洪武十二年，十月初，皇帝司马遹任命刘琨为征南大都督，命其领六万兵马渡江对江东王敦叛军起进攻，同时命令蜀中节度使祖约率益、梁两州厢军、府兵五万直下江陵，先逼降温羡再进逼武陵、长沙、零陵等郡。
与此同时，司马遹还以朝廷内阁的名义要求坐镇江陵的温羡、坐镇芜湖王含、坐镇丹徒的钱凤等人立即停止抵抗并向朝廷交出兵马和地盘，以争取朝廷的宽大处理。
江左终于见识到了北地那庞大的战争机器，证实了传说中的事实。在钱凤拒绝了北地的招抚之后，东路两万厢军一路如秋风扫落叶般攻陷丹徒一线，消灭江东军一万余人，钱凤领着数千残军逃往吴郡内陆。
在解决了丹徒的守军之后，厢军继续南下兵锋直指太湖附近。终于在太湖北岸将钱凤残部给团团包围，负隅顽抗的钱凤部最后在两万厢军的雷击之下战死，其部剩余五千余人尽降。
江东驻扎在江陵的是荆州刺史温羡，他在数万朝廷大军团团包围下，还没有等到朝廷的诏书便出城投降，交出了官印和手里的兵马。驻守芜湖的王含却没有那么好说话了，作为王敦兄长他自知罪孽深重，因此在朝廷大军的包围下王含选择死守芜湖。
但是到了第五日，司马遹让人送来了一道措词严厉的诏书，要求芜湖城内的各路人马必须听从朝廷的调度和指挥。同时伴随这道旨意一同到达的还有王衍以及王导的书信，接到王导的书信王含泪流满面地面向吴县深施一礼。然后交出了军队和芜湖城。最后他又黯然地带着家人赶往洛阳待罪。
刘琨指挥大军随即拿下了整个宣城郡，接着他将大军一分为二。西路继续南下新安郡，从侧后方包围吴兴郡；而中路则东进迂回从背后包围建康。此时的建康城早就是群龙无首，乱成一锅粥，当大家抵达建康的时候，根本没有费吹灰之力就拿下了这座江南重镇。
与此同时，在海军舰队的帮助下，自琉球启程的两万一千海军陆战队渡过海峡直取建安郡，一路横扫东南沿海诸州郡。所过之处江东无不望风而降。
北地强大的攻势一下子震慑了江东各地豪强，本来还在吴县争论不休的王敦和江东本地世家顿时放弃争吵，两下合力准备全力抵抗北军南下，随后王敦正式统领顾、张、周、陆四家私兵组成的联军。
而朝廷大军渡江之后，刘琨坐镇建康先将建康城内地两万将东北给缴械整编，而后他又上书朝廷请求皇帝司马遹赶紧指派地方官员，前来接收江东各地。而就在这个时候。从北地传来前晋王司马睿上表朝廷辞去所有官职并传令扬、荆、广、湘、交诸州兵马原地待命不得异动的消息。
江东各地闻之大惊，除了少部分官员听从了司马睿的命令外，大多数人还是选择了负隅顽抗。十月十日，刘琨在建康城中陆陆续续整顿好江东降兵之后，又从徐州、豫州两地征集了五万府兵，遣都尉石勇为前锋领军直下吴郡。
三日后。厢军在刘琨的指挥下于阳羡大败王敦统领的叛军，斩首一万一千余，俘虏超过三万人，基本上消灭了叛军的主力部队。王敦领残部窜逃吴兴郡和会稽郡。而就在这时，大晋海军近海舰队第一分舰队汇集了五千水兵和一万陆战队一举收复了上虞、句章、余姚和山阴。直接端了王敦叛军的后路，接着又继续攻陷了永兴与早就接过防务的钱塘连成一片。
王敦见去路已断。只得转向再次逃往吴郡，都尉石勇领兵在后面紧追不舍。王敦逃到吴郡边境才发现，东路厢军已经从丹徒打了过来，没办法他只好朝着东边大海逃去，结果走到海边被守株待兔的陆战队给逮个正着。
眼见无路可逃，王敦仰天长叹，他转身看着身边仅余的数百亲兵，不由得怆然一笑，一把抽出宝剑自刎而死。旁边的亲兵看到王敦自杀，顿时就像没了魂魄一样，叮叮当当兵器掉了一地。
而顾荣、张尚、刁协等江东士子见厢军攻击犀利，他们只得调头南逃。当众人领着残军逃入临海郡的时候，突然被大海阻住去路。看到前无去路后有追兵江东世家突然发生内乱，顾家为了活命想要拿张家人头去赎罪。
谁知张尚也不是好惹的，他表面上装作不知，却暗中调集张家私兵着手反击。结果两家在大海边上打得死去活来，等到海军陆战队从建安郡杀到的时候，张、顾两家私兵已经不剩多少，就连两家直系子孙也战死不少。
而剩余的顾、张两家子孙全都厢军擒获并押到洛阳，等到洛阳之后传承数百年的顾家和张家随即被司马遹下旨诛族，两家剩余共五百余口全都被杀。当然了期间不时没有人为他们求情，但都被司马遹严词拒绝，如此朝廷上下再次感受到皇帝散发出来的凌厉杀气。
王敦自杀，顾、张两家被灭并不意味着江东就会安定下来，司马遹并没有就此罢手，他再次通过内阁昭告天下：宣布江东十几个世家大族为叛逆，要求他们赶紧向朝廷投降！并再次要求江东其余各地兵马立即停止对抗，就近向厢军各部投降，接受朝廷的指挥和整编。
与此同时，皇帝司马遹下旨调裴嶷等一干官员到扬州刺史和郡守，经此战乱扬州各地官员缺口甚多，不少县令和郡守在战乱中被杀。这次朝廷共抽调了数百名官员到扬州填补空缺，有了行政官员的支持，被收复的州郡很快就走上正轨。
在这场战乱当中，最惨的