穆罕默德·雅霍甫骁勇善战，屡立战功。
1860年左右，穆罕默德·雅霍甫晋升为阿克麦吉特(今哈萨克斯坦克孜勒奧尔达)市的官员，成为一方诸侯。人们尊称他为雅霍甫伯克（即雅霍甫大人）。大清的官员按照耳音错翻成了汉文的阿古柏。
占据喀什噶尔旧城的柯尔克孜人司迪尔自立为帕夏（即总督）。他为了树立自己的威信，决定派手下的回回人金相印到浩罕汗国去，把被乾隆杀掉的大和卓波罗尼都的第四代孙子、张格尔的儿子、号称圣裔的布苏鲁克迎归回疆作为和卓，计划把他当作傀儡。
浩罕汗国是乌兹别克人和塔吉克人于1710年在费尔干纳盆地建立的封建小国。1760年，浩罕汗国成为大清的藩属国。1822——1842年，汗国进入鼎盛时期，多次支持大和卓之孙张格尔入疆叛乱。
浩罕汗国对回疆垂涎已久，终于盼到插手干预回疆的机会。
1865年的春天，受浩罕汗国的汗王的指派，阿古柏将军率领50名骑兵护送布苏鲁克，来到了喀什噶尔的回城。
布苏鲁克和阿古柏一到喀什噶尔便发动了兵变，将司迪尔赶出了回城。
恼羞成怒的司迪尔率领7000多的柯尔克孜兵袭击喀什噶尔。
阿古柏仅率领100名骑兵夜袭敌军，轻松地击溃了司迪尔，显露出超群的军事指挥能力。
阿古柏接收了司迪尔的军队，组建了一支数千人的军队。他带领自己的军队攻克了英吉沙县，将司迪尔的残部彻底赶出了回疆。
4月，在阿古柏的大力扶持下，布苏鲁克建立了哲德沙尔汗国（即七城汗国），表明他意图统治喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车和乌什七大城池的野心。
阿古柏及时调整战略的重点，进攻围困了13个月的喀什噶尔汉城（今天的疏勒县）。
9月1日，清军守备何步云开城投降。喀什噶尔办事大臣奎英和协办大臣福珠凌阿带领全家自杀殉国。
阿古柏在汉城中大肆奸淫掳掠，屠杀了数万的满人和汉人。
浩罕汗国被俄国支持的布哈拉汗国再次打败。汗王的近侍官玉努斯江带领7000多浩罕残军，跑到喀什噶尔投奔同族的阿古柏。
阿古柏得到这支军队以后实力大增。
1866年12月，阿古柏攻克和阗，大肆屠杀反抗的市民。
从此，回疆的民众恨透了浩罕人，喊出了“杀尽安集延人”的口号。安集延是浩罕汗国边境上的贸易城市。回疆的老百姓以安集延人代指浩罕人。
大和卓布苏鲁克不甘心做阿古柏的傀儡，在喀什噶尔发动了兵变。
阿古柏很快把不听话的布苏鲁克赶下了宝座，打发他到遥远的阿拉伯半岛朝圣去了，推举布苏鲁克的堂兄买买提明即位。
不料，买买提明也不甘心做阿古柏的傀儡。
随着不断取得胜利，阿古柏认为不需要再用傀儡做遮羞布了，暗中下药毒死了买买提明，索性自己走到了政治的前台。
1867年5月，阿古柏宣布取消哲德沙尔汗国，建立洪福汗国，自封为洪福汗国的国王。
7月，阿古柏征服了南疆最后一个也是最强的对手库车的和卓热西丁。在不到两年的时间里，阿古柏经过不懈的努力和反复的争夺，终于统一了南疆的广大地区。
1870年5月，阿古柏获得了英国和俄国大批的先进装备，进一步向东疆侵犯，遭到了回回起义军的有力打击。
阿古柏率领军队再次反扑，在吐鲁番打败了起义军，又在迪化的城南再次击败了起义军，切断了北疆和河西走廊的联系，收降了白彦虎的陕甘起义军，实力进一步得到增强。
阿古柏带领凶悍的军队兵临迪化城下，要求妥德璘答应取消清真王的称号，接受自己的节制。如果满足以上条件，他可以考虑退兵。
困在迪化城里起义领袖妥德璘只好暂时答应了阿古柏的要求，等到阿古柏的主力部队撤走以后趁机又摆脱了他的控制。
1871年，阿古柏再次进攻迪化，占领妥德璘的皇城，一跃成为了全回疆的总管。他对外则宣称，暂时代大清帝国看管国土。
妥德璘带领起义军退据玛纳斯，与当地的汉人民团首领徐学功联合反攻迪化，但是没有成功。
清军守在塔城、乌苏等少数几个据点里，不敢出来迎战。
英国、俄国和奥斯曼土耳其对回疆早就怀有不可告人的目的，于是争相拉拢阿古柏，企图在回疆争得好处和权利。
俄国早在1865年就承认了哲德沙尔汗国，以此换取在南疆的贸易利益。
阿古柏由于浩罕汗国被俄国消灭而耿耿于怀，因此和英国走得更近。
俄国担心阿古柏和英国吞食了回疆。1871年7月，为了阻止他的扩张，俄国出兵占领了大清的伊犁，以此来震慑阿古柏。
阿古柏的确慌了神，不得不与俄国签订了《俄阿条约》。为了牵制俄国，他又与英国签订了《英阿条约》，使俄国在南疆的贸易特权全部丧失。
1873年，妥德璘在玛纳斯病故。迪化起义军犹如夏日里戈壁滩上落下的雨滴，瞬间消失了。
1875年，左宗棠以刘锦棠、金顺为先导，西征回疆反击阿古柏的侵略势力，打响了收复回疆的战斗。
董福祥的董字三营是土生土长的西