麦克阿瑟决定把家就安在使馆里，而把总司令部设在商业区皇宫对面的第一大厦。使馆在大轰炸中虽未受大的破坏，也未被日本人占领，但是馆内仍破烂不堪，没有一件像样的家什，有的房间地面上还淌满了水。士兵们忙了几天才把使馆收拾得整洁了一些，原来的一些老佣人也都陆续被召了回来。一切准备就绪后，麦克阿瑟即派人去马尼拉接他的家人。
第一大厦距使馆只有5分钟的汽车路程，其所有权属于日本一家大保险公司。麦克阿瑟选中六楼的一个带空调的小房间作他的办公室，据说这里原来是一间储藏室。他把办公室当作一个幽闭独处的场所，连部电话也不安。室内布置得也很简单，只有一套旧沙、一张办公桌和一个书柜，唯一的装饰是墙上挂着的华盛顿像和林肯像。
9月19日，麦克阿瑟的妻子琼和儿子阿瑟及老保姆阿珠，还有在马尼拉新近请的家庭教师吉本斯夫人，乘飞机在厚木着陆。麦克阿瑟和一名助手未带任何武器去机场迎接。在返回东京的路上，琼看见路两旁有日本兵，担心地问：“安全吗？”她的丈夫回答说：“绝对安全。”
麦克阿瑟之所以有这样的把握，是因为他对日本人有充分的了解并对自己所采取的立场有充分的信心。他在进驻东京之初即宣布：“最高统帅部的职责并非抑制日本，而是使它重新站起来。”这是他在总结了历史上亚历山大大帝、恺撒、拿破仑实行占领时的经验与教训后得出的结论，当然也借鉴了他父亲老麦克阿瑟将军在菲律宾，还有他自己一战后在德国莱茵地区的占领经验与教训。在莱茵地区驻防时，他亲身体验到“军事占领形式所带来的根本弱点，文官权力为军事权力所取代，人民失掉了自尊和自信，不断占上3的是集中的**独裁权力而不是一种地方化的代议制体制。在外国刺刀统治下，国民的精神和道德3尚日益沦丧；占领军本身也由于权力弊病渗入到他们队伍中而产生了一种种族优越感，从而不可避免地堕落下去”。他认为，在这种一方为奴隶而另一方为主子的占领状态下，“几乎所有的军事占领都孕育着未来的新的战争”。因此，他要求同盟国驻日占领军尽量采取一种克制和善意的作法以赢得日本人的信任与合作，并确定了“一切占领政策都将通过包括天皇在内的日本政府实行”的原则。他在9月22日代表美国政府的《日本投降后美国的对日政策》中，次明确了这一间接统治原则，但规定：“上述原则在天皇及其他日本当权者不能满足最高统帅实施投降条款的要求时，最高统帅将要求改组政府机构和变动人事，或以直接行动之权限和义务加以限制。”
上述原则显然使日本人感到放心，但却招致美国国内舆论和其他战时盟国的非议。苏俄认为，麦克阿瑟对日本的占领可能过于软弱，提出要参与占领日本，并像在德国那样在日本建立一个四国委员会，以加强对日管制。在美国国内，舆论界则动了一场反对保留天皇制的运动。大多数美国人认为，裕仁天皇同东条英机一样对战争负有最大的责任，应把他作为战犯进行审判并处以死刑。有些日本人这时也骂起天皇来，说他是战争贩子，甚至还在盟军总部前举行游行示威，要求废黜天皇。但是，麦克阿瑟认为这样对待天皇是不公正的，他对战争不负有责任。况且绝大多数日本人崇敬天皇，如果把他抓起来并进行审判，那势必会引起战乱，“导致灾难性的后果”。他警告华盛顿说，如果采取那样的行动，至少需要1oo万援军来应付可能爆的游击战争。不仅如此，他还要求对天皇的待遇“不应有任何降低之处，凡是一位君主所应得到的礼遇都要给他”，以求得天皇的支持，通过其对日本人民的影响，来实现他重建这个国家的宏图。因此，当他的参谋们建议把天皇召到最高统帅部以显示一下最高统帅的权威时，他否定了这个建议，并对他们解释说：“这样做会伤害日本人的感情，使天皇在他们心目中成为一个殉道者。不，我要等一等，到时候他会自动来见我的。在目前形势下，东方人的忍耐较之西方人的急躁更有利于我们的目标。”
果然，没过几天，日方通知说天皇要求见，麦克阿瑟欣然同意。9月27日，天皇在侍从长藤田的陪同下来到美国大使馆。44岁的裕仁身穿燕尾服、条纹裤，头戴高礼帽，在参谋人员的引导下，来到麦克阿瑟的会客厅。麦克阿瑟在门口热情迎接了他，把他引到壁炉旁就座，并让其他人都出去，只留下天皇的一名翻译。他现裕仁“心神不安”，意识到战争结局给他带来了巨大压力和痛苦。为了减轻天皇的不安，麦克阿瑟愉快地说起他在日俄战争结束时曾受到老天皇的接见，并给他点上一支美国香烟。但他看到这仍不能使天皇平静下来，因为天皇拿烟的手在不停地颤抖。看着这位他曾极力保下的天皇，麦克阿瑟担心他会为自己可能被指控为战犯(此时他还不知道自己的名字已被从战犯的名单上划去了)进行辩解，但天皇却出乎意料地说道：“麦克阿瑟将军，我到您这里来，是为了接受您所代表的各国的裁决。我对我国在这次战争中所做的一切政治、军事决定和采取的一切行动，负完全责任。”听了这话，麦克阿瑟对天皇“如此勇敢地承担一种意味着死刑的责任”深为感动，并油