但是新商会在正式开张时，商号却不叫“土佐开成商社”，而称“九十九商会”，这个商号取名于土佐九十九湾。
弥太郎虽然表面上没有参与九十九商会，可却是实际上的负责人。
他获得了商会里的红叶、夕颜、鹤等三艘藩船的使用权，开始经营大阪――东京、神户――高知的海上运输业。
1871年7月，明治政府决定废藩置县，土佐藩变成高知县。
县当局劝弥太郎将“九十九商会”转变为个人的事业，弥太郎同意了。
弥太郎以4万两银子将夕颜、鹤两艘船买下，船上的标志与今天的三菱标志一样，是由三柏叶的标志与岩崎家的三阶菱组合形成的。
1872年1月，“九十九商会”改为“三川商会”。
1873年3月，弥太郎又将“三川商会”改名为“三菱商会”，正式向各界表明，三菱商会是他个人的企业。
至今流传着一则有关岩崎弥太郎的著名故事。
石川七财在“三菱”创立伊始负责顾客接待和业务谈判工作，弥太郎令其穿上染有“三菱”字样的法被(一种在领上或背上染有字号的半截日本外衣)。
穿惯了武士裙裤的石川七财对此并不习惯。
弥太郎就送给他一把贴有一枚小判(日币)的扇子，对石川七财说
“想想看，你是为金钱才低头，就不会那么痛苦，我送你这把扇子，今后，你如果生气时，拿出扇子来看看。”
这则故事可以说是回味无穷的。
有人看出了弥太郎的胸怀大志，有人看出了他的刁顽残忍，也有人看出了他对金钱的疯狂贪欲。
然而无论如何，人们都承认他身上有一股令人生畏的对事业的狂热和咬钢嚼铁般的狠劲。
当时与弥太郎竞争的有很多公司，但与这些“官僚”式的公司相比，弥太郎本着“规模虽不大，然而以在野之身，任意做官方办不到的事情”的精神来经营公司。
弥太郎以信誉为上，重视服务，积极争取顾客、船货，为自己公司打开了广阔的前景。
1874年，日本出兵侵略台n，弥太郎积极向内务大臣请示承揽一切军需输送工作。
1877年日本国内发生西南之役，三菱全力参与军事运输，又发了一笔横财。
至此，三菱共拥有61艘汽船，吨位高达35464吨，占全日本汽船总吨位的73％，一跃而成为日本国“海上霸主”。
从此，弥太郎以汽船为中心，将事业范围扩大到汇兑业、海上保险业、仓储业等。
于是，三菱的汇兑、保险、运输、仓储等方面的利润都成倍地增长，一派蒸蒸日上的景象！
在当时，三菱独占海运，受到最直接打击的就是三井物产。
三井纠合敌视三菱的地方船主、批发商、货主，合股创立一家名叫东京风帆船会社的大型海运公司，企图与三菱相对抗。
三菱毫不示弱，采取低价策略，分化瓦解对方的阵营，并大量收购三井创办的东京股票交易所的股票，迫使三井派头目涉泽辞去交易所总裁的职务。
这些凌厉的反击，招招击中对方的要害。
客户被夺走，不少船员也被三菱挖去，不仅不能与三菱抗衡，而且在情况最凄惨时，只能勉强维持营业。
与此相反，三菱却得到长足发展，它偿还了政府的无息贷款340万元，进一步巩固了海上霸主的地位。
然而，正当三井面临惨败之际，一件意外的变故使他们出现了反败为胜的契机。
1881年，一直庇护三菱的政府核心人物大限重信失势下野，而跟三井息息相关的伊藤组成长洲藩阀政府。
伊藤与三井公司联手成立一家实力空前的大公司――共同运输公司，试图压垮三菱的海运公司，断绝大限的财源。
三菱与共同运输公司的竞争仿佛一场高对抗性的马拉松赛跑。
两家公司的船队一起由神户出发，为了抢先到达目的地，船长与船员都绑上头巾，挥汗如雨，不计成本地拼命将煤炭铲入火炉中，在海上展开长跑比赛。
到达纪州藩时，船上炉内的火力之强，竟把烟囱烧得通红，船内温度也高得灼人。
从岸边远远望去，犹如两只火龙在竞相飞奔。
最后，两家公司的竞争演变为不惜成本地降价。
1884年，每吨汽船的平均收入，共同运输公司仅为三菱的一半。
三菱初战告捷，但也元气大伤，到1884年下半年，已陷入毫无红利的窘境，其股份跌到面值的2／3以下，持股人争相抛售。
岩崎趁机收购共同公司的股票，到1884年末，他已握有过半数的股权。
如此一来，共同公司内部四分五裂，批评公司做无谓竞争的呼声日益增高。
这时，大限宣布脱离在野的改进党，从政府而言，已无必要再整垮三菱。
于是，由政府的农商务卿出面调停，两公司于1885年2月5日签订临时协定，在运费等方面做出统一规定。
这场长期抗争终于取得初步胜利，但是，这个胜利付出了巨大的代价。
因为长期劳累，饮酒过量，岩崎弥太郎罹患胃癌。
签订协定两天后，即1885年2月7日，病情突然恶化，撒手人寰，结束了他波澜起伏的传奇一生。