从1896年底，整个东亚又恢复了以前的状态：大清继续苟延残喘、ri本继续穷兵黩武、台湾继续闷头不言声、英法美德俄继续为他们眼中的各种利益私下角力。
自从刘芾在宜兰试行了合作社以来，当地的大部分民众都得到了利益，粮食产量和荒地开垦也逐步提高，效果还是显著的，虽然地主阶级有一些反对的声音，不过有了前一段的清洗的教训，也没闹出什么大事件。
既然效果显著，刘芾继而又把基隆和台北两个县划入了试点，他打算每年加入一两个县，逐步把这项政策推行到全台湾，虽然这样做肯定会损害一部分富人的利益，不过由于今后台湾会有很长一段时间是处于战争状中，粮食和人口又是战争的重要支柱，所以只能舍少数，取大多数了。
除了继续推行合作社，在金融上刘芾也采纳了台湾银行行长，海伦娜女士的建议，准备在全台建立分支机构，主要针对小农户和小企业发放短期贷款，并着手准备台湾自己的金融体系和货币体系。
自从1895年花莲至基隆至刺桐的铁路通车以后，由花莲至刺桐的铁路也开始兴建，由于这段山区比较多，所以工期要到97年才能完工。到那时，整个环台湾的铁路将全线贯通，不管是经济、农业和军事，都将成为这条铁路的受益者。等到环台铁路完工以后，刘芾还打算在台湾中部造一条横贯台湾的铁路，不过这个想法还没有经过铁路工程人员的验证，毕竟在这个时代，大型的钻山隧道不是轻易能建的，如果难度太大了，也没有必要用千百位铁路建设者的尸骨去填。
虽然英法德等国对台湾武器禁运了，不过商业上还是不禁止的，台湾盛产的蔗糖和樟脑，作为一种特产，还是很受欧美国家的喜爱，不过由于台湾处于战时，所有出口进口全部都集中到了刺桐港。
截止到1896年底，台湾新军总兵力达到了3万5千人，大半装备了新式的ak－01式半自动步枪，还有几百辆东风皮卡和长江摩托车作为快速支援部队的运输工具。台湾水师总兵力也接近了1万人，除了潜艇和鱼雷艇的艇员以外，基隆、香山、刺桐和花莲的海军基地也驻扎了很多地勤人员。水师的潜艇总数已经突破了一百，分成两个潜艇大队，驻扎在四个基地内，负责各自的巡查海域，不过主要防御方向还是台湾的东部和北部，另外就是在台湾海峡和琉球群岛附近，搜索ri本船只，并在合适的时间，予以打击，这个合适的时间就是四周没有船只经过的时候。另外潜艇部队还有一个小任务，就是跟随着“海伦娜”船运的船只往返于海南岛和台湾之间，为运送铁矿石的货轮护航。
研究所这些年里，先后完善了对“大黄鱼级”潜艇、“海燕级”鱼雷快艇和“1”型鱼雷的改进设计，并利用电磁原理，把原来的“海胆”锚雷改造成一种新的水雷：电磁水雷。
这种被命名为“海星”的电磁水雷，平时定深悬浮在海水中，遇到有船只经过，通过船体对磁力的影响，从而触发爆炸。由于这种水雷悬浮在海平面下面，除了按照布雷图纸寻找，基本无法清除，所以对舰船的威胁比锚雷更高。
除了完善“大黄鱼级”潜艇的设计以外，研究所还新试制了一款船体更大、续航更远、攻击力更高的新型潜艇。这种潜艇被命名为“金枪鱼级”，船体长5547米，宽5.54.5米，吃水深度4.5米，双层耐压壳体，排水量752833吨；水上由2台8缸柴油机提供1000马力，行驶速度13节，续航,7000海里；水下由2组电动机蓄电池提供800马力，行驶速度17节，续航400海里；设计潜深100米；前4后2配备450鱼雷发机枪，装有水下通气管、潜望镜、长波电台、主动声呐和水听器。
“金枪鱼级”潜艇试制成功以后，将代替现在的“大黄鱼级”潜艇逐步装备台湾水师的潜艇部队，有了这种航程更远，水下速度更快、备弹量更多的新型潜艇，台湾水师的防御圈和打击圈就可以扩大不少。
有了新潜艇，那就不能不有新鱼雷，的确，作为密切配合的一对武器，缺了谁都会大幅度影响效能的发挥。新研制的鱼雷和以前的“1”鱼雷差别不大，战斗部和引信基本相同，不同的只是提高了热动力发动机的效率，使其速度提高了一些，还有就是航程略远。
“2”型鱼雷的口径还是450，航速37节，最大航程2000米，总重415公斤，战斗部装药35公斤。
除了海军装备以外，研究所按照刘芾的大概描述，经过几年的试验，把迫击炮这个陆军支援火力给研究了出来，目前只有一种型号，60毫米口径。这种小炮全重只有17公斤，最大she程800米，发she速度每分钟30发左右，杀伤半径6米多。虽然she程不够远，但是she速和杀伤半径都远超这个时代的任何火炮。
除了迫击炮以外，由自动步枪仿制的轻机枪也部分装备了新军，加上半自动步枪和手榴弹，基本上能进行有限的防御作战了。由于环台铁路的通车，陆军分成了四个旅，分驻在基隆、花莲、刺桐和香山，遇到作战任务，则由铁路线在全台调配；另外还成立了一个机动团，驻扎在基隆港，装备了30辆东风皮卡和100多辆长江摩托车，作为一个机动力量，归参谋部直接指挥。
除了在台湾本土上的建设以外，水师还在澎湖、钓鱼岛、与那国岛、兰屿岛等围绕在台湾的小岛上，建设了长波电台站，