众所周知，后世20世纪，中华大地上出现了一支强大的军队，几乎是战无不胜的。这支军队之所以强大，并不是依靠先进的武器，而是依靠军队成员的遵守纪律的自觉性。而这种自觉性来源于他们有理想，以及军队的利益与全体成员的利益紧密结合。
军队的官兵都知道为什么打仗，因为他们所维护的国家利益就是他们自己的利益。军阀的军队只是维护军阀的利益，普通官兵只不过是炮灰而已。这两种军队之间的差异是巨大的，他们的精神面貌完全不同，战斗力的差距当然也是巨大的。
诸葛均参考了后世那支先进军队的组织模式，建立了新式的国防军。他采取了如下的组织措施：
一，兵源及管理
其一，兵源。
焉耆国法律规定，凡是国家公民都必须依法服兵役，国家有征调的权利。为了提高公民参军的积极性，诸葛均采用了募兵制。国家规定，凡是参加国防军的公民，将按照国家平均工资水平的一倍发放工资。退役后将有国家安排工作，工资水平高于同级工人水平一半。
其二，军功制度。
军队实行三等16级军功制度。每级都有相应的物质奖励。并有等级积分，积分到了一定数值，可以晋升相应的社会等级(后面详述)。
其四，退休制度。
凡是从军队退休的，国家给予养老，并按照在军队时的工资发放。
其五，抚恤制度。
凡是战死的官兵，国家将按照他在军队的工资按月发给其家属，连续发放30年。凡是伤残官兵，国家给予安排工作，按照伤残等级给予相应的工资补贴。
二，荣誉制度及政治教育
(略)
三，军衔制度。完全采取后世的军衔制度。(略)
在优厚的待遇面前，公民报名参军的热情空前高涨，各个报名点都是人满为患。
赵云和刘汉将他们原来征兵时百姓的愁苦反应，与这里相对照，心里极其震撼。
焉耆国防军目前共征召了3000名士兵，加上原来的1500名士兵，连同军官，全军共5000人。编为步兵，骑兵，技术兵和后勤兵。
军队编制内，打破了民族界限，全部实行混编，这样，军队就不再受民众势力影响了。也促进了民族团结。
焉耆国防军目前共征召了3000名士兵，加上原来的士兵1500名士兵，连同军官，全军共5000人。编为步兵，骑兵，技术兵和后勤兵。
对于军官的培养。诸葛均建立了军政学校，对于所有符合军官条件的士兵进行培训。规定所有军官必须经过军政学校培训。在战场上因功提升的军官以后也要经过军政学校培训。确保军官的素质和出身。
经过诸葛均和吕秉、刘汉和覃兵等人以及原来教导队学员的努力，一支新型的国防军建立起来了。
焉耆国的军队编制完全按照后世军队的编制，因为目前的人数较少，编为一个师，师长吕秉，付师长刘汉，覃兵。下设一个骑兵团，一个步兵团，一个火力团，一个辎重团。师直属一个侦察营，一个警卫营，一个通信营，一个重甲骑兵营。一个野战医院。
当国家建设各个方面都走向正轨后，诸葛均的精力开始转向武器研究。他深知依靠焉耆乃至西域微弱的人口，想争霸天下，只能依靠武器的先进来弥补兵力的不足。他为此建立了军事研究院，为培养后续人才，又建立了军事技术学校。
诸葛均首先推出的武器是长弓、床弩和抛石机三项远程武器。
一 长弓。
英格兰长弓源于威尔士，后来传到英格兰，弓长六英尺，使用的箭有三英尺长。由英格兰长弓所发射的弓箭能够轻易地刺穿普通步兵所穿的皮制护甲；通过用力地拉紧弓弦可以增强弓箭的杀伤力，能够刺穿重装步兵或骑兵的坚固装甲。以长弓来作射击，需要有足够多的训练；一个有经验的长弓手可以在一分钟内作出六次高命中率的射击。长弓具有很远的射程和巨大的威力，在中世纪的战场上，大批长弓手能够给敌人造成极大的杀伤。他们并不会射击个别的目标物，而是向敌军所占据的区域作出严密射击。如果以每分钟射出六支弓箭来计算，三千个长弓手就能够向密集的敌军队形发射一万八千支弓箭。这种区域攻击的效果可以让敌方人马受到很大的创伤。在百年战争中，法兰西的重装骑士们不得不面对了遮蔽蓝天的箭影，与它们呼啸而来时所发出的锐利声响。
二 床弩。
床弩又称床子弩、牀弩、牀子弩（acuballia），在中国最早出现于战国时代，是把弩大型化或有多个弩翼（弓身），装在发射台或车辆上的一种大型的特殊弩。床弩的主要使用目的是攻城或海战。据《武经总要》记载宋朝军队中共有六种床弩。典型的中国床子弩使用绞车拉动弓弦，操作士兵达7名，根据宋人记载的最高射程约合现在的1500米。根据史料记载，辽军将领萧挞凛便是被400多米外宋军阵地的两米巨箭射杀，最终双方签订著名的“澶渊之盟”
三 抛石机。
与弹射器不同，抛石机是利用配重物(counte-)的重力发射。出现于中世纪初期，使用至十五世纪，主要用于围攻和防守要塞。抛石机的机架两支柱间有固定横轴，上有与轴垂直的杠杆，可绕轴自由转动。杠杆短臂上固定一个重物，长臂末端有弹袋(类似投石带的套子)用于装弹。发射时，用绞车把长臂向后拉