《全真内功》共有十二层，第一层是入门打基础，还需要配合《全真大道歌》的拳脚练习，调节好自身的jing气神这三宝。第二层是呼吸吐纳的功夫，行走坐卧皆有配合，直到身有气感方成。第三层开始便是打通身体的经脉，从第三层到第八层是打通身体的十二正经，每一层需打通两条经脉，一yin一阳，一条手经一条足经，互相调合。九层到十二层是打通奇经八脉，每一层也是打通两条经脉。
尹治平前八层都已修成，十二正经全部打通，现在就卡在第九层，打通任督二脉这一关上。这是全真内功的一道关卡，其实不止全真内功，天下所有修习内功者，在打通任督二脉上都是一道关卡。一旦过了这一关，任督二脉打通，那无论内功还是外功，都会跨入到一个新的境界。