李肃得知李儒被吕布接走之后，便知大势已定，王允不过是跳梁小丑，乱世之中，谁有兵权谁才是老大。?
在这个时候，李肃当然知道该如何选择，同时他也知道，要想在朝廷之中占据一席之地，便需要为吕布立下大功，吕布肯定是去收拢郿邬最精锐的飞熊军去了，除此之外，西凉军五大中郎将中，剩下三人便是段煨牛辅和董越。
董卓当初退往关中长安的时候，把凉州军团的大部分兵力都放在长安外围，以防备关东群雄，主力部队分为三个兵团由他的心腹将领三个中郎将率领屯驻安邑、华阴、渑池一线——这三个地方都是关东进攻长安的必经之路，东中郎将董越屯黾池，中郎将段煨屯华阴，中郎将牛辅屯安邑，其余中郎将、校尉布在诸县，以御山东。
后来牛辅被董卓调往陕县攻打汉室忠臣朱儁，牛辅趁机接管了段煨的部队，可以说现在牛辅手下的西凉军占据了整个西凉军团的三分之一。
李肃星夜赶到陕县牛辅军中，得知董卓被王允杀死，牛辅惊慌失措，生怕士兵反叛，急忙召集胡轸，段煨，以及校尉贾诩商议。
牛辅此人怯弱多疑，不是统帅之才，可他毕竟是董卓的女婿，根正苗红，若是得到他的拥护，吕布就能够名正言顺地接管所有西凉军。
所有人到齐之后，李肃先说道：“诸位将军，丞相的义子吕布将军如今已收拢了郿邬的飞熊军，会同徐荣，正准备兵围长安，为丞相报仇，我们应该赶快赶过去，与吕将军合兵一处，否则长安再无我西凉旧部容身之所。”
牛辅方寸大乱，一时间失了主见，即便是听到李肃这么有建设性的建议，仍然犹疑未决。
段煨本来就对董卓没什么好感，他出身高贵，乃是段颖的族人，心里忠于汉室，趁机说道：“李将军此言不妥，如今王司徒要灭我西凉旧部只在旦夕之间，我们若是起兵反抗朝廷，与反贼无疑，所以我建议我们派出使者面见王允，请求归顺朝廷。”
听到这话，胡轸也附和道：“是啊，我等非是关东诸侯那群反贼逆臣，相国虽死，我们却不能起兵反抗朝廷，不如向朝廷请降，方有一线生机。”
牛辅本来就拿不定主意，听到段煨胡轸二人的话，他又害怕自己无法掌控所有西凉军，心中越犹疑，对着贾诩问道：“文和，依你之见该如何是好？”
贾诩当然看得清楚，若是请降，只怕必死无疑，起兵反抗，尚有一线生机，只是他知道牛辅的性格，只有把他逼到了绝处，才能激出他的血腥，斟酌再三，说道：“将军，世人皆可以请降，唯独将军不可请降！”
“这却是为何？”
“敢问将军是何身份？”贾诩继续问道。
“这……”牛辅若有所思。
贾诩继续说道：“将军乃是董相国的心腹，又是董相国的女婿，王允可以饶恕别人，唯独不会饶恕将军这样的亲眷，所以将军若是请降，必死无疑，到时候不但无法保全相国的清誉，更无法保全相国乃自将军的家族，即便是去了九泉之下，将军又有何面目面见相国？”
被贾诩当头棒喝，牛辅恍然大悟道：“非文和，本将军差点铸成大错。”
随后他对着营中将校下令道：“我意，兵围长安，与吕布合兵一处，共讨王允，为相国报仇，若有再敢言请降者，杀无赦！”
“将军睿智！”李肃送上一记马屁，心中甚为高兴。
牛辅打定主意出兵长安，想到自己兵力不足，又派人联络董越，二人合兵一处，往长安而去。
牛辅董越二人半路与吕布碰上了，吕布与其合并一处，令牛辅董越为先驱，兵围长安。
王允得知吕布带着西凉旧部兵围长安，心中气急，急招李肃商议，可哪里能找到李肃的身影，至于黄婉等人，有心无力，依靠长安城中那点宫廷卫士，怎么可能是吕布的对手。
大军行至长安城外，牛辅，董越，段煨，胡轸，张济，樊稠六人正准备攻城，王允站在城楼上大喊道：“叫那乱臣吕布前来见我！”
六人不敢自专，遣人回报吕布，吕布此时正坐在马上，旁边有陈宫，李儒以及李肃，他对李肃说道：“你去告诉王允，我与他没什么好说的，王允设计诛杀义父，此仇不共戴天，我必杀此人。”
李肃拍马上前将吕布之言告诉王允，王允听后哈哈大笑，随即仰天垂泪：“若蒙社稷之灵，得安国家，吾之愿也；若不获已，则允奉身以死。临难苟免，吾不为也。有心杀贼，无力回天，憾哉憾哉！”
王允说罢，随即从城楼上一跃而下，长安守军畏惧吕布威严，打开了城门。
吕布进城之后，第一件事就命人收敛董卓的尸骸，暂不丧，他带着大军将皇宫团团围住，吓得刘协以为他要来弑君。
吕布手持方天画戟，屹立在大殿之上，说道：“陛下，我义父董卓乃汉室忠臣，如今被逆贼王允设计诛杀，王允虽死，但其罪难免，请陛下下令，将王允灭三族，捉拿有关之人，以谋逆之罪论处。”
“爱卿，爱卿稍安勿躁，朕，朕这就下令！”刘协在吕布的逼迫下写下了诏书，吕布派李肃亲自去捉拿有关人等，同时让陈宫辅助。
陈宫当然知道吕布的心思，那就是把所有知道他和王允密谋诛杀董卓的人全部灭口，只有这样，秘密才会成为永远的秘密。
随后吕布又逼迫皇帝写下圣旨，追封董卓为尚父，凉王