陈永华的话让郑经大惊失色，连忙问道：“先生为何如此忧心？”
“施琅他的目标是厦门城外的三十艘战船啊！”陈永华知道这个时候才看穿施琅的想法可能已经于事无补，但是还是一脸急切的催促郑经道：“王爷，赶快调动水军前去支援厦门水军，施琅的目的就是要在我们反应过来之前对我们实施逐个击破。”
郑经哪敢怠慢，连忙下令让黄庭率领金门附近海域的明军舰船赶去厦门外海支援。他和陈永华连忙往金门东南边的码头上赶去。
厦门外海的海面上这个时候已经是一片火海了，巨大而猛烈的爆炸声让东面城墙上的数千名明军士兵呆若木鸡，绝望和恐惧的情绪很快便在士兵中间蔓延开来。
厦门城外的水军力量并不是很强大，只拥有大船二十四艘，另有三十多艘大型商船，这些商船都是福船，用来运送兵员和物资，和金门的明军水军一样，厦门城的水军也建有坚固的水寨，水寨的入口处有一面巨大的铁扎门，向前还有两道长长的铁索，水寨面积不大，水军的规模也很小，但是却是厦门城守军心中唯一的一条后路。
这个时候海面上还有清军艨艟和斗舰在水面上迅游，将落在水中尚在挣扎的明军捞上船，远处是一排排体型巨大的清军战船。
这一战清军几乎没有损失，仅仅凭借着几十艘装满引火燃料的小船，就点爆了从金门方向来的十几艘满载火药的运输战船，爆炸起火的明军大船和众多清军的小船顺着东风直灌明军的水寨，烈火烧毁了大铁扎门的粮草的铁链，在强劲的东风之下冲进了明军的水寨，水寨之内的明军战船几无可躲，全部都被付之一炬。
等到黄庭的水军感到战场的时候，清军已经不知去向，水面上这个时候是一片狼藉，到处都是烧剩下的残存木板和杂物，厦门城的明军纷纷从东面城门聚拢过来，请求海上的水军战船将他们带走，黄庭自然不敢这样做，很快的明军的战船便又从厦门外的海面上消失了。
就在黄庭的水军离开金门后不久，一只白色的信鸽便从岛上振翅高飞向北方飞去。
陈永华和郑经等人来到水军码头后并没有随军出击，陈永华担心施琅会使连环计，趁明军去救厦门之际趁机发军来进攻金门，要是没有水军的保护，那么明军很难阻止清军的战船登陆，而且这个时候厦门方面的水军很有可能已经全军覆灭了，于是留下了一部分水军，连同大军都调到北面防止清军登陆。
马港水军的码头内停靠着大批水军军船，船上这时候都满载着杀气腾腾的清军将士，水港内传来一阵阵嘹亮的军号声，在三十多艘战船的附送之下，清军舰队向南方北方驶去。
明军在金门岛上的陆军总数在一万五千人左右，这时候在郑经的调配之下有一万余人都聚集在狮山一带，这里地势稍高，可以查看到东北面的海面上的动向，郑经安排了大量的巡哨马山，天马山和五龙山一带，众人已经等待多时，但是料想中清军的登陆战船却迟迟没有出现。
这个时候天色已经暗了下来，明军可谓是主动全失，完全落入了清军的节奏之中，整个事情的经过像是清军早早的安排好的一样。
金门岛距离厦门城最近的地方只有五里多，这个时候厦门城内火光冲天，在渐渐降临的夜幕下显得十分醒目，小金门的明军守军情知不妙，连忙将这一消息向金门方向的明军报告，消息传到郑经这里时，两人这才发觉又一次上当。
清军的部队的目标自然不是水军力量强大的金门，而是对准了三面被围的厦门城，此时厦门城外的清军已经做好了合围前的最后的准备，清军水军在蒙蒙夜色的掩护之下，趁黑登陆在厦门城外东面的空地上，随军的三十余艘战船则向前驶进，将炮口对准了厦门城的城墙，猛烈的炮火就是小金门岛上明军看见的火光，清军的炮火十分猛烈，这就像是清军约定好的进攻信号一般，清军从西南北三面同时发起了猛烈的进攻。
厦门的城墙是明朝时候修建的，城墙比较高大，东西城墙宽为八里，南北城墙长为十里，明军在城内的守城士兵人数只有不到一万人，根本就守不住四面城墙，尽管明军将士浴血奋战，猛烈的火炮和居高临下的巨石给进攻的清军造成了惨重的伤亡，但是苦战半夜的明军最终还是没有守住厦门城，清军进攻最猛烈的东门最先告破，守卫东门的明军士兵人数最少，却要单独面对战力最强同时也是人数最多的八旗清军的进攻，只守了三个多时辰便因为伤亡惨重而无力再战。
清军军中有数量在五百人左右的白甲军，这些人战力强横，最先登上了厦门城的城墙，他们手中持有九尺长的横刀，横刀是精铁打造而成，他们右手顶着一面蒙着三层熟牛皮的圆盾，一手托着横刀，动作十分敏捷，这些人率先冲上城墙，手中的横刀带起阵阵白练，混合着明军士兵的残肢断臂，城墙上很快便被这些人打开了一块块空缺，后续的清军在这些人的保护之下得以顺利登上城墙，清军训练有素的结成阵势，明军抵挡不住，被杀的纷纷败退，城墙上的空缺越拉越大，渐渐地整个东城墙上的清军的数量已经超过了守城的明军了，清军先锋攻上了城墙，明军士兵便无法继续朝城下的清军开炮还击了，数百名清军将一根粗大的沉木抱起，呐喊着向厦门城东面的城门撞去，这面高大的城门