共和元年的中华大地如此的热闹，南北加上山东六省的谈判如火如荼，虽然国防部长一职似乎没有异议了，吴宸轩也表示愿意就任。不过南方好不羞耻的提出用税务部总长的职务换取的提议，全体对那个赌约失忆，让北方的北洋和六省政权都对革命党的信誉下限再次瞠目结舌。
不过11月初的时候雪花已经开始覆盖东北的冻土地，哈尔滨傅家甸还是和往常一样在猫冬和行商之间顽固的运转着。不过一场灾难的降临似乎并没有那一阵风来预警，开始每天还只是一两例染疫之人的报道，至12月中旬每天4～10名，到了12月下旬增至数百人。由于传染人数增加太快，专业检疫人员无法亲自检查每一个病例，得到病患家人的通报后，只有依靠临时雇来且没有防疫经验之人前往甄别，然后将被认为染疫之人移送至隔离营。为了逃避警察检查和强制性消毒，有些病患家庭在夜间将患者尸体抛在街上。第二天早上，警察把这些尸体收集起来，放在一个个薄木棺材里，埋在乱坟岗子。如果患者死在家里，家人则可以在没人过问的情况下，从容运到城外安葬。临时征集来的护士、看护妇、消毒工和埋葬工，虽都被要求穿戴防护服和佩戴口罩，但都置若罔闻，口罩挂在脖子上而不戴，致使不少人也被传染。
疫情发生以后，张作霖虽然还不是后来的东北王，但是在山东的影响下，还是比较重视民生。当时从奉天派来两名西医前来处置，但是他们能够调动和支配的人手只有5位与之同来的护士。大多地方行政长官对现代检疫、防疫知识，几乎一无所知。当时的一位医生伍连德后来回忆：他抵达后第二天与其见面，早上9点钟赶到县衙门，居然还在客厅等候了半个多小时。伍连德与之交谈后的印象是：“正是这种无知导致了形势的复杂化，并使疫病向更远的南方蔓延。”
到达哈尔滨的第三天，伍连德得知傅家甸一名与当地人通婚的日本女人死于瘟疫，他决定解剖尸体。
当时中国对现代医学完全是一片蒙昧状态。旧时观念中，解剖尸体无疑是对死者的大不敬，不但面临着社会风俗的压力，从法律层面来讲，也是不被允许的。所以伍连德只能秘密进行。这一次的尸体解剖，也是中国第一例有记载的病理解剖。在伍连德等人的推动下，11月22日，奉天督军府公布了关于尸体解剖法规的督军文告，随后颁发了详细规则，这是中国历史上首次官方准许尸体解剖的法律性文件。
当时也没有实验室，伍连德和助手就在当地总商会借了一个房间，做血液化验。将样本固定后进行组织切片检验。在贝克显微镜下，伍连德清楚地看到了一种椭圆形的疫菌——正是鼠疫。伍连德立即向北京外务部发去电文，报告此事，并且提出初步的防疫措施：控制铁路、公路交通，以防瘟疫蔓延；隔离疫区傅家甸；向关内征聘医生等。
伍连德发现，这一次发生的疫情显然与以往对鼠疫的认知有很多冲突。初到哈尔滨时，姚医生也向他坦陈了他的观察：傅家甸民居低矮肮脏，冬天门窗紧闭空气不流通，室内一人染病很快即感染全家——他认为这种病是在人与人之间通过飞沫和呼吸传播的急性肺部炎症。在伍连德到达哈尔滨前，日本南满铁路也派了一名日本医生前来调查病因，这名日本医生是北里柴三郎的学生，他一到哈尔滨，就立即雇人捉老鼠，希望在老鼠身上发现*鼠疫杆菌。一连解剖了几百只，却没有发现一例带鼠疫菌的。基于种种事例，伍连德大胆提出，在傅家甸流行的鼠疫无需通过动物媒介，而可以通过呼吸之间的飞沫传染，他将此命名为“肺鼠疫”。
为了防止飞沫传染，伍连德设计了一种极其简单的双层纱布囊口罩，即用两层纱布，内置一块吸水药棉，戴上它就可以隔离病患，成本费仅需当时国币2分半钱。后来，在沈阳召开的国际鼠疫研究会上，各国一致赞成采用这种口罩。至今，医务人员仍在使用这种口罩，并称之“伍氏口罩”。
到了共和二年的1月，是疫情最危急的时候，伍连德已经无法控制局面。刚刚就任国防部长的吴宸轩，调派一个营的原来武翼新军的专业防化部队进入哈尔滨疫区。本来张作霖也不打算让武翼新军过境，但是架不住山东方面已经把这些捅到新闻媒体上，张作霖也是个猴精的人物，立即改变态度，不仅安排了这支部队的食宿，还亲自动员车辆和补给品。当然这支轻装部队的人数才是让他安心的主要原因。
在军队的指挥下，傅家甸被分为4个区。每区由一名军医主持，配有两名助理、4个医学生和为数众多的卫生夫役与防化兵。救急队内分诊断、消毒、抬埋、站岗等诸多岗位。每天，各区派出40多支搜查队，挨家挨户检查疫情。一旦发现有人感染鼠疫，立即送到防疫医院，他们的房子用生硫磺和石炭酸消毒。
为了成功地执行分区防疫计划，张作霖还从长春专门调来了由1160名士兵组成的步兵团。他们被安置在城外俄国一家空旷的面粉厂里，任务是对疫区内进行交通管制。武翼新军防化营规定，傅家甸内居民出行必须在左臂佩戴证章，根据各区不同证章分为白、红、黄、蓝4种。每个区的居民在左臂上佩戴不同的证章，可以在本区内活动，但要去别的区域，必须申请特别准许证。就连区内的军人们也必须严格遵循这一规