这个制度规定，由皇帝亲自密写储君谕旨一式两份，并密封收藏于特制的鐍匣内。其一置之乾清宫中“正大光明”匾后；另一份则由皇帝自己随身密藏起来，以便他“归天”之后，该谕旨与“正大光明”匾后的谕旨相互对证，而后生效。所以要作出如此规定，很可能是雍正帝本人夺位阴谋成功之后，总结他自己过去经验，并为防止皇子之间今后为争储位厮杀所采取的一种预防措施吧。这样一来，雍正时期之后很长一段时间，清朝虽没有预立太子的制度，然而在皇帝的心目中，却早已筹划好了由谁继位，自从创立秘密建储制度并采取一种两相对证的契约式密诏之后，就避免了有人从中捣鬼，或一些权贵大臣暗中插手，从而对于缓和皇权斗争，巩固当时的统治和全国的政局，起了一定的作用。
雍正之子弘历的皇储地位，是在雍正元年确定的，并首次使用了上述密书缄盒的办法。据史书记载，雍正元年八月的某天，雍正帝在乾清宫西暖阁，召见王公大臣及文武官员，对他们说了一番康熙因立储问题而“身心忧悴“的话，接着宣布了谕旨：“今朕诸子尚幼，建储一事，必须详加审慎，此事虽不可举行，然不得不预为之计。今朕特将此事亲写密封，藏于匣内，置之乾清宫正中世祖章皇帝御书“正大光明”匾额之后，乃宫中最高之处，以备不虞，诸王大臣咸宜知之。”[1]雍正帝死于雍正十三年[1735年]八月二十三日，庄亲王允禄等王公大臣们把两份密诏启开核对吻合后，即由弘历继位，乾隆成了清代在建立秘密建储制度后第一个接位的皇帝。乾隆皇帝对他父亲的这一做法极为赞赏，给予高度评价，说此举“人心翕然”，这是“天下臣民所共知者也”。
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而秘密建储制度一直沿用到道光年间：
乾隆皇帝曾两次秘密立储，第一次在登基之后于乾隆元年七月初二日举行，不幸的是太子永琏只活了三岁就夭折早殇了。第二次再书密诏藏御书，即又过了三十五年，这就是乾隆帝于乾隆六十年九月三日启开乾隆三十八年所藏御书的鐍匣，宣布禅让给嘉庆帝的密旨。
此后，嘉庆、道光和咸丰几代皇帝，都是根据这种秘密建储方法即位的。如今，雍正、乾隆、嘉庆三朝的立储密谕均已亡佚，唯一还保存完好的一份，是道光皇帝于道光二十六年六月十六日朱笔亲书满汉文立储御书，上面写着两行汉文字是：“皇六子奕訢封为亲王，皇四子奕詝立为皇太子”，在后一行汉字的旁边，又书了“皇四子奕詝立为皇太子”，的满文。
而秘密建储制度的废除，主要前提就是继承人问题。
咸丰皇帝只有同治皇帝一个儿子，所谓的秘密建储制度毫无作用，除非咸丰皇帝不想传位于他的儿子。
而同治帝以及光绪帝两人都无后，而且其实权旁落，秘密建储制度更加没有实施的必要了。
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而在秘密建储制度实施之后，是否能够避免继承问题的争端？
历史记载了两个事件，则是说明了这一种做法无法有效避免这个问题。
第一个是弘晳的谋反：
爱新觉罗?弘晳（1694—1742年），清圣祖爱新觉罗?玄烨之孙，理密亲王爱新觉罗?胤礽长子。清世宗爱新觉罗?胤禛之侄，子凭父贵，弘晳自幼深受祖父喜爱，养育宫中。
雍正元年五月，雍正命理郡王弘晳携家人迁居至京郊昌平郑家庄府邸居住（之前弘晳的理郡王府位于京城内）。
雍正六年五月，晋理郡王弘晳为和硕理亲王，成为同辈中爵位最高者。
雍正帝十分关心弘晳，弘晳亦于奏折中称呼本是叔父的雍正皇帝为“皇父”，但他并未被委派一些重要任务，其间多参与一些礼仪性的活动，譬如雍正九年，雍正的元配孝敬宪皇后乌喇那拉氏去世，弘晳即出任使节赞册宝。
乾隆四年（1739年），（熹贵妃之子）乾隆帝弘历登基後，以“心怀异志”等罪名，革除弘晳亲王爵，除籍，改名“四十六”，囚禁景山东果园。本年十二月，将本身黜去宗室，改名四十六。
乾隆七年壬戌九月二十八日卯时卒，年四十九，无谥。后由其第十弟弘?袭理郡王爵，谥恪。
乾隆四十三年正月，奉旨复入宗室，复其原名。
而除了弘晳之外，还有本身是乾隆皇帝亲兄弟的弘时，同样也参与到夺嫡事件当中：
爱新觉罗?弘时（1704年3月18日－1727年9月20日），清朝雍正帝第三子，乾隆帝的异母哥哥。康熙四十三年甲申二月十三日子时生。母齐妃李氏。
后世认为，弘时20岁以前，先后经历了康熙帝的两废太子，诸皇子为谋取储位拉党结派，明争暗斗，皇十四子允禵率师西征，收复藏地，康熙帝猝死，胤禛获取皇位等一系列大事。乾隆帝称弘时“放纵”、“不谨”，表明他具有率直、任性的性格特征。尽管尚无史料予以证实，但根据雍正帝其后勒令他去做允禩之子这