根据马歇尔的命令，约翰?e?赫尔（johne。）少将研究了对日本土进攻时战术核武器的使用（即便在日本遭到两次核打击之后，马歇尔也不认为日本会立即投降）。
莱尔?e?西曼少校的报告称，到x日时可提供最少7枚原子弹用于打击防御部队。西曼建议美军应等待“至少4时”再进入受打击区域；但由于此时对放射性尘埃的风险尚缺乏认识，如此短时间的等待必将导致美军士兵遭受严重的核辐射伤害。
麦克阿瑟拒绝了任何关于改变战争方案的看法，说：“我确信你所收到的关于日本积蓄空中力量以对抗奥林匹克行动的情报被严重夸大了.至于地面部队在九州南部的集结情况.我不相信.果真有报告给你的那么强.我认为，奥林匹克行动一丝一毫都不容变更。”
但是，金恩（海军作战部长）此时已经准备正式提出反对意见；而尼米兹也有不同看法，并在美国政府内部引起了争论。
在这样的情况下，马歇尔和杜鲁门之间的互动将最为关键。
有重大证据表明，马歇尔急于在最晚8月15日以前发动进攻.但他也明白，美国政府、特别是杜鲁门本人，在连美军内部也未达成一致的场合下，恐怕不会答应一场耗费如此巨大的入侵。
这也多少消减了马歇尔的个人决心。此时，苏联也正在秘密准备于占领萨哈林全岛和千岛群岛之后，继续进攻北海道。这给盟军造成相当大的压力——使之须在11月之前就发动进攻。
美军当局假定“进攻所遭遇的抵抗不将只来自有组织的军事力量，而且还包括狂热的敌对民众”，因此巨大的伤亡将不可避免。但是具体到这个数字会有多高，没有人给出确信的答案。
一些人作出了估计，但在数量、假定以及意图（甚至包括对本土进攻的赞成和反对）上分歧极大。
后来，这些假设又被用于对广岛和长崎使用原子弹的争论。
伤亡评估多基于之前战役的经验：联合参谋部于4月的一份研究报告称，每千人日的阵亡率为1。78，阵亡率为7。45。
这意味着若奥林匹克行动持续90天，将有45万6千人伤亡，其中死亡或失踪10万零9百。
如果小王冠行动也持续90天，则伤亡总数将达120万，其中死亡人数为26万7千。一份由尼米兹的幕僚于5月给出的研究报告称，头30天的伤亡率为4万9千，其中海上损失5千人。麦克阿瑟的幕僚给出的数字则是，头30天2万3千，120天后为12万5千。
这个数字被马歇尔所质疑，于是麦又给出了一个为10万5千的调整后数字，其中扣去了那些负伤后能返回前线的人员。
在6月18日有杜鲁门总统参加的一次会议上，马歇尔以吕宋岛战役为例，认为美国在头30天将承受3万1千左右的伤亡，而最终伤亡为日本的20，约7万人。
雷西则更倾向于以冲绳战役为基准，认为美国的伤亡率将高达35，暗示战死总数有26万8千。金恩则认为伤亡将在吕宋和冲绳之间，约3万1千到4万1千。
在所有这些评估当中，仅有尼米兹考虑了海上伤亡。事实上，在冲绳战役中，因神风特攻造成的损失于日军飞行员损失之比达1。78:1；而在九州，运输船只将更易暴露于自杀攻击之下。
美国战争部部长****生的幕僚曾委托威廉?肖克利完成了一份报告，其中评估征服日本将造成170万到400万的美军伤亡，其中死亡40万到80万人。
而日本方面仅死亡就可达500万到1000万人。这个评估考虑了日本普通国民参战的因素。
在政府以外，一些知情的民间人士也作出了他们自己的猜测。洛杉矶时报记者kyleer称到战争结束将有50万到100万美军死亡。
前总统胡佛在给杜鲁门和****生的便函中也给出了同样的数字，并且据信还是保守估计。
不过并不清楚胡佛是否在他与杜鲁门的会面中谈及过这些具体数字。不过，军方认为这些数字对于他们的战役方案而言“过高了”。
也就在这个时候，章法非的急电到了，美军高层看完日军这个恐怖的计划时，都震惊万分，如果真的按照这个计划所说，用大量的美女携带病毒，还真能给美军带来惨重的伤害。
促使杜鲁门总统和美国那些高层下定决心的，无疑是伤亡估计这个巨大的数字，上百万美军士兵伤亡，即将美国总统也承担不了这个责任，除非他不想连任。
在夏威夷，这几天集中了盟军太平洋战场的所有高级将领，还有美国的战争部长和总统也在开会的前一天到达。
会前，美国高层会议上，关于日本投放原子弹的问题第一次被提出。
坐在****生旁边的阿瑟?康普顿向战争委员会提出，是否有可能在投弹攻打日本前进行一次非军事的实弹演习。
他指出，这样一次的实战演习会迫使日本领导人屈服投降。****生认为此事值得讨论并号召委员们给予评论。
委员们提出了很多有关爆炸演习的意见，同时又因为这样或那样的原因被否决掉。
讨论提出，如果日本领导人事先得到警告，他们依然有足够的空军力量去击落载有原子弹的飞机。如果击落的原子弹被证实是一颗未炸的原子弹，这只会更加加强日方继续作战的愿望。
如果测试在中立领土上进行，日本领导人会认为它可能是伪造的。“尽管——演示并不会摧毁人们的生命——这种可能性是非