前述南传一系，至元末，传至赵宜真（？～1382）。宜真，号原阳子。其先浚仪（今河南开封）人，元时徙安福（今属江西）。早业儒，后入道。初师清微派道士曾贵宽（号尘外，黄舜申嫡传），嗣清微法；继师道教南宗和全真道士，得南、北派内丹之学；又师徐异，得净明忠孝之道。师承多途，所传亦杂，但他对上述诸派的理论多有所阐扬。如他曾据师传，再补以他书，对清微雷法、斋法，加以整理，疏解，并对其理论加以阐发，作《玉宸登斋内旨》《玉宸经法炼度内旨》等篇。强调道为体，法为用，道与法皆具于我心。心地诚明，就能通天感神，“天人合德，此感彼应”。如奏章斋科，首在于存思凝神，方能感通天地，如果相反，“但以宣科念咒、掐诀烧符、令色华音、驰心外想为务，徒以乱其神思，困其肢体，……尚何望有所感格哉！”超度亡灵也如此，“矧鬼神之于人，非可以声色相通，惟可以心诚相感。若我悟，他亦悟；我迷，他亦迷。其幽冥境界，亦随心念化现。我心昏昧猥小，则幽冥之境亦成夜府穷乡，我心广大光明，则幽冥亦成天宫净界，我能修持正道，则鬼神感悟，亦返邪归正矣”。由于赵宜真对清微道法多所阐扬，故后世清微派南系道士奉之为一代祖师。如《道法会元》卷三十二《上清龙天通明炼度大法》和卷四十六《上清神烈飞捷五雷大法》等中，皆在黄舜申之后，列熊道辉、彭汝砺、曾贵宽、赵宜真。
赵宜真所传弟子中，以刘渊然为最著。刘渊然（被净明道尊为第六祖）传邵以正，邵以正传喻道纯、胡守法。刘、邵、喻、胡诸人皆是明代有名道士。刘渊然在永乐间受命任道录司左正一，仁宗朝被封为“冲虚至道玄妙无为光范演教长春真人”，宣德初，进大真人，领天下道教事；邵以正在正统中迁道录司左正一，领京师道教事。景泰间，赐号“悟玄养素凝神冲默阐微振法通妙真人”；喻道纯在成化十年（1474）受封为“体玄守道安恬养素冲虚湛默演法翊化普济真人”，任道录司左正一，领道教事；胡守法在成化十一年受封为“冲虚静默悟法从道凝诚衍范显教真人”，弘治改元，授道录司左正一，掌道录司事。以上诸人皆通法术。但诸传中皆未注明曾受清微道法的传承。故在赵宜真之后，清微派南系的传承如何，现尚难于稽考。
《东岳庙志》之“灵济先祠神牌表”，列有明代清微派的历代祖师，为：故始祖南京朝天宫道录司右玄义禹贵黉，称为“明朝清微派第一代”。其下有“皇清羽化清微派第四代”刘守谊，第五代都全皊、李全安、朱全皊，直至第十五代庞源本等。据上面第四代神牌所书“皇清”二字推测，从四代至十五代，盖皆为清代清微派的传人。但皆无事迹可考。且此“神牌表”中称道士禹贵黉为清微派第一代和始祖，又与上述南毕道、黄舜申等不相接，或许是清微派传至明、清时所分衍的支派。
闵一得《金盖心灯》卷二《吕云隐律师传》中，又记有清微派第二十三、二十四两代传人。该传云，全真龙门派第八代律师吕守璞（号云隐）之父吕贞九，在明末清初弃儒为道，嗣清微法，为第二十三代法师。吕守璞在十七岁时，受其父传清微法，其后才拜龙门派七祖王常月为师，入龙门派。
故该传曰：“师（吕守璞）于清微为二十四代，于龙门为八代律师。”他下传弟子吕徵，为龙门派传人，但不知并传清微法否。且此二十三、二十四之代数，又不知上承何人。明中叶后，道教衰落，清微派详情也就难以考知。