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东林党争
当顾宪成等人在东林书院讲学议政，逐渐聚合成一个政治集团“东林党”的时候，另一批官僚，也逐渐形成按籍贯划分的几个“党”，它们是：山东人的齐党，湖北人的楚党，安徽宣城人的宣党，江苏昆山人的昆党，而以浙江人的浙党声势较大。浙党首领沈一贯、方从哲先后出任过内阁首辅。他们在当权期间，依附皇室、勋戚，交结宦官，不断排斥官员；齐、楚、浙、宣、昆等党的重要人物都官居要职。他们为牢固地保持自己的权位，以攻击东林党为首务，东林党人则一再抓住对方的弊端加以参劾，于是出现了历史上有名的明末党争。[12-13]
东林党与对立各派之争，围绕着是否拥立朱常洛（神宗长子）为皇太子这条主线，在“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”三案中激烈争斗，其间，双方都利用京察制度作为打击对方的手段。[6]
争国本
国本之争
明末党争始于所谓“争国本”。“国本”，指皇帝的继承人。国本之争，是围绕于朱常洛为皇帝继承人的问题而展开的。
明神宗的皇后多年不育，皇长子朱常洛（后来的光宗）是妃子王氏生的。1586年（万历十四年），朱常洛五岁时，神宗的宠妃郑氏生下皇三子朱常洵。按照封建礼制的“有嫡立嫡，无嫡立长”，应当立朱常洛为太子。但是神宗宠爱郑氏，不仅封她为贵妃（常洛的生母王氏未封贵妃），还想立朱常洵为太子。内阁大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等虽然也主张依制立长，但他们怕触犯皇帝，有时态度暧昧。许多朝臣包括后来属于东林党的一派人，一则认为应该依制立储，二则深恐郑氏家族窃权，纷纷上书，坚决要求尽早立皇长子常洛为太子。立长是名正言顺，神宗不好公然违反“祖制”，所以立太子的事拖了几年也定不下来。1593年（万历二十一年）正月，神宗下诏将长子朱常洛和另外两个儿子朱常洵、朱常浩同时封王，而不明确皇位继承人，以便朱常洵仍有被立为太子的机会。包括顾宪成、顾允成兄弟在内的许多廷臣，上奏阻止这一诏令的颁发。神宗迫于公议，于二月间收回了三王并封之命。[14]
不仅许多朝臣，就连神宗的母亲慈圣皇太后也坚持立长，因此到1601年（万历二十九年），神宗只得册立年届二十的皇长子朱常洛为太子。神宗同时封朱常洵为福王，但又不让他到封地洛阳去，还以授给福王的土地不足四万顷为借口，继续将福王留在宫中。当时东林党人叶向高为内阁大学士，上疏坚决反对。在叶向高等人一再敦促下，1615年（万历四十三年）三月，万历帝让福王赴洛阳，授给他的庄田也削减了一半。这就是“福王就国之争”。[14]
福王朱常洵到封地之后，郑氏集团仍谋夺取皇位继承权，一再策划谋害太子朱常洛，因而发生了明末著名的宫廷三案；梃击案，红丸案，移宫案。[6]
梃击
梃击案
梃击案发生于1615年（万历四十三年）五月。一天，有个男子手持枣木棍，从东华门直奔内廷，闯入皇太子常洛居住的慈庆宫，打伤了守门的侍从，一直闯到前殿檐下才被抓住。神宗下令审讯。负责审问的浙党官吏，说这个名叫张差的男子是个疯颠病人，企图糊涂结案，而内阁首辅、浙党首领方从哲也不提出深究。东林党人、刑部主事王之寀通过单独提审和与刑部许多官员共同审讯，迫使张差供出：是名叫庞保和刘成的两个太监，“令我打上宫门，打得小爷（指太子），有吃有穿”。这两个太监是郑贵妃宫内的。朝中的东林党人和不少官员据此推断，这是出于郑贵妃及其兄郑国泰的阴谋，于是坚决要求彻底追究。神宗只得亲自出面，在慈宁宫召见群臣，下令立即将张差斩首，又把郑贵妃宫内参与此事的两个太监在内廷打死，草草了结了这件大案。而王之寀遭到反东林党一派官吏的攻击，神宗将他削职为民。[15]
红丸
红丸案
1620年（万历四十八年）七月，神宗病死，皇太子朱常洛继位，是为光宗。1620年（万历四十八年）八月，光宗得病，宫廷医生崔文升进了泄药，光宗服后病势加重。鸿胪寺丞李可灼自称有“仙方”，光宗服了他进奉的两颗红丸后，不出一天，在1620年（万历四十八年）九月初一日突然驾崩，于是廷臣大哗[16] 。首辅方从哲还拟旨赏赐李可灼白银五十两，更激起了朝臣的责难。东林党人杨涟、惠世扬、高攀龙等先后上书，指出故意用泄药的崔文升是郑贵妃心腹，责问方从哲为什么加以庇护。还联系梃击案，声称张差谋逆，是郑国泰主谋。由于郑氏集团和方从哲的阻挠，此案未予追究，直到1624年（天启四年），朝廷才判处李可灼遣戍，崔文升贬谪到南京。[17-19]
移宫
移宫案
光宗刚刚继位时，郑贵妃为了控制他，将自己宫中的李选侍（选侍是没有封号的宫嫔）送给光宗，很得光宗的宠爱。光宗死后，由十六岁的皇长子朱由校继位，李选侍也应立即迁出宫内正殿乾清宫。李选侍企图挟制朱由校以弄权，仍与朱由校住在乾清宫，不肯迁出。她还让心腹太监盗窃宫中珍宝去贿赂首辅方从哲；又放出空气说皇长子年幼，宜由李选侍以太后身分垂帘听政。东林党人杨涟、左光斗等人指出，皇长子已经