吏部由原来的三公曹、吏部曹整合而成，掌品秩铨选之制、考课黜陟之方、封授策赏之典、定籍终制之法，下设四司：文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封等事务。稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
户部由大司农衙门改组而成，掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜，其内部办理政务按地区分工而设司，现任户部尚书为原来的大司农朱光，是朱儁的族弟。
大司农为九卿之一，依然存在，两汉时大司农掌管租税、钱谷、盐铁和国家财政收支，现在大司农的大部分职权都转移到户部衙门，大司农的职权便改为主掌劝课农桑、屯田、水利、救荒等事。现任的大司农是一个世家大族出身的老朽，本身不管事的，真正理事的是大司农丞韩浩。
工部由民曹改组而成，民曹原来掌管一切有关修建和盐池苑囿的管理，改组为工部以后，职权扩大，职掌土木兴建之制、器物利用之式、渠堰疏降之法，凡全国之土木、水利工程、机器制造工程(包括军器、军火、军用器物等)、矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。工部下设四司：将作司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；还有军械司，负责军械打造，暂被吕布的z军军务院掌控。
将作大匠职掌宫室、宗庙、陵寝等的土木营建，虽不是九卿之一，却也不并入工部。
礼部则有客曹和太常衙门改组而成，客曹掌管护驾边疆少数民族朝贺事务，太常掌管礼乐社稷、宗庙礼仪，兼管文化教育、陵县行政，也统辖博士和太学，改组后的礼部掌管全国学校事务、文化教育、博士太学及藩属和外国之往来事。现任的礼部尚书是一个名不见经传却被士人称许的世家老朽，吕布准备把这个位置留给现任北海相的孔融。
太常作为九卿之首，依然保留，负责建邦之天地、神祇、人鬼之礼，吉凶宾军嘉礼以及玉帛钟鼓等威文物的官员，同时负责宗教事务，不再兼管文化教育事务。
刑部由二千石曹改组而成，二千石曹原来掌管司法诉讼事务，改组后的刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与御史台管稽察、廷尉掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌有，审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同三司审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件，刑部是按州设司。
兵部是由中都官曹和太尉府改组而成，中都官曹掌管水、火、盗贼等治安工作，而太尉除了评定全国武官的功绩高下、以为升降的依据外，就是作为皇帝的最高军事顾问，改组后的兵部职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载﹑邮传之制，甄核﹑简练之方，士籍﹑军实之数。兵部下设四司：武选司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事；车驾司﹐掌全国马政及驿传等事；考功司，掌武职官员的叙功﹑核过﹑抚恤﹑军旅之简阅﹑考察﹑巡防等事；武库司，掌全国之兵籍﹑军器之事。