这些抵抗组织里最有名的就是一个叫“卡蒂普南”的组织，这个词的大概意思是“名族儿女至尊协会”。这个组织自西班牙人统治时期，就开始了反抗运动，组织的主要成员都是菲律宾当地的资产阶级激进派人士，包括了当地的部族首领、知识分子、地主和商人。这些人筹集资金，从岛外的各种势力手里购买枪支弹药，武装起自己的军队，在鼎盛时期，可以达到10多万军队。随着美国人的强力镇压，卡蒂普南组织损失很大，他们放弃了主要城市，撤退到小城市、乡村、部落和雨林中，继续组织各种起义和武装斗争，发誓要把美国人拖垮、拖走。
由于菲律宾的地理位置和特殊地形，美国人这点兵力根本就不能做到布满整个菲律宾群岛的程度，所以只能占据大型城市和港口，再利用封锁、分化、剿灭等手段，和当地的武装力量周旋，不过由于当地的武装力量放下枪就是当地的农民、商人、学生、甚至士绅，而美国人又无法确认出来，所以从1902年起，双方基本处于势均力敌的状态，美国人拿卡蒂普南组织没辙，而卡蒂普南组织也不敢去招惹美国人占领的大城市和港口。
这次邀请台湾军队来协助清缴当地人的起义，美国人也是没有办法，一场烂战打了近3年，花了10多亿美元，却不能完全征服菲律宾，这让美国国内的那些在菲律宾有投资或者打算在菲律宾投资的资本家们非常不满，但是美国又很难再抽调更多的陆军投入菲律宾作战，而台湾的出现，正好解决了他们的这个难题。