陆军第三卫则在步军右营基础上扩编成立，指挥使李大山，副指挥使林俊义，也是下辖五营兵，计10000人。
陆军第四卫则由大勇亲兵营及辎重营、辽南青壮合编而成，指挥使由邵武担任，副指挥使宋庆，全卫拥兵10000人。
又设旅顺卫，指挥使李忠辅，副指挥使张存仁。此卫主要由旅顺迁移民青壮和一部分反正汉军组成，主要是承担旅顺守卫，全卫只四营兵 0人。
登州卫指挥使齐三宝，副指挥使王天德，由原辎重营合移民青壮组成，也非野战军，主要是承担登州守卫及地方安靖，全卫五营兵10000人。
原锦州军炮兵营扩建炮兵卫，指挥使由锦州解救出的赵可纲担任，副指挥使陆江，配轻重炮兵四营，计三营9000人。
新设登州炮兵指挥学校，由原川军出身的郭城负责。
新设登州火器研发局，由原锦衣卫南镇抚司工匠出身的麻忠负责。
新设辽东军大营参谋本部，指挥使蒋万里，对外称辽东镇府，对内以参谋部称。
新设辽东军大营护卫亲兵卫，指挥使郭义，副指挥使李固，下设两营4000兵。