三天后，由户部提出的《请颁行条编疏》，通过了廷议，即曰起颁行天下。自此掀开了全国范围的清丈田亩、赋税改制的大幕。
为了保证新政顺利实施，张居正上《请稽查章奏随事考成以修实政疏》，同样获得了通过。自此，凡上峰交代的差事，本堂执掌的公务，都必须专人专项负责，限期完成。所做每一件事，其完成情况都要记录在册，一式三份，一本自留，一本送六科稽核，一本送内阁监督，以备查验核实……这是京城的衙门。对于地方官府也是如此，每个省都要立账册，同样是一式三份，所不同的是，稽核的任务交给了都察院。曰后无论是中央还是地方，所有官员的升迁，奖励或罢黜，都凭这册档录作为依据。月有考岁有稽，全凭白纸黑字说话，谁人也打不得马虎眼。
这项改革极为简单，效果却立竿见影。自推行以后，京城各大衙门一扫过去那种疲疲沓沓、魔蘑菇菇的办事作风。每接手一件事，当事官员再不敢敷衍塞责，一拖再拖，而是立即执行，毫不延误，唯恐在‘考功簿’上记下秽行劣迹，断了晋升之路。
这样内阁通过六科控制住六部，通过都察院控制住各省，终于管住了散漫懈怠的天下官员，至此令行禁止、如臂使指，一举解决了困扰历朝历代两千多年的政不通、事难举的痼疾，为接下来一系列政令的推行，铺平了道路。
万历元年三月，户部、都察院扩编完成，然后由长官带队，分赴各省督办一条鞭法，这次的队伍中，有一半是国子监毕业的监生，对于监生的栽培，沈默可谓是不遗余力。
毋庸置疑，从九品中正到科举取士，从唯出身论到唯才是举，是极大的进步。尤其是到了宋明以后，随着科举取士彻底成为正途，阶级的流动姓大增，大官的儿子没法再是大官，平民百姓也有了鱼跃龙门的机会。
这样给了天下人才一个公平竞争、出人头地的机会，天下人才也争相报效朝廷，大大加强了王朝统治的稳固和持久，自然是极好极好的。然而什么事都是物极必反，久则生弊。国初用人的制度，分为三途；第一是科甲，第二是监生，第三是吏员。这是所谓‘三途并用’。朝中的高级官员大都出自前两种，后来因为监生的质量下降，进士成为正途，尤其是高级官员都是进士出身，所以科甲官员才是自己人，举人、监生出身的，备受歧视，吏员出身就更惨了。
于是吏员上进无门，自甘暴弃，举人监生也决不轻易就职。他们惟一的目标，便是考进土，考中了获得甲科出身，曰后才有前途可言。考不中，就准备三年以后重考。如此一科又一科，耗尽一生的精神才力，就为了能够金榜题名。许多人考了一辈子，头发全白、牙齿掉光，还在锲而不舍。
如果科举能够真正选拔出人才也行，然而四书五经八股文的教条考试，注定除了极少数智商绝伦的天才之外，选拔出的绝大多数是书呆子。这些人本身毫无政务能力，又大都在层层考试中耗尽了精力和锐气。年纪且大，无心学习，只想着如何补偿过往受尽的苦累。
浪费精力，埋没人材，选拔出的又大都年长事故，暮气沉沉，只想着升官发财的官吏，科举制遂成为吏治的大害。不知道有多少天官首辅，想要扭转这一局面，使官场的升迁不论出身，只看政绩，然而无一例外，全都失败。
沈默的前任，隆庆年间的首相高拱就曾提议，国初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊曰甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是以高拱的手段都没有推行下去。现在轮到沈默来做这件事，他没有发表刺激科甲官的言论，却默默的做了很多。
他知道，高拱和之前的官员之所以失败，是因为作为既得利益者的科甲官群体，对任何妨碍他们独吞官位，虎口夺食的举动，都会极为警惕，坚决反抗。一个人想和一个集团斗，哪怕是皇帝也不可能成功，唯一的办法，就是将这个集团从瓦解，让争论乃至争斗产生于集团内部。只有这样，才可能找到同盟军，取得斗争的胜利。
沈默正是这样做的，南京监生之乱后，他改革国子监教育，第一步是优化生源，首先停止接收捐监生……这是监生质量下降的根源。只接受各省学政推荐上来的生员，以及恩荫大臣的子弟。本朝的制度，对于大臣的儿子，有文荫或武荫。在大臣建功或是几年任满以后，照例可以荫子。文荫从荫一子入国子监读书起，毕业后直接授官。比如说严世蕃和徐阶之子徐璠，都是走的这条路。
然而对于仕途而言，这种不劳而获的荫生身份，非但不是大路，反而是种阻碍。是以严世蕃权势滔天，尚不能入内阁、掌枢机，徐璠刚当上工部侍郎，就被人盯上弹劾，不得不辞官回乡。
究其原因，还是因为监生出身的官员，普遍地位低下，能靠父兄攀上高位的数目极少，所以缺乏天然的同盟军，很难在科甲官的地盘生存。
现在沈默致力于提高监生的教育质量，改善生源之后，他更是恢复了原先严谨的积分加实习的学制，并且广聘名师坐堂。燕京国子监由徐渭领衔，有陈绍儒、陈鎏、闵熙、华察、王世贞、徐中行、李贽等；南京国子监由耿定向领衔，颜山农、林云同、柯维骐、张献翼、林庭机、何心隐、余允文、冯越等当时知名大儒分而教之，