此次从山东募兵共九千一百人，虽然在胶州之战中损失了五百老兵，可是在岱山还有留守的一千老兵，这样算下来整个岱山军步兵已达万人。
对新兵的编制训练被提上了日程。
按照岱山军现在的编制，任思齐把老兵和新兵糅合在一起，共新编了十个营的步兵。
沙千里、陈名扬、汤尼、任保全、任秋里等原队正也都官升一级，担任营正之职。
在营的上面，任思齐决定建立“镇”的编制。一镇辖五个营，镇的长官称镇将，享受游击将军待遇。不过岱山军的最高首领任思齐现在才是游击将军，所以镇将的职级还是千户衔。
至于两个镇将的人选，则分别由任兴凡和晋玉飞担任。
编制新军工作虽然从在山东时就开始了，可是直到回到岱山岛半个月后，才算最终完成。
所有的军官全部到位，各营士兵人数补充完毕，所有士兵全部登记造册，所有文册一律两份，各营自己留一份，上缴将军府一份。
当然步兵扩充规模过大，导致了基层军官不足，从山东生还的老兵大都担任了小旗总旗的军职，可是小旗伍长之类的最基层军官人数却还是不够。
没奈何任思齐决定伍长小旗等基层军官暂且不选，等三个月的新兵期过后从新兵中提拔。
另外就是军队中的队监镇抚军官人选，都是从自愿从军的移民中的读书人中选拔。
此次山东之行，最大的收获除了招募的这近一万新兵以外，就是一百多读书人。这些读书人虽然大都只是童生而已，其中功名最高的也只是十几个秀才。可是他们的加入，让岱山军整体的素质提高了一截。
这一百多读书人中一大半都自愿从军，为的是享受军官的待遇。
按照岱山军的要求，新参军的所有人都必须参加三个月的新兵训练，没有人能够例外。任思齐决定等新兵期过后，再从这些读书人中挑选出队监、镇抚，后勤辎重军官的人选。
现在岱山军新兵十个营万余人，都驻扎在岱山岛肯定不行。任思齐把他们的驻地分别放在了各岛，金塘岛、大小长涂岛、衢山岛、秀山岛、朱家尖岛等大的移民多的岛屿都驻扎一营新兵。在岑港放了一营，剩下的四营新兵都驻扎在岱山。
并没有急着进行训练，而是在各岛由他们自己修建自己的营地。每日里都有海船往来于各岛之间，把各种物质补给运送到各岛之上。
一万新兵、数万移民，每日的事务繁杂无比，大事小事都需要任思齐亲自处理，令任思齐头疼不已。于是便又生出了建立游击将军幕府的心思。
按说，一个小小的游击将军是没有资格设立幕府的。可是现在任思齐掌控几十个岛屿，麾下水陆士兵两万多人，治下百姓十万，其属地以及百姓的规模都在一个县之上。
一个县的县令都有县丞主薄等属官，更有礼户礼兵刑工六房书吏协助处理各种事务，更有三班衙役为爪牙。
而现在整个岱山岛的书吏仅仅是巡检司数名书吏而已。以前军队百姓人数少时尚能正常运转，现在随着治下人数的增加，已经不能满足需要。
经过慎重考虑，任思齐决定正式成立海防游击将军幕府，主要处理军队事务。
幕府之下设立参谋、后勤、装备、镇抚四司，参谋司主掌作战、训练、敌情、军务。后勤司主掌营房、辎重运送、物质采买、粮饷财物等。装备司主掌全军武器制作，购买，保管，分配等等。而镇抚司则主掌全军军纪，负责对违纪官兵惩罚，负责战场上战功登记核实。
参谋司司长需要为主将出谋划策，查漏补缺，需要熟悉军务腹有谋略之人，目前黄凤舞是司长的最佳人选，可是黄凤舞死活不愿留在岱山，而是带着她的士兵返回了舟山岛。
任思齐脑中闪过众多属下的面孔，想找出一个最佳人选。可是岱山军中熟悉军略的人才实在太少，而参谋司司长这个职位又太过重要，不能随便许人。
忽然任思齐脑中闪现出一个人名，李彦直！
李彦直，山东胶州人，秀才功名，除了熟读四书五经以外，读书涉猎甚广，曾读过多部兵法，也曾游学各地，考察山川地理。
此次岱山军的山东之行，李彦直看到了岱山军较强的战力，以及朝气蓬勃的精神，认为岱山军与以往见过的其他明朝军队截然不同，便果断的携妻儿加入岱山军，随着第一批移民南下。
在往岱山的船上，更是主动要求加入岱山军，协助对新招募的士兵家属进行编组，展现了极强的能力。
到了岱山之后，移民初来，一切草创，对移民的安置，对士兵的营房士兵的管理，李彦直提出了很多合理的建议，令当时岱山的负责人陈忠沙福极为赞赏，在任思齐回到岱山之后，在任思齐耳边多次提起。
秀才功名，通军略，很有才干，倒是一个参谋司司长的人选，奈何资历太浅！任思齐心中暗道，随即又苦笑了起来，现在岱山一切初创，人才匮乏，还讲什么资历？
遂决定任命李彦直为参谋司司长。
后勤司司长由曹长江担任，曹长江是在吕宋时跟随任思齐的老人，为人勤勤恳恳，忠厚老实，让他做后勤司司长，倒不怕他会出现贪赃枉法之事。至于学识的不足，只要再给他配上一些精通算术的读书人为属吏即可。
装备司司长由荷兰人门罗担任。门罗对现在在岱山军中的地位很满意