崇祯正在焦急地盼望杨嗣昌的消息，忽然接到万元吉的飞奏，说杨嗣昌于三月丙子朔天明之前在沙市病故，敕书、印、剑均已妥封，暂存荆州府库中。
崇祯对杨嗣昌又恨又可怜，对于以后的“剿贼”军事，更觉束手无策。同陈新甲商量之后，他下旨命丁启睿接任督师。他心中明白，丁启睿是个庸才，不能同杨嗣昌相比。但是他遍观朝中大臣，再也找不出可以代他督师的人。
在杨嗣昌的死讯到达北京之前，已经有一些朝臣上本弹劾他的罪款，多不实事求是，崇祯都不理会。杨嗣昌死的消息传到北京以后，朝臣中攻击杨嗣昌的人更多了，弹劾的奏本不断地递进宫中。
崇祯想着杨嗣昌是他力排众议，视为心膂的人，竟然糜饷数百万，剿“贼”无功，失守襄阳，确实可恨。
他一时感情冲动，下了一道上谕：“辅臣杨嗣昌二载瘁劳，一朝毕命。然功不掩过，其议罪以闻！”
许多朝臣一见这道上谕，越发对杨嗣昌猛烈攻击，说话更不实事求是，甚至有人请求将杨嗣昌剖棺戮尸。
崇祯看了这些奏疏，反而同情杨嗣昌。他常常想起来前年九月在平台为杨嗣昌赐宴饯行，历历如在目前。那时候杨嗣昌曾说如剿贼不成，必将“继之以死”的话，余音犹在他的耳边。
他最恨朝廷上门户之争，党同伐异，没有是非，这种情况如今在弹劾杨嗣昌的一阵风中又有了充分表现。他很生气，命太监传谕六部、九卿、科、道等官速来乾清宫中。
崇祯从文书上抬起头来，冷眼看着六部、九卿、科、道等官分批在宝座前三尺外行了常朝礼，分班站定以后，才慢慢地说：“朕今日召你们来，是要说一说故辅臣杨嗣昌的事。在他生前，有许多朝臣攻击他，可是没有一个人能为朕出一良谋，献一善策，更无人能代朕出京督师。”
杨嗣昌死后，攻击更烈，都不能设身处地为杨嗣昌想想。”
他忍不住用鼻孔冷笑一声，怒气冲冲地接着说，“杨嗣昌系朕特简，用兵不效，朕自鉴裁。何况杨嗣昌尚有才可取，朕所素知。你们各官见朕有议罪之旨，大肆排击，纷坛不已，殊少平心之论。姑不深究，各疏留中，谕尔等知之！下去吧！”
众官见皇帝震怒，个个股栗，没人敢说二话，只好叩头辞出。他们刚刚走下丹墀，崇祯又命太监将几位阁臣叫回。阁臣们心中七上八下，重新行礼，俯伏地上，等候斥责。崇祯说道：“先生们起来！”