南宋时期，阁皂宗的传播情况，所知亦少。周必大在乾道九年所见到的阁皂山崇真宫，除殿堂外，有“道士（住屋）数十房”。他在庆元二年所写的《临江军阁皂山崇真宫记》中，再记了崇真宫的情况，建有金阙寥阳殿，昊天殿，正一堂，靖应堂，祖师殿，藏经殿，玉像阁等，并称：“凡殿于旁翼以修廊，道士数百人环居其外。争占形胜，治厅馆，总为屋千百间，江湖宫观未有盛于斯者。”可见在南宋孝宗、宁宗时，阁皂山崇真宫的规模甚大，道士人数也颇多，阁皂宗在当时是比较兴盛的。
南宋诗人刘克庄曾为宁、理宗时一名阁皂宗道士杨固卿写过一篇墓志铭，曰：“固卿，杨氏，名介如，丰城县（今属江西）梅仙乡人。幼入阁皂山为道士。……学通伦类，道书外，禅宗方技之说，皆探骨髓，听者竦动。开禧（1205～1207）间，薄游边，画策不售，归山不复出。拾堕薪，煮三脚铁铛。或遗衣履，皆不受。尝主清江相堂观。一日，诸文士集观中倡酬，视固卿一黄冠师，蓬鬓垢衣，置之坐隅，甚易之。句至固卿，朗吟曰：‘酒量春吞海，诗肩夜耸山。’坐皆骇伏。有诗百余，号《隐居集》。……固卿介洁高远，冻饿自守，乐而不改，殆黔娄原宪之伦。”“宝庆元年（1225）卒，年六十八，葬南园之麓。”由此也可吭碜诘朗康那榭觥
入元以后，在元统治者的支持下，阁皂宗仍在传播。《大元圣政国朝典章》卷三十三《阁皂山行法箓》条云：“圣旨节：该张天师皂山有万寿崇真宫葛仙翁八景玄坛里住持李宗师，每年正月十五日一番做好事行法箓有来”云云。元封张陵子孙为天师始于三十六代张宗演。元世祖至元十三年（1276）接见，次年封天师、真人。上文所云张天师，或许即活动于元世祖至元（1264～1293）年皂山万寿崇真宫住持李宗师，不知何名，也不知他是阁皂宗的几代传人。袁桷《清容居士集》卷三十七载有一通代皇帝草写的加封阁皂宗四十六代宗师杨伯晋为真人的制文皂山万寿崇真宫住持四十六代传箓嗣教宗师杨伯晋升加太玄崇德翊教真人。”既未叙杨伯晋的事迹，也未署年月。考袁桷于元大德（1297～1307）初，被荐为翰林国史院检阅官，后升侍讲学士。他为皇帝所草的上述制文，当在其在职期间，即元成、武、仁宗期间，可知阁皂宗在此时已传至四十六代杨伯晋。
宋末元初有一著名阁皂宗道士郑所南（1241～1318），字思肖，号忆翁，又号三外野人。福州人（或云福建连江人）。原为南宋太学生，博学多技能。宋亡，客寓吴中（今苏州市），誓不仕元。由儒入道，兼好禅学。善为文，喜画墨兰而不画土。谓土已为番人夺去矣。因常在诗文中表露其亡国之痛和对宋臣仕元之讥。赵子昂才名重当世，郑所南恶其宗室而受元聘，遂与之绝。子昂数往候之，终不得见，叹息而去。
据卢熊《郑所南小传》载，所南著有《太极祭炼》一卷，《释氏施食心法》一卷，《谬余集》一卷，《文集》一卷，《自叙一百二十图》，《诗》一卷，与菊山先生诗行于世。《正统道藏》收其《太极祭炼内法议略》三卷，属灵宝斋法的阐述著作。第四十三代天师张宇初曾为之作序曰：“灵宝斋法，始徐（来勒）、葛（玄）、郑（隐）三师流于世，迄汉唐宋元以来，蹊殊径异，纷纠交错，不啻千百。……世传则有丹阳、洞阳、通明、玉阳、阳晶诸派，而莫要于仙公丹阳者也。丹阳本乎南昌，而南昌乃灵宝一名也。得丹阳之要者，莫详于所南郑先生《内法议略》。……其言首主于诚学之大本，何莫非诚，故曰诚者天之道，诚之者人也。”据此，郑所南是灵宝斋法的重要传人。元末黄公望弟子王玄真又根据郑所南等人所著之书撰成《丹阳祭炼内旨》，其序云：“夫祭炼者，祭所以祭鬼神，炼所以炼自己也。苟不炼已，则鬼神不能升度，……必先以志诚为体，慈悲为用，悯兹六道之沉魂，念彼九泉之滞魄，……”始能为济。表现出融会内丹修炼于符箓斋醮的思想倾向。
⒊衰落
进入明代，阁皂宗传承未绝。俞策《阁皂山志》卷上云：“壬辰（1352），山寨邓克明之变，（崇真宫）台基殿俱毁。明洪武（1368～1398）初，道士徐麟洲复之。十七年（1384），授五十代孙李半仙为灵官，王圭石副之。二十七年（1394），复授张尊礼为灵官。宣德（1426～1435）初，授黄谷虚，第五十二代也。至八年（1433），岁饥，有采蕨者遗火，延毁宫观。谷虚稍修复之，嗣后教典不坠。”说明至宣德年间，阁皂宗仍有传绪，其教仍有相当传播，但在此后即趋衰落，以致一蹶不振。上书云：“至嘉靖（1522～1566）中，积负虚税，黄冠星散，仅存一二人。万历（1573～1619）间，道士刘开