魏忠贤自尽的消息传回北京城后，朱由检命人将其尸首凌迟，分配上百人共同查抄魏忠贤的家产，并派出锦衣卫捉拿其同党客氏回宫。
客印月的贴身宫女玉墨主动出面指证奉圣夫人的罪行――她是朱由检安插在客印月身边的人。
朱由检特意安排一位与魏忠贤有仇的太监负责审问，在其不择手段的严审之下，客氏对所有的罪行供认不讳，甚至将一些不为人知的罪行主动招供出来。比如串通魏忠贤一起设计让皇后流产，打算用平民的孩子来冒充皇子等等重罪。
那太监痛打客印月一顿，即便她一直大呼“已经全招了！”也不见停手的迹象，将积怨全都发泄出来。
客印月哺育先皇有功，但所犯罪行确实无可饶恕，朱由检下诏将客氏发配浣衣局。
这是昭告给天下人知道的情况，而更实际的情况是，客氏进浣衣局后当天晚上就被仇视她已久的宫女们乱棍打死。朱由检也似早有预谋般，派人来收尸，于净乐堂斩首，死无全尸，当场焚尸扬灰。
当日的雪跟张嫣初遇客氏那一日一模一样，铺天盖地的白色侵袭，驱赶走其他色彩。客印月的骨灰沾在纷飞的雪花上，飘散无踪。
客印月的儿子侯国兴、亲弟客光先与魏忠贤的侄子魏良卿于同日午门斩首。虽然魏良卿号称有免死铁券，但它保不了造反的罪名。在皇上手中，这种罪名要捏多少都可以。两人的剩余亲属全部戴罪流放边疆。
魏忠贤曾经的心腹崔呈秀选择了与头儿一样的做法：自尽。他的尸体也同样被斩首示众，这也算是某种意义上的有难同当了。
事后查抄其家产，清出白银数十万两，数千间房屋地契，还有珍宝古玩不计其数――比魏忠贤就差那么一点儿。
见事态急转直下，势头大坏，全国上下巴结过魏忠贤的人都唯恐皇帝迁怒自己。雪片一般的文书奏章从全国各地飞往北京城，义正言辞地痛骂魏忠贤，急于表明自己与魏忠贤毫无关系，一直忍辱负重对其讨好巴结。
因为法不责众，众人都心怀侥幸，希望朱由检能够网开一面。魏忠贤的另一个心腹王体乾只是被革职还乡，清抄家产，并未收到同等刑罚，这件事给了众人更多希望。
可谁也不知王体乾早就背叛了魏忠贤，而在朱由检心中，刚登基那段被钳制的、心惊胆战的日子记忆犹新，历历在目，他认为其余所有阉党都不能姑息。
对付阉党残余分子，朱由检的做法很有祖上朱元璋的风范，朱元璋当时为了处理宰相胡惟庸造反的余孽，干脆利落杀了数万人。朱由检也表示出了一查到底，绝不姑息的态度。
刚开始事情进行得很不顺利，因为中央许多部门，吏部、刑部、全都是阉党，官官相护，试图逃脱罪责，最终交给皇上的阉党名单只有五十余人，
但朱由检不像他哥哥那般好糊弄，绝不含糊，大发雷霆，他丢给官员一沓文书，让他们自己看，他们一看就傻了，皇上居然把所有与魏忠贤有过来往的陈年奏疏全都翻了出来。
最后统共定了两百六十多人的罪，包括他们的家人，被牵连者上千。
魏忠贤旗下臭名昭著的五彪五虎全部处死，没收身家财产。
特别要提一提许显纯受审的情况，他亲手杀死了东林前六君子，后七君子，可谓是恶行累累，某种角度看来比魏忠贤还更加作恶多端。七君子之一的黄尊素，其子黄宗羲，在刑部大堂上用铁椎将杀父仇人许显纯刺得浑身是血，无人阻止。
张嫣设计对天下公布了杨涟在狱中写就的血书，天下冤之，群情激奋，“六君子”“七君子”的孩子纷纷写血书给朱由检，要求为东林党人正名。
朱由检为其平反冤情，特下诏赐谥号，杨涟为“忠烈”。
大明有史以来最庞大的邪恶势力终于垮台。
最后一段结尾引用《明朝那些事儿》的总结：
迟来的正义依然是正义。
在这个世界上，所谓神灵、天命，对魏忠贤而言都是放屁，在他身上只有一样东西――迷信。
迷信自己，迷信力量，迷信权威，迷信可以为所欲为，迷信将取得永远的胜利。
在遍览史书十余载后，我信了，至少信一样东西――天道。
自然界从诞生的那刻起，就有了永恒的规律，春天成长，冬天凋谢，周而复始。
人世间也一样，从它的起始道它的灭亡，规则恒久不变，则为天道。
在史书中无数的尸山血河、生生死死背后，我看到了它，它始终在那里，静静地注视着我们，无论兴衰更替，无论岁月流逝。
它告诉我，在这个污秽、混乱、肮脏的世界上，公道和正义终究是存在的。
天道有常，从它的起始到他的灭亡，恒久不变。
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