马福堂、马万有等率领起义军主力包围了河州城。他们先后两次发动攻城战，均遭到了失败，而且还损失了300多人。
攻城失败以后，他们认为如果要取得斗争的成功，必须要有一位能力超群的人作为领导，统一指挥各路起义军。
马悟真、马永琳等人经过商议认为，华寺门宦大阿洪马占鳌在回回民众中威望最高，具有卓越的领导和组织才能，是胜任这个职务的最佳人选。于是，他们亲自登门，请马占鳌出山，承担领导反对官府的领导重任。
马占鳌热情地接待了起义军的领袖。他敞开心扉，陈述了自己的观点：“反对大清朝廷不是一件容易的事情。各个门宦必须齐心协力，共同管理好自己的信徒，才能取得胜利。否则只会给老百姓招来更大的祸害。”
起义军的首领纷纷表示接受他的建议，一致推举马占鳌为河州起义军的主帅。
马占鳌有谋略，善言辞，在宗教界有崇高的地位，在群众中有很强的号召力。他的表弟马海晏有武艺，会军事，作战勇猛，拥有社会威望。马家的表兄弟可以说是一对绝佳的文武大将。
马占鳌首先召集起义军的大小头目，制定了全盘的战略方针。他说：“我们应该与西宁的马桂源联络，从大通出兵到扁都口，占领甘州、凉州和肃州。如果把这三个地方作为起义的根据地，那么河西走廊的五郡就都由我们来掌握了。牧马黄城滩，占据金城关，然后向东攻取秦州。至于狄道，即便是得到也不好防守，不如放弃。当年吐蕃在甘肃失败就是败在了狄道。首先，我现在要和你们共同约定，同时还要告诉汉人，一定要让老百姓照常耕种土地。老百姓太平了，你们坐享其成，何乐而不为呢？其次，一定要打通黄河与湟水之间的道路，为出征河西做准备。”
大家对他的观点都表示赞同。
第二年元月，马占鳌统帅各路起义军攻打河州城。他奋勇当先，带头爬上城墙，与敌人展开厮杀。
马占鳌的弟弟马占魁也爬上城头，在战斗中身负重伤，被清军用大火活活地烧死了。
马占鳌的起义军被清军打退了。
出师不利和弟弟的去世激起了他攻克河州城的决心。
马占鳌一面组织起义军继续围攻河州城，一面派遣人马四面出击，骚扰和打击清军；另一方面，先后派出两支队伍支援董志塬和金积堡的起义军。
11月1日，马占鳌指挥起义军终于攻克了围困长达11个月的河州城。
破城以后，马占鳌并没有采取以暴制暴的错误做法，而是三令五申不得大开杀戒，伤害无辜的各族百姓。
他首先下令不许杀害官府的文武官员，除了提前逃走的官员以外，派人把其余的文武官员护送出城。
马占鳌还下令，凡是愿意投诚皈依回教的汉人可以挂出白旗，戴上白色的号帽，一律不得杀害。
河州城里的大多数汉人为了保全性命，纷纷皈依了回教。
一些起义军将领心胸狭隘，素日就嫉恨汉