在和四天王希巴的一战中，阿鹏认识到了自己实力的不足，自己离四天王还有很大一段距离。可接下来就是个锻炼实力的好机会，就是对付超古代神奇宝贝！
阿鹏等人走到一个山谷，这时已经是中午了，小莹和小霞开始忙活午饭，阿鹏把神奇宝贝都放了出来：哈克龙（子），喷火龙，暴蝾螈，化石翼龙，鬼斯通，尼多王。果然，小莹也放出了神奇宝贝：尼多后，水箭龟，比比鸟。不过小莹的目的还是尼多后，尼多王一见到尼多后，两只神奇宝贝开始亲热起来，互相用角摩擦着。
“阿鹏，离午饭还有一会，现在来对战吧！”小莹说着，阿鹏很乐意，接着便叫出哈克龙来，小莹叫出水箭龟。两只神奇宝贝互相对峙着，战斗一触即发。
小莹先喊道：“水箭龟，使出祈雨！”阿鹏听了后在心里赞美小莹已经不是当初那个害怕对战的女孩了，用祈雨提升水系技能的威力就是最好的证明。水箭龟向上吼了几声，接着乌云密布，空中滴着雨滴。好在午饭是在帐篷底下做的，不然就吃冷饭了。
“好，使出水之波动！”小莹下令道，水箭龟打出一个蓝色水球，显然是被祈雨提升威力了，阿鹏下令道：“用龙之怒！”哈克龙也打出一个大火球，接着水之波动和龙之怒相碰，两者抵消了。
“这次到我们了，哈克龙，使出龙卷风！”阿鹏喊道，哈克龙脖子下的宝珠发出亮光，接着产生了一个龙卷风，向水箭龟袭来。
“用水炮！”水箭龟从双管中打出强力的水柱，把龙卷风击破了。此时，哈克龙一个水之波动打了过来，“水箭龟，避开！”小莹下令。
水箭龟避开了攻击，水之波动击中了水箭龟后方的一块岩石，接着岩石崩开。
“这是？”小霞看到了一个石板，阿鹏明白了自己已经到达了目的地。接着阿鹏走上前去，翻开石块，果然，一个戴着黄色花纹，两边是圆锥，中间是圆柱的奇怪东西，旁边还有一个同样颜色的勺子。
阿鹏刚拿到手上，接着就消失了。“这个是......不会错了”一个女生的声音响起，阿鹏回头一看，果然是怀特，正拿着放大镜观察着，和旁边的团长说着。
“那个，是我们发现它的，你们是谁？”阿鹏假装问道。
“哦，是这样啊，我叫怀特！”怀特说道，接着又端详起了那个奇怪的东西。
接着，怀特邀请阿鹏他们到帐篷去，阿鹏等人就跟着去了，似乎还没发现自己的饭已经糊了......
“诶，古代人居然连可达鸭也崇拜？”小霞很不解，谁让他有一只那样的可达鸭呢。
“他们把神奇宝贝当成超自然的力量加以崇拜，而在这座山上挖掘的东西也证明了这一点。”说完，怀特拿起那块石板为阿鹏翻译着：毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗染黑了天空，金色的眼眸然乱了气,把世界一分为二的争端，使得人们束手无策，天空开启了异界之门，这时候，把一切都平息的力量，化作了圆球到地平线以下。
阿鹏笑了，心里想到：这可不一定哦！接着就跑到后山，想也知道干什么。
“各位，接下来我要借助你们的力量！你们这次的对手不是普通的神奇宝贝，是巨大的古代神奇宝贝，所以这次一定要小心！”阿鹏对面前的六只神奇宝贝说着。“还有就是，大家尽可能用远程攻击，不然会被吞噬掉的！”阿鹏又补充着说，毕竟在动漫里阿鹏已经见识到了，接触身体的话会被吞噬进去，所以阿鹏这次格外小心。
带阿鹏部署好了，便赶回去等着剧情的发展。没过多久，胖子团长便跑了过来。
“博士！博士！”胖子团长不安的喊道。
“怎么了，团长！”怀特问道。
“我们在外面发现了黑色的东西，因为您说那东西可能会有危险，所以我们没有碰它，现在请您去看看吧。”胖子团长气喘吁吁地说。
阿鹏他们跑到遗迹那里去，果然有一个像哑铃一样的黑色东西。果然是巨大耿鬼的容器，阿鹏心里想到，已经做好战斗的准备。
“团长，多带几层手套把它带进来吧。”怀特说着，递给了胖子团长3双手套。
“额，这就是你们所谓的防护措施？”阿鹏心想。
果然和剧情一样，胖子团长带着三双手套去摸，但还是化作一阵红光被吸了进去。接着阿鹏看到黑容器中除了胖子团长，还有火箭队：亚玛多和小三郎，旁边还有一只穿山王。阿鹏想着，他们的确比武藏他们聪明，在白天挖洞很容易就办到了。
接着所有的工作人员都被石化功控制住了，接着化作一团红光被吸了进去。阿鹏他们往后退，这时，那个黑球化作了一个巨大耿鬼，出现在众人面前。
“黑色的黑暗，染黑了天空，是指这个么？”怀特喃喃地说。
就在这时，装有金色之眼的车子炸开。在空中，金色汤匙开启了金色之眼。接着，一只满是花纹的胡地出现在阿鹏眼中。
“这两只真的是神奇宝贝吗？”小莹喃喃地说道，掏出了神奇宝贝图鉴，只听图鉴开始解说道：“胡地，念力神奇宝贝，它的头脑性能凌驾超级电脑，据推测智商高达5000，擅长使用超能力。”“耿鬼，影子神奇宝贝，可以附在人的影子上，突然感到发冷害怕时，耿鬼肯定就在附近。”
“真的是神奇宝贝啊，不过怎么这么大！”小霞说道。
耿鬼本来正准备