荷兰人大惊失色，这才察觉自己上了敌军的暗度陈仓之计，但是他们这个时候根本就没有比的选择了，只能在敌军的大部队赶来之前将西城夺回来，不然等待他们的就是覆灭的命运。
中华军突入城中的两千人中间这个时候有五百名士兵护住了城门，他们早已将城门打开，埋伏在城外的两千军队高喊着冲进了城中，他们和之前杀入城中的军队一起，以席卷之势将前来反扑的荷兰人的攻势压了回去，并且将荷兰人的活动空间压缩到仅有北城墙及城门下面的一小块空间，一时间所有的人都知道，荷兰人已经大势已去了。
激烈的抵抗并没有持续很久的时间，因为荷兰人在中华军的三面夹击这些损失惨重，卡尔凯恩斯知道他们已经无力回天了，最后只好下达了向中华军投降的命令。
中华军拿下了北门之后迅速的派兵逐个的清剿城中残余的荷兰，以及刚刚成军不久的土著士兵，这些扈从军在战场上表现的十分拙劣，尽管表现的比较勇敢，但是却丝毫没有章法，只顾着一拥而上，一群人遭到中华军的迎头痛击，伤亡惨重，很快就被击溃了。
巴达维亚的规模并没有马尼拉那么大，但是这座城市的活力显然不是马尼拉能够相提并论的，年轻的荷兰帝国这个时候如日中天，虽然没有日后日不落帝国那般的荣耀，但是却是这个时候当之无愧的海上霸主，拥有最强大的造船工业和最多的航海运输船，因此遍布世界各地的殖民地上面的贸易的往来也是十分频繁的。
但是随着巴达维亚的陷落，荷兰人的海外贸易将会遭受重创，而中华帝国的商队从此才算是真正的走向了世界，参与到了大航海时代的淘金狂潮之中了。
巴达维亚一战，中华军的损失比较轻微，只有六十九名士兵阵亡，一百五十多名士兵受伤。其中以炮兵和吕宋军的伤亡最多，这一战之中荷兰人的海上舰队在三宝垄一带的海域被中华军的舰队击溃，五艘战舰被击沉，两艘战舰被俘。剩余的战舰则成功的逃脱了，这个时候印尼群岛一带荷兰人肯定是不敢再待下去了，因此王佐才估计这些人肯定是向西逃回到印度去了。
除了荷兰人的海军有少部分军队逃脱之外，其陆军的命运则要悲惨的多，一共两千两百一十七人的军队。其中战死五百一十七人，被俘一千六百六十八人，三十二人失踪，这些人估计还在城中，应该是躲在了民居里面了，等到之后中华军的清剿行动展开就能够将他们解决掉。
这些被俘的士兵中间有很多人都受伤了，其中大部分都是被炮弹炸伤的，人数多达四百多人，伤员之中有很多是重伤员，中华军这一次出兵虽然物资携带了很多。但是医药的携带数量却不多，这主要是军中比较缺乏大夫，而宝贵的药材王佐才显然是不想浪费在这些重伤员的身上了，就算是要救，那也是先救中华军自己的伤员再说。
对于这样的安排荷兰人虽然抗议，但是中华军士兵们根本就不会去理会他们的感受，直接将轻重伤员一区分然后将所有的重伤员全部抬出去“解决”掉了，这对于他们来说未尝不是一种解脱，在巴达维亚的这种酷热的天气里面，这种开放性的伤口是极容易感染化脓的。等到那个时候或许会更惨一些。
第二天天一亮，中华军的军队已经完全控制住了巴达维亚整个城区，随即，王佐才派出了数十支小队对城中可能藏匿荷兰士兵以及土著士兵的居民区进行了搜查。而大军这个时候已经在举行入城仪式了。
所谓的入城仪式，就是发动群众来欢饮中华军，以此来制造出声势和氛围，以震慑城中的土著人和荷兰人，而欢迎的人员则是李文思和几名城中的华商组织起来的，实际上也不是特别难办。主要是他们手底下的华人工匠和民众。城中的华人是一大片一大片的定居的，荷兰人施行的是一种类似于后世的工头一样的管理制度，将事情交给华人之中的首领，再由这些首领来组织人手去完成荷兰人教派的工作和任务，时间一长，这样的组织便因为分工种类的不同分成了十几股，大一点的类似于李文思这样的，手底下的工人的数量在五千人以上，多一点的甚至超过了万人的规模。
这些人对于中华军的态度显得有点摇摆不定，起初他们是比较抗拒中华军的，因为很多人都担心一个新的势力的进入，会打破他们现有的一种近似于垄断一样的地位，但是随着局势的进展，巴达维亚的华人和荷兰人之间的关系开始出现了裂缝，荷兰人开始有意识的打压华人，甚至在局势不太明朗的时候，荷兰人一度祭出了屠刀，显然是想对他们动手了，华商们这才一下子慌了神，于是才着急上火的不停的催促李文思，想要得到中华军的军队的动向的消息，好期盼中华军能够及时赶到帮助他们摆脱险境。
不过这个时候在得到了中华军方面的详细的政策了之后，这些华商们终于松下了一口气，他们的利益并不会受到损害，而且从此以后也再不用看荷兰人的脸色了，而且在这一次攻打巴达维亚的过程之中，中华军所展现出来的强大军事实力，也让这些华商们感觉心里无比震惊，在他们的印象之中，大明朝廷的水师虽然强大，但是全都是依赖着人多船多，打起仗来靠的是人数的优势，陆军的那些腐朽的卫所兵，根本就不值一提，指望他们保家卫国还不如各地编练得乡勇团