日本南方军辖近卫师团、第二师团、特别混成旅团和南方舰队，总兵力达到了五万人。
按计划，日军应该兵分两路，从南北两个方向直捣台南，彻底消灭盘踞在台南的刘永福所部，在一个月内，肃清全部抵抗力量，完成对台湾的全面占领。
但是，形势突然发生了变化。
9月1日，日军在彰化遭受重创，近卫师团的混成旅团旅团长比志岛义辉阵亡。紧接着，进攻台南的海军陆战队连同吉野号巡洋舰，被敌军全歼，无一生还。
突如其来的打击，打得大本营晕头转向，天皇震怒！
刚开始，大本营还以为是法国人参战。几天后，才终于搞明白，是日军的老对头，周宪章的章军参战了！
清日战争，日军就是败在章军手里！正是因为章军，使得日本失去了囊中之物的朝鲜，也丢掉了唾手可得的辽东、山东。现在，日本经过将近一年的苦战，只得到了一个台湾，这是日本在这场战争中唯一的果实。
原以为，大清国的慈禧太后，已经替日本人解决掉了章军，哪里想到，章军竟然出现在了台湾！
日本政府向大清国提出了强烈抗议，但是，却被大清国朝廷拒绝！大清国的理由很简单，台湾并没有清军。所谓章军，只是一群偷渡到台湾的志愿者，对此，大清国已经加强了台湾海峡的海防，明令严禁中国大陆军民偷渡赴台。所谓章军在台湾的一切行动，与大清国无关。
日本人知道，这是大清国朝廷玩的花招，可也毫无办法。
日本不能失去台湾！否则，这一场让日本人损兵折将、耗费巨万的战争，就毫无意义了！正是在这一背景下，大本营决定，向台湾增兵！不论付出多大的代价，也要把章军赶出台湾！决不能让章军从日本手里夺走这唯一的果实。
与此同时，台湾总督府和南方军司令部，经过谨慎思考后，调整了对台作战战略。
目前，台湾日军总兵力为五万人，而章军兵力有三万多将近四万。日军在兵力上占据优势，但优势不明显。鉴于日军已经完成了对富庶的台湾中北部的占领，章军所部据守在偏远局促的台南地区，日军完全能够在台湾就地获取战争资源，而章军很难从当地获取粮饷，他们的后勤供应，只能通过台湾海峡，从福建两广获得。
所以，总督伊东佑亨决定，放弃对台南全面进攻的计划，采取三管齐下的策略，第一，停止嘉义一线的大规模进攻，转而防御。第二，南方舰队加紧对台湾海峡的封锁，切断章军的供应；第三，强化台湾中北部的占领，建立地方政府，肃清残敌，巩固统治。
日军要对章军打持久战，用时间河空间拖垮章军！
伊东佑亨的决定，是极为明智的！
在台湾，日军占据天时地利，章军所拥有的，只是人和。
但是，荒僻的台南，资源匮乏，无法为四万章军提供必要的战争资源，章军根本无法在那里长期立足。那里的土地人民，养活不起这样一支大军。
用不了多久，章军就不得不主动向台湾中北部发起进攻，否则，他们在台南坐吃山空，只能被饿死！
一旦章军主动出击，日军正好可以以逸待劳。嘉义至彰化一线，日军已经构筑成铜墙铁壁，章军的进攻，必然会撞得头破血流。待章军在进攻战中消耗得差不多了，日军再乘势大举反攻，一举拿下台南！
这个策略是英明的，唯一不足的是，旷日持久，日军搞不清楚，章军会在什么时候开始进攻。
还有一点不利的是，台湾日军长期不作为，会带来极大的国际风险。台湾问题，并不是一个孤立的问题，英国、法国、美国的眼睛都盯着台湾，直到现在，这些西洋列强也没有正式承认日本对台湾的占领，台湾问题如果迁延三个月或者更长，那么，难保这些西洋列强不会插手台湾。
一旦西洋列强插手台湾，他们肯定会想方设法与周宪章联系，劝说周宪章担任他们在台湾的代言人，日本面临的国际环境就复杂了！
所以，伊东佑亨的战略思想，在日本国内引起了巨大的争议。一部分内阁成员，尤其是外相陆奥宗光，强烈要求台湾速战速决，以免给法国人插手台湾留下口实。就连南方军内部，也有不同的声音，南方军司令官乃木希典，就不赞成这个计划，他急于与章军决战，乃木希典相信，他的五万精锐，足以迅速击败盘踞在台南的章军！
然而，伊东佑亨凭借他的威望，终于说服了大本营，同意了他的战略构想。
于是，近卫师团在嘉义的进攻减缓了，转而进入防御。
北白川宫能久亲王赞成伊东佑亨的计划，他相信，这是解决目前问题的唯一正确方法。身为前线指挥官，他很清楚，日军面临的对手，不是那些装备和战术水平低劣的台湾义勇军，那些人凭着一腔热血作战，很容易被日军击破。彰化和嘉义的作战表明，对手是一支训练有素装备精良的正规军，对付这样的正规军，要有耐心，不能一蹴而就。
况且，现在气候恶劣，瘴疠横行，不少官兵感染了传染病，失去了战斗力，在嘉义前线，每天都有官兵因病而死。不过，日军所遇到的瘴疠，章军也躲不过去，北白川宫能久亲王相信，章军所面临的瘴疠问题，比日军更为严重，毕竟，日军有强有力的医疗保障系统，而章军盘踞在台南，缺医少药，他们非战斗减员，一定比日军