力制止的杨增新，被迫因为此事而宣布下野了，北洋政府连夜磋商商议由谁来继任新疆督军一职，不过徐树铮说道：“王茂如不是在新疆吗？交给他嘛，他不还是蒙疆巡阅使吗？”段祺瑞笑起来，道：“对，他既然是蒙疆巡阅使，就有责任处置新疆问题，让他暂代新疆督军，把这皮球踢给他。”
日本人在新疆杀人的事儿，又一次引发了全国规模的抗议活动，一时之间抵制日货，抵制日本人的声音此起彼伏。很多人甚至在报纸上攻击王茂如，说他引狼入室，不该救日本军队，说他是个卖国贼，是中华民族的罪人。当然，写这种报纸的人，很快就某明其妙的消失了，谁也不知道他们去了哪里，也许沉塘于黄浦江底吧。王茂如接到暂代督军的命令不屑一顾，回复段祺瑞道：“吾为国为民并未只为做官，中央允吾做督军罢了，何必用个代字，为何不用兼？莫非中央用吾如草芥乎？”
段祺瑞咬着牙对徐世昌说：“给他，把新疆地盘给他，倒要看看他万里之遥的新疆怎么看着。”于是北洋政府宣布，蒙疆巡阅使、东北总督王茂如，即刻兼任新疆督军。
此时大批维族百姓跑到中国干涉军军营前跪在地上痛哭流涕，要求为族人报仇，要求严惩肇事者。
现在，新疆成了王茂如的地盘了，只是麻烦也踢给他了，全国上下都关注着这件事，日本政府也在关注着这件事，都在看着王茂如怎么处理这场严重的外交冲突。
1919年10月24日，王茂如在新疆迪化新疆督军府宣布就职，而后首先厚葬了死亡的维族群众，又赔付了受伤的群众，暂时让百姓们的情绪稳定下来，随后与日本军方协商处理。王茂如一直都没有标明如何处置这间冲突，这也让白川义则很摸不着头脑，得知王茂如要与他谈，便与手下商议说：“以王秀盛君的性格而言，他一定会强硬对待，我们要做好战斗准备，也许下一秒他们就会偷袭我们。”手下们忙说嗨，然后准备防备中国军队的偷袭。
王茂如的态度很明确，交出强暴维族少女的五个日本兵，至于杀害维族青年的士兵，是出于保卫军营的目的，并没有犯太大的错。当时维族群众太激进，日本士兵在中亚又杀害了许多中亚人，他们认为这些人长得都一样，应该是中亚俄国难民，随意立即开枪。王茂如带着手下以及新疆警察治安厅长胡天峰来到日本军营交涉，对白川义则说道：“在中国的土地上，一切按照中国的法律来。他们不懂法，冲击你不军营，死伤一百多人，的确是他们该死。可是那个被强暴杀害的女孩呢？她的死亡由谁负责？”
白川义则道：“大日本帝国陆军绝不会交出士兵的，我们把他们从遥远的俄国带回来，就不能够再失去任何一个日本士兵。”
双方怒目而视，剑拔弩张，王茂如咬牙切齿道：“那么说，咱们没得谈啦？”他一挥手，道：“东北军，上刺刀，准备一战！”
“喏！”站在一旁的新疆省长警察治安厅长胡天峰激动地喊道。