既要即位称帝，就需要一位能服众的人来为朱棣草拟即位诏书。方孝孺为当今大儒，名震天下，当然是草拟即位诏书的首选人物，朱棣的即位诏书若是能由方孝孺来草拟，那朱棣便在很大程度上赢得了民心。于是朱棣请来了方孝孺草拟即位诏书，朱棣毕恭毕敬地在大殿当中等着方孝孺，不料方孝孺却身着孝衣大哭着走上大殿。朱棣见状赶忙走到方孝孺身前，笑着说道：“先生毋要自苦，本王只是效仿周公辅佐成王。”方孝孺冷笑一声，“如今成王何在？”“成王自焚而亡。”方孝孺又问：“怎不立成王之子？”“成王之子下落不明。”“嫡子不存，庶子还在。”“国赖长君。”“如何不立成王之弟？”朱棣有些不耐烦，“这是我皇家家事，不劳先生费心。”方孝孺狠狠盯着朱棣，泰然说道：“天下乃是太祖的天下，我身为大明臣子，就要遵从太祖遗训。”朱棣厉声吩咐侍从：“拿纸笔来，让方先生草诏。”方孝孺接过笔来，看着朱棣又是冷笑一声，便奋笔疾书，书毕，将纸张交予朱棣，朱棣接过一看，上书：“燕贼篡位。”朱棣大怒，把纸张撕得粉碎。方孝孺指着朱棣骂道：“你这狗彘不若的谋逆乱臣，就算你登上皇位又如何？你注定永世受人唾骂。”气得浑身发抖的朱棣指着方孝孺，“你若不草诏，本王便诛你九族？”方孝孺仰天大笑：“燕贼篡帝位，不得善终，忠臣死国难，虽死犹荣。区区燕贼，诛我九族何所惧？便诛十族又奈何？”朱棣火冒三丈，大喊道：“好，本王成全你，诛方孝孺十族，聚宝门行刑。”方孝孺咬着牙齿骂道：“燕贼！燕贼！你永远是谋逆的燕贼，世世代代受人唾骂的篡位燕贼。”朱棣大喊道：“方孝孺九族及门下学生不得一人生存。”
听到被诛十族的消息，方孝孺的妻子郑氏性情刚烈，不待燕军来到府上，便与方孝孺的两个儿子方中宪、方中愈自缢而亡，方孝孺的两个女儿来到秦淮河边，跳河自尽。方孝孺其余亲人及门下学生共八百七十三人被押赴聚宝门。
眼睁睁地看着自己的亲人被砍下头颅，方孝孺声泪俱下。方孝孺的弟弟方孝友见兄长哭泣，开口劝道，“哥哥不必悲伤，父亲在时便常对你我说，人活在世，要‘仰不愧于天，俯不怍于人。’我方家世代贤良，忠君报国。如今满门忠烈，先祖足当含笑九泉。”方孝孺扭头看着方孝友，眼泪却是止不住，哽咽着说道：“殉身大明、尽忠陛下，我百死何憾？只是苦了你们。”方孝友微微一笑，对着方孝孺吟了一首绝命诗：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”方孝孺听了方孝友的这首诗，闭上了双目，也吟了一首绝命诗：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？鸣呼哀哉兮庶不我尤！”如此，千古忠臣方孝孺为建文帝尽忠，时年四十六岁，其十族被朱棣诛杀。