就在此时人类反抗组织出现了叛徒，文卓被抓，尼奥前去救出了文卓，在逃跑过程中被矩阵的“杀毒软件”特工史密斯杀死。结果反被尼奥得到了新的力量复活，真正成为救世主，把无所不能的史密斯反杀。
从此，人类与机械的战争，进入了一个全新的时代。
《黑客帝国》的第一部，剧情大致如此，也是系列中最容易看懂，评价最高的一部。后续两部其实论及深度，比第一部更甚，而且富有哲理，只是稍微玄乎了一点，很多人都抱怨看不懂。
当然，不管是看懂还是看不懂，并无损《黑客帝国》系列在科幻电影史上的成就。
张谭在力所能及的基础上，把剧本通过微调整，让剧情在保持深度不变的同时，更连贯、更有张力、更加能被接受。
而现在，就是将剧本一点一点实现的过程。