广西陆荣廷见唐继尧都被搞掉了，他一个小小的广西，军队只不过五六万，而且装备奇差，根本无法与国防军相比，打是打不过的，陆荣廷见中枢政府这次是来真的，为了保住一条老命在国防军进入广西之前通电宣布下野，旗下军队将领见陆荣廷都下野了，于是纷纷向中枢政府通电表示愿意接受国防部改编，中枢政府随即派人进入贵州、广西，一方面接管行政工作，另一方面对当地军队进行整编，广东方面胡汉民见大势已去，独木难支，只能放弃广东都督的职位，表示愿意归属中枢政府，于是萧震雷让宋世杰派人去广东接管政权和军队。
察哈尔、热河、绥远等地北洋残余军阀势力见中枢政府派兵进入，一时间人人自危，在局面一度极为紧张，他们想要联络东三省的张锡銮同时起兵对抗中枢，但是却受到了中枢的强烈打击，国防军第五、七、九师接到最高军事委员会的命令之后立即展开了进攻，热河、察哈尔和绥远的北洋残余势力很快被打垮，各北洋将领多数从此隐姓埋名，少数率部归顺了中枢政府接受整编。至此，经过一个多月，全国只剩下东三省还不在中枢政府控制范围之内。
而此时却发生了一件大事，外人不知，新政府内部很快就传开了，原来已经没有皇帝尊号的小皇帝不见了，连同在京城和各地不少满清遗老至少有一半人都不见了，萧震雷闻讯后雷霆震怒，内务调查部部长胡为山为此吃了一顿狠批。
胡为山被批之后，立即组织力量调查，很快发现消失不见的小皇帝和一半以上的满清遗老遗少都出现在东三省，这些人以张勋为首，据可靠消息，这些人准备在东三省重新立小皇帝，恢复满清王朝的统治，而东三省最高军事长官张锡銮也成为这些当中的中坚力量。
2月25日，萧震雷召开内阁和军事会议之后，立即以防止日本和沙俄的战争波及到中国境内的百姓为由，通电宣布双方的军队不得进入中国境内，否则就是向中国宣战，为了防止这种情况出现，他以监督双方军队为由，下令国防军第二师、第十一师、第十三师、第十七师共十万余人、火炮六百多门自京师出发火速向东三省中朝边境方向开进。
部队行进至山海关前受到张锡銮的部队的阻拦，山海关守军拒不让国防军通过，接到消息的萧震雷当即大怒，他正愁没有由头干掉张锡銮，当即以拥兵自重、对抗中枢的罪名宣布张为叛贼，下令国防军第二、十一、十三、十七师进攻！
统一之战进入最后的尾声阶段，战斗打响没两天，山海关守军败退，国防军自关内进入关外，而在奉天的第二十七师师长张作霖突然发难，派兵逮捕了张锡銮、张勋和所有逃亡关外的满清遗老遗少，并表示愿意归属中枢政府，愿意接受中枢政府改编。
谁也没想到事情演变成这一步，由于张作霖的倒戈，以张勋、张锡銮为首的满清遗老们在东三声恢复清室江山的希望完全破灭，随后黑龙江督军宋小濂、吉林督军孟恩远随即通电宣布下野，第二十八师师长冯德麟通电率部归顺中枢政府。国防军接到命令后迅速接管东三省防务，并且改编原东三省军队，至此，全国完成真正统一。
3月10日，萧震雷随即以满清遗老叛乱为由，宣布废除清室优待条例，将小皇帝和凡是参与叛乱的满清遗老的财产全部查抄充公国库。这一查可不得了，竟然查出来总价值三十亿两白银的财产。