天启七年（1627年）初，后皇帝皇太极一面派遣方金纳为首的九人代表团，前往宁远与当时的辽东巡抚袁崇焕议和，以疑惑明朝方面。一面派镶蓝旗旗主阿敏、镶白旗旗主阿济格、镶红旗旗主岳托，贝勒济尔哈朗、杜度、硕托，总兵李永芳等人率大军攻打东江镇，以解除心腹之患。对于后金的出兵人数，袁崇焕说有十万：“闻奴兵十万掠鲜、十万居守。[3] ”朝鲜认为毛文龙必败，为自保倒向后金，向后金大军提供朝鲜服装“引贼俱换丽帽丽服[4] ”冒充朝鲜军围攻铁山。铁山都司毛有俊等率千余名守军与后金大军血战，战至最后一卒，无人肯降，毛有俊拔刀自刎，壮烈殉国。
随后，后金铁骑乘冬季冰坚，进攻与铁山仅三里之隔的云从岛。毛文龙率部英勇反击，派部将毛有见、尤景和等逆袭后金军。双方在冰面上展开激烈战斗。东江健儿面对武器、装备和人数都占优势的后金军，毫无惧色，浴血奋战，双方互有杀伤，后金军强攻多日，始终不能前进一步。后金主帅阿敏见部队伤亡太大，占不到半点便宜，遂迁怒于朝鲜人，转而进攻朝鲜义州和安州，攻破城池，大开杀戒。得手后，又率大军移向朝鲜首都王京，准备灭掉朝鲜称王，朝鲜国王李倧一面仓皇出逃，一面遣使向明朝和毛文龙请罪，说导敌不是自己的主意，而是臣子所为，请求援救。
天启皇帝认为朝鲜虽然协助后金，但不应该计较属国的过错，才是□□气量。于是下诏给毛文龙，要求毛文龙不计前嫌，出兵援朝。他说：“奴兵东袭毛帅，锐气未伤，深慰朕怀。丽人导奴入境，固自作孽，但属国不支，折而入奴，奴势益张，亦非吾利。还速谕毛帅相机应援，无怀宿嫌，致误大计。[3] ”
毛文龙接到诏书以后，不顾自身粮饷短缺，毅然率部进入朝鲜，反击后金大军。在天寒地冻的环境中，东江军衣不蔽体，食不果腹，每日“拉死尸为食[4] ”，仍在毛文龙的激励下，顽强作战。双方在宣州、晏庭、车辇、义州等地反复拉锯，而随着天气逐渐转暖，战事逐渐向有利东江军的方面转变。随着河水、海水的解冻，东江军逐渐依靠朝鲜境内的大小河流，把以骑兵为主的后金困住，多次重创敌军，“三战三捷，困奴于银杏江[3] ”，随于千家庄、瓶山一带与后金主力展开决战，“文龙自率兵出，大战，杀固山三、牛鹿八人，斩两千余级。[5] ”阿敏不得不放弃在朝鲜称王的打算，“杀出一条血路回到本土[6] ”，东江军取得了战役的最后胜利。
“丁卯之役”之始，后金判断明军主帅毛文龙极有可能在铁山，遂于朝鲜方面勾结，冒充朝鲜人突袭铁山，若成功便能成为一次出色的“斩首行动”，体现了其首领皇太极一惯大胆、果断的作风。但是，由于非常偶然的原因，毛文龙不在铁山，后金突袭失败，使得战事变为持久战，一拖再拖，最终让明军反败为胜。
后金主帅阿敏在突袭铁山失败，强攻云从不下的情况下，迁怒朝鲜，又想“东边损失西边补”，在朝鲜捞一票，甚至打算在朝鲜称王，不但没有成功，反而将朝鲜推向明朝方面。战役后期，随着天气转暖，骑兵为主的后金军十分被动，甚至有可能被困死于鸭绿江以南，阿敏却一再拒绝撤军，终于令后金军在瓶山决战中蒙受重大损失。
“丁卯之役”使得皇太极用军事手段解决东江镇明军的战略失败了，不得不转而寻求外交和政治手段解决的途径，“通款崇焕，求杀文龙[7] ”。但是，他至少利用明军削弱了牛录比自己还多的两个旗：阿敏的镶蓝旗、阿济格的镶白旗的实力，解除了此二人对其汗位的威胁。可以说，无论后金“丁卯之役”在军事上成功与否，对皇太极个人来讲，都是胜利的。
影响编辑
朝鲜被迫与后金互市，并向后金进贡。在与明朝关系恶化之后，后金的经济至此得以恢复。
战后，朝鲜仍旧视明朝为宗主国，并派人上表，将战争经过告诉明廷。
学者徐东日认为，丁卯战争使得朝鲜蒙受巨大屈辱和苦难。在此之前，朝鲜人一直自视为文明之邦，将女真人视为蛮夷；丁卯战争以后，朝鲜人对女真人的态度由蔑视转为敌视。
虽然朝鲜向后金朝贡，后金也给予朝鲜赏赐品，但两国的关系依然紧张。执掌朝鲜朝政的依然是反后金亲明的西人党。在儒家思想的影响下，不少朝鲜大臣认为明朝助朝鲜击退日军，朝鲜理当与明朝交好抗击后金。因此朝鲜拒绝废除明朝年号，并依旧保持与明朝的关系。这为后来1636年后金（清）的再次入侵（丙子胡乱）埋下了伏笔。[8]
对于明朝方面来说，“丁卯之役”使得拥有数万骄兵悍将的镶蓝旗精锐丧尽，即使休整两年也未恢复元气，其余参战后金军也多有损失。是为明军与后金交战以来，所取得的最重大胜利，而这又是在明军极为艰苦的环境下所取得的，更加可贵。对此，登莱巡抚李嵩评价说：“奴以十万之众□□东江，毛文龙乃能于狂烽正炽之际，奋敌忾迅扫之威……毛帅之功于是乎不可及矣！[3] ”
李嵩的继任者孙国祯（收复澎湖列岛的民族英雄）也认为：“臣看得毛帅孤悬绝岛，远泊水乡，溟雾胡风，侵肌扑面，寒烟冷月，泣昼怜宵。七年正月以来，五战而五胜，谛观宣州、车辇、义州西门、龙山诸役，皆令人舌